PDB-4cl7: Crystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Cobalt

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cl7

タイトル

Crystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Cobalt

要素

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

キーワード

RECEPTOR / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hyaloid vascular plexus regression / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / vascular endothelial growth factor receptor activity / embryonic morphogenesis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / blood vessel morphogenesis / growth factor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gaucher, J.-F. / Reille-Seroussi, M. / Gagey-Eilstein, N. / Broussy, S. / Coric, P. / Seijo, B. / Lascombe, M.-B. / Gautier, B. / Liu, W.-Q. / Huguenot, F. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Biophysical Studies of the Induced Dimerization of Human Vegf R Receptor 1 Binding Domain by Divalent Metals Competing with Vegf-A
著者: Gaucher, J.-F. / Reille-Seroussi, M. / Gagey-Eilstein, N. / Broussy, S. / Coric, P. / Seijo, B. / Lascombe, M.-B. / Gautier, B. / Liu, W.-Q. / Huguenot, F. / Inguimbert, N. / Bouaziz, S. / Vidal, M. / Broutin, I.

履歴

登録	2014年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cl7.cif.gz	174.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cl7.ent.gz	141.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cl7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4cl7_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cl7_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	4cl7_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	4cl7_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/4cl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/4cl7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ckvC 5abdC 1fltS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ckv-1 6vcv-d 3hx1-d 4u17-1 3qxu-2 3qxu-4 2kr9-d 6a6j-d 4p0i-2 3kwp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (13) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (13)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)
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終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
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T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
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ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
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アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (2)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

B: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

C: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

D: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

ヘテロ分子

43.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

C: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

D: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.746, 41.711, 94.694
Angle α, β, γ (deg.)	87.05, 82.25, 73.03
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.99983, -0.01621, 0.00862), (-0.01604, -0.99969, -0.0191), (0.00893, 0.01896, -0.99978)	0.07169, -58.84029, 60.80122
2	given	(-0.99996, -0.00618, -0.00677), (-0.00334, -0.44264, 0.89669), (-0.00854, 0.89668, 0.4426)	19.89528, -88.1649, 15.62318
3	given	(-0.99943, 0.01626, -0.02954), (0.0337, 0.44868, -0.89306), (-0.00127, -0.89355, -0.44897)	20.52068, 28.48222, 44.82311

#1: タンパク質	VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 / VEGFR-1 / FMS-LIKE TYROSINE KINASE 1 / FLT-1 / TYROSINE-PROTEI N KINASE FRT / TYROSINE-PROTEIN ...VEGFR-1 / FMS-LIKE TYROSINE KINASE 1 / FLT-1 / TYROSINE-PROTEI N KINASE FRT / TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR FLT / FLT / VASCULAR PERMEABILITY FACTOR RECEPTOR 分子量: 10805.559 Da / 分子数: 4 / 断片: DOMAIN-2, RESIDUES 132-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA-GAMI PLYSS / 参照: UniProt: P17948, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: CRYSTAL WERE OBTAINED BY HANGING DROP METHOD FROM 1MM VEGFR1-D2, 5MM HEPES/NAOH PH7.0, 10MM COCL2, 100 MM BIS-TRIS/HCL PH6.5 15%(W/V) PEG3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ MIRRORSWITH PT COATING
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→19.47 Å / Num. obs: 26362 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.48 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.74
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FLT

1flt

解像度: 2→19.469 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2332	1294	4.9 %
R_work	0.1675	-	-
obs	0.1707	26358	97.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.072 Å² / k_sol: 0.386 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2689 Å²	0.3828 Å²	-0.1891 Å²
2-	-	0.2025 Å²	-0.0657 Å²
3-	-	-	0.0664 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.469 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3020	0	25	281	3326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3107
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983	4202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.826	1181
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	524

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.08	0.2716	169	0.1963	2717	X-RAY DIFFRACTION	97
2.08-2.1745	0.2622	139	0.1846	2826	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1745-2.289	0.2484	137	0.185	2807	X-RAY DIFFRACTION	98
2.289-2.4321	0.2591	149	0.177	2778	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4321-2.6195	0.3173	138	0.1825	2831	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6195-2.8824	0.2095	127	0.1655	2814	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8824-3.2977	0.2213	153	0.1505	2810	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2977-4.1482	0.2128	150	0.1486	2764	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1482-19.47	0.1996	132	0.1656	2717	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9322	0.0177	0.7142	0.2966	-0.6756	2.2521	0.0547	0.2479	-0.4153	0.0343	0.2901	0.1663	0.0416	-0.4033	-0.241	0.0515	-0.0432	0.0206	0.1789	-0.0043	0.0861	3.7971	-30.221	67.1569
2	0.5014	-0.6423	0.1036	1.3064	-0.5514	0.4107	0.129	0.524	-0.8033	0.1236	-0.0784	0.5756	0.2145	-0.461	-0.0245	0.1168	-0.2003	-0.0051	0.2121	-0.0929	0.3884	5.7055	-33.2826	56.6542
3	0.6032	0.4935	0.2933	0.4637	-0.0603	0.4862	-0.0783	-0.1153	-0.0586	-0.2026	-0.0744	-0.0447	0.0328	-0.0422	0.0859	0.0734	-0.0143	0.0072	0.0543	-0.0148	0.0375	15.3463	-20.482	56.3342
4	0.2491	-0.0514	-0.3028	1.5417	0.7269	1.1382	-0.0193	0.038	-0.086	0.4544	0.3584	-0.21	0.3141	-0.1031	0.1037	-0.0033	-0.0044	0.098	0.1017	0.0062	-0.0072	8.3879	-25.8889	75.256
5	2.1578	-1.5185	-1.3466	3.8392	-1.1194	4.0834	0.1608	-0.5285	0.0681	-1.0322	0.0032	0.002	1.0425	0.7877	0.2573	-0.0259	0.1786	0.0419	-0.0501	0.0555	0.0513	18.6312	-33.6844	63.2935
6	0.8479	-1.0701	1.0862	1.3084	-1.4371	1.8486	0.1485	0.4505	-0.0172	0.0652	-0.5327	-0.5118	-0.1246	0.7305	0.1247	0.0214	0.0018	0.022	0.1582	0.0085	0.1103	23.5907	-24.6454	66.0864
7	3.2016	1.366	-0.3077	0.746	-0.4463	0.7002	-0.2078	-0.1938	0.709	0.2519	0.1528	0.287	-0.5127	-0.1569	-0.1165	0.079	0.0744	0.0237	0.0681	-0.0146	0.0895	11.3444	-19.8544	70.958
8	1.3063	-0.573	-0.0188	0.9272	0.9207	1.3764	-0.283	0.0006	0.1543	0.1137	0.325	0.0543	-0.1387	0.685	-0.0436	0.0627	-0.0439	-0.0423	0.1389	-0.0165	0.0289	18.5875	-19.9858	62.9761
9	0.6845	-0.2421	-0.0377	0.7061	0.2823	0.6774	0.0948	0.0632	0.1769	0.0243	0	0.0377	0.1781	0.0918	-0.0651	0.0895	0.0108	0.0233	0.0779	0.0099	0.1054	19.4507	-28.813	57.8307
10	0.7827	-0.0687	0.0481	1.7458	-0.7867	1.4855	-0.1284	-0.2418	-0.2083	-0.2525	0.3555	-0.0304	0.3111	-0.1226	0.0774	0.1493	0.0194	0.0463	0.1051	0.0538	0.1041	9.0235	-37.8742	75.2088
11	0.8343	1.1197	-1.4239	3.0879	-2.0504	2.8861	-0.0313	-0.3143	0.0758	-0.3792	-0.0919	-0.1756	0.4248	0.5601	-0.09	0.0596	-0.0808	-0.0188	0.1159	-0.0187	0.0949	12.4281	-28.5265	54.8881
12	1.6304	0.3653	-1.3339	0.3914	0.3829	2.5508	0.2101	0.2918	0.1995	-0.0845	0.4289	0.0438	-0.3713	-0.05	-0.1246	-0.076	0.0237	-0.1192	0.1728	0.0503	0.0282	4.9493	-29.9943	-6.837
13	1.8798	-1.1495	0.2749	1.9155	-0.6507	1.166	0.4787	-0.2208	0.3974	-0.2749	-0.1508	0.2992	-0.4787	-0.2751	-0.1311	0.192	0.0733	0.0533	0.3093	0.0271	0.1555	6.7175	-26.6937	3.0938
14	0.7494	-0.5291	0.2016	1.1017	-0.5402	0.5128	-0.3608	-0.0432	-0.0041	0.7024	0.1898	0.0394	-0.4071	-0.0619	0.1033	0.1961	0.0497	0.0037	0.1368	0.0244	0.0708	16.0899	-39.5225	4.4107
15	0.1659	-0.2373	-0.0545	0.3688	-0.0459	0.1568	-0.1719	0.358	-0.1187	-0.1368	0.1033	0.0579	0.0186	0.0155	0.0515	0.0943	-0.0394	-0.0258	0.1456	0.0064	0.0377	9.4601	-34.5171	-14.7713
16	0.703	0.6699	0.2276	1.627	0.1796	0.9388	0.039	-0.0457	0.7354	0.2204	-0.2244	0.5922	-0.5096	0.111	-0.0253	0.1081	-0.1095	0.0196	0.2084	-0.0239	0.0844	19.7303	-26.6919	-2.9678
17	1.1714	-0.2633	-0.7247	0.6292	-0.1266	0.5703	0.1909	-0.5371	0.2666	0.2162	-0.1653	-0.5132	0.1142	0.4558	-0.0177	0.11	0.0359	-0.0458	0.2335	-0.0312	0.1695	24.5548	-35.6982	-5.5973
18	5.2385	-2.6587	0.6672	1.4139	-0.7677	3.1728	-0.0084	0.2897	-0.9694	0.2121	-0.1121	0.2739	-0.0184	0.7169	0.0832	0.0654	0.0065	0.0475	0.1481	0.0005	0.0869	12.3617	-40.5284	-10.3294
19	3.827	0.4745	1.7361	1.2154	0.7938	1.1586	-0.5788	-0.11	-0.0006	-0.2786	0.2833	-0.0817	0.2193	0.4726	0.1976	0.0611	0.1167	0.0536	0.1872	0.0201	0.0344	19.5468	-40.3742	-2.2719
20	1.3753	-0.9492	0.5349	1.1175	-0.2654	1.6034	0.1542	0.2179	0.0782	0.1737	-0.1649	-0.4112	-0.2911	0.4287	0.1995	0.0784	-0.0514	-0.1036	0.1222	0.0168	0.1136	20.4316	-31.3633	2.446
21	2.4747	1.5225	0.6572	1.5588	0.6379	3.0657	-0.4698	-0.0764	-0.1058	-0.1315	0.1282	-0.3195	-0.5687	-0.2321	0.111	0.0792	0.0171	-0.0204	0.1506	-0.0121	0.0481	10.2607	-22.5649	-14.7962
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26	1.3667	-0.9383	0.2379	0.6819	-0.0395	1.2637	-0.3383	0.4763	-0.0742	-0.2779	-0.3105	0.1396	0.168	0.3211	-0.2267	0.1191	0.025	0.0838	-0.0266	-0.0829	0.0614	9.8083	-50.0436	34.5243
27	0.6114	0.2118	-0.1372	1.0178	-0.7013	0.6267	0.245	-0.3003	-0.2402	0.9624	-0.4698	0.3588	-0.2714	0.22	0.0722	0.2745	-0.1018	0.0765	0.0739	-0.036	0.17	-0.6259	-42.6595	46.2137
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30	0.676	-0.3718	0.7162	1.3966	-0.8529	0.9545	-0.0513	-0.1459	-0.0633	-0.2354	0.0661	0.3045	0.0674	-0.0723	-0.0197	0.0775	0.0106	-0.0105	0.0894	-0.0004	0.086	-0.1743	-36.1295	34.3308
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34	1.3403	1.1573	0.2393	1.0228	0.1952	0.8972	-0.1593	0.1154	0.1235	-0.2532	0.1546	-0.5213	-0.4405	0.4512	-0.0125	0.0912	-0.0332	-0.0128	0.0912	0.0098	0.2326	15.7145	-14.6196	18.1041
35	0.3482	-0.0064	0.354	0.0089	0.033	0.5229	-0.0374	0.6571	0.1224	-0.5071	0.2633	-0.2433	-0.7987	1.0616	-0.2298	0.344	-0.1896	0.1046	0.4024	-0.0172	0.1771	13.7989	-22.0646	10.7167
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37	1.0763	0.7926	-0.7745	0.9916	-0.4396	0.7112	0.0534	-0.0037	-0.1346	-0.5386	-0.1777	-0.2647	-0.3679	0.0404	-0.0023	0.1971	0.0149	-0.0873	0.0368	-0.0673	0.1424	11.0304	-9.4914	25.8369
38	0.916	-0.4195	-0.3563	1.2374	-0.462	0.5986	-0.1618	0.4138	0.4339	-0.3785	0.0686	0.1568	-0.0169	-0.1659	-0.0524	0.1437	-0.0028	-0.0669	0.1767	0.0338	0.0837	1.0121	-16.3755	13.2626
39	0.5297	0.1759	0.421	0.7183	-0.1272	0.9122	0.2144	0.3609	-0.2838	-0.1379	0.0931	0.3793	0.4335	-0.0621	-0.2596	0.1037	-0.0051	-0.0186	0.1538	-0.0322	0.1385	-4.5241	-17.9793	22.343
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41	2.6922	-1.092	-1.6168	2.3338	1.397	5.7237	-0.4854	-0.1791	-0.2364	-0.0392	-0.2974	0.0178	0.4876	-0.3638	0.192	0.1616	0.0184	0.0386	0.0943	-0.0154	0.033	1.2026	-22.8468	25.5601
42	2.7911	1.7187	-1.4537	1.7355	-1.1896	1.3278	-0.0685	0.4818	0.5737	-0.1427	0.3207	0.6148	-0.1445	-0.4642	0.0796	0.1057	-0.0387	-0.0983	0.1247	0.0128	0.0756	0.1913	-23.5142	15.4174
43	0.2684	0.3444	-0.0138	0.5311	0.2647	0.6976	-0.3557	0.5028	0.3553	0.2712	-0.4906	-0.4213	-0.6088	0.9167	0.6006	0.3316	-0.1563	-0.1624	0.0375	0.1899	0.3976	11.316	-4.444	14.922
44	1.4996	1.1597	-0.1606	0.9822	-0.1445	0.3482	-0.0079	-0.3999	0.3082	0.0986	-0.2203	0.4855	0.1748	0.0575	0.032	0.1673	-0.0194	0.1055	0.0706	0.0724	-0.0226	7.4304	-26.1434	14.4138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 133:139)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 140:145)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 146:158)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 159:166)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 167:173)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 174:185)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 186:190)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 191:196)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 197:208)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 209:216)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 217:225)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 133:139)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 140:145)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 146:158)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 159:166)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 167:173)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 174:185)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 186:190)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 191:196)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 197:208)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 209:216)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 217:225)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN C AND RESID 133:139)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN C AND RESID 140:145)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN C AND RESID 146:158)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN C AND RESID 159:166)
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	(CHAIN D AND RESID 209:216)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(CHAIN D AND RESID 217:225)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)