+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cug | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Rhodothermus marinus YCFD-like ribosomal protein L16 Arginyl hydroxylase in complex substrate fragment | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSLATION / 2-OXOGLUTARATE AND IRON DEPENDENT OXYGENASE / DOUBLE STRANDED BETA HELIX FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å | ||||||
データ登録者 | McDonough, M.A. / Sekirnik, R. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Ribosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans. 著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. ...著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Doherty, A.J. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cug.cif.gz | 332.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4cug.ent.gz | 273.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4cug_validation.pdf.gz | 492.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4cug_full_validation.pdf.gz | 497.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4cug_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4cug_validation.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cug | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2xdvC 4bu2C 4bxfC 4ccjC 4cckC 4cclSC 4ccmC 4ccnC 4ccoC 4cswC 4litC 4liuC 4livC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.998, 0.013, -0.0611), ベクター: |
-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABEF
#1: タンパク質 | 分子量: 45803.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア) 株: DSM 4252 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D0MK34 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2132.568 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 72-91 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア) / 参照: UniProt: D0MGW1 |
---|
-非ポリマー , 4種, 7分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | A FRAGEMENT (RESIDUES 72-91) OF THE FULL LENGTH SEQUENCE WAS USED FOR CO-CRYSTALLIS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.41 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 8.5 詳細: 0.1M TRIS-HCL PH8.5, 1MM MNCL2, 1MM OGA, 2MM L16 PEPTIDE, 0.66MM PROTEIN, 0.1M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 45% (V/V) METHYL-2-4-PENTANEDIOL, ROOM TEMPERATURE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0073 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0073 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.96→58.74 Å / Num. obs: 29641 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 97.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.96→3.04 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4CCL 解像度: 2.96→58.74 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 24.43 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 1.898 Å2 / ksol: 1.035 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 106.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.96→58.74 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|