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- PDB-4liv: Structure of YcfD, a Ribosomal oxygenase from Escherichia coli in... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4liv | ||||||
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Title | Structure of YcfD, a Ribosomal oxygenase from Escherichia coli in complex with Cobalt and succinic acid. | ||||||
![]() | 50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / JmjC Domain / Dioxygenase / Hydroxylation | ||||||
Function / homology | ![]() [50S ribosomal protein L16]-arginine 3-hydroxylase / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / post-translational protein modification / ferrous iron binding / protein homodimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brissett, N.C. / Doherty, A.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Ribosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans. Authors: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. ...Authors: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Doherty, A.J. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 164.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 128.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 444.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 445.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2xdvC ![]() 4bu2C ![]() 4bxfC ![]() 4ccjC ![]() 4cckC ![]() 4cclC ![]() 4ccmC ![]() 4ccnC ![]() 4ccoC ![]() 4cswC ![]() 4cugC ![]() 4litC ![]() 4liuSC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 46177.625 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P27431, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor |
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#2: Chemical | ChemComp-CO / |
#3: Chemical | ChemComp-SIN / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 Details: 10mM Cobalt chloride, 50mM succinic acid pH 4.2, 1.2M 1,6 hexanediol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 21, 2007 / Details: Osmic mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Osmic mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→70.601 Å / Num. all: 16951 / Num. obs: 16951 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.6 % / Rsym value: 0.179 / Net I/σ(I): 10.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4LIU Resolution: 2.7→53.04 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8378 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.31 / Phase error: 22.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.3 Å2 / Biso mean: 43.3294 Å2 / Biso min: 16.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→53.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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