+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qxu | ||||||
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Title | Free Structure of an Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft VHH Antibody | ||||||
Components | Anti-Methotrexate CDR1-3 Graft | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Camelid Single Domain Antibody / Heavy Chain Only / VHH / Antibody / Anti-Hapten Antibody / CDR / Hapten Binding / Small Molecule Sensing / Ligand Binding / Low Molecular Weight Compound / Methotrexate / CDR1 / CDR4 | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / FORMIC ACID Function and homology information | ||||||
Biological species | Lama Glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Fanning, S.W. / Horn, J.R. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2011 Title: An anti-hapten camelid antibody reveals a cryptic binding site with significant energetic contributions from a nonhypervariable loop. Authors: Fanning, S.W. / Horn, J.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qxu.cif.gz | 211 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qxu.ent.gz | 179.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qxu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3qxu_validation.pdf.gz | 462.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3qxu_full_validation.pdf.gz | 470.8 KB | Display | |
Data in XML | 3qxu_validation.xml.gz | 24.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3qxu_validation.cif.gz | 35.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/3qxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/3qxu | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 13702.157 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama Glama (llama) / Plasmid: pET21a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.22 Å3/Da / Density % sol: 70.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 3.5M Sodium Formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MAR 225 / Detector: CCD / Date: Feb 17, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→19.946 Å / Num. obs: 91151 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 13 / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 13 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8→19.946 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.206 / SU ML: 0.06 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.091 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.516 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→19.946 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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