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- PDB-5jx3: Wild type D4 in orthorhombic space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jx3
タイトルWild type D4 in orthorhombic space group
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / DNA Repair Enzyme Component of Processivity Factor Poxvirus
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schormann, N. / Chattopadhyay, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5U01-AI-082211 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Poxvirus uracil-DNA glycosylase-An unusual member of the family I uracil-DNA glycosylases.
著者: Schormann, N. / Zhukovskaya, N. / Bedwell, G. / Nuth, M. / Gillilan, R. / Prevelige, P.E. / Ricciardi, R.P. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年6月29日ID: 2OWR
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.42018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Uracil-DNA glycosylase
C: Uracil-DNA glycosylase
D: Uracil-DNA glycosylase
E: Uracil-DNA glycosylase
F: Uracil-DNA glycosylase
G: Uracil-DNA glycosylase
H: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,43527
ポリマ－202,9128
非ポリマー1,52319
水14,412800
1
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1897
ポリマ－50,7282
非ポリマー4605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Uracil-DNA glycosylase
D: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1327
ポリマ－50,7282
非ポリマー4045
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Uracil-DNA glycosylase
F: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1327
ポリマ－50,7282
非ポリマー4045
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Uracil-DNA glycosylase
H: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9836
ポリマ－50,7282
非ポリマー2554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.769, 134.065, 139.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 25364.029 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ウイルス)
株: Western Reserve / 遺伝子: UNG, TS17, VACWR109, D4R / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P04303, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Western Reserve (WR109) vaccinia virus strain was used. The closest sequence database entry is: ...Western Reserve (WR109) vaccinia virus strain was used. The closest sequence database entry is: AA089388. Any sequence difference from this entry except for the engineered mutations in the D4 mutants is unintentional

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5% PEG3000, 0.1M NaCl, 0.1M Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月17日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→32.24 Å / Num. obs: 98092 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.48 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.48 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DOF_A

解像度: 2.3→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 6.613 / SU ML: 0.163 / Data cutoff high absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.234 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24853 4905 5 %RANDOM
Rwork0.2152 ---
obs0.21688 93226 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→32.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14100 0 94 800 14994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01914631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.95119872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.942332102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12551747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26624.137643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.106152482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3141560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02116128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1383.3346994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1383.3346993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0164.9918739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0164.9928740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.983.4467637
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.983.4467637
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7655.10411134
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.97126.35416908
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.80526.26416586
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 369 -
Rwork0.262 6808 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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