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- PDB-6gzp: Llama nanobody PorM_02 structure determined at room temperature b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gzp
タイトルLlama nanobody PorM_02 structure determined at room temperature by in-situ diffraction in ChipX microfluidic device
要素Nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM / Llama nanobody / Porphyromonas gingivalis / PorM
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Roche, J. / Gaubert, A. / Desmyter, A. / De Wijn, R. / Sauter, C. / Roussel, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: A simple and versatile microfluidic device for efficient biomacromolecule crystallization and structural analysis by serial crystallography.
著者: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. / ...著者: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. / Olieric, V. / Gavira, J.A. / Lorber, B. / Sauter, C.
履歴
登録2018年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _struct.title
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5181
ポリマ－14,5181
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.680, 66.680, 91.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-223-

HOH

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要素

#1: 抗体 Nanobody / Llama nanobody PorM_02


分子量: 14518.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: microfluidic
詳細: Tri-sodium Citrate PEG 3000. ChipX microfluidic device

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.826561272144 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.826561272144 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.9432 Å / Num. obs: 12281 / % possible obs: 97.14 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 1.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.731 / Rpim(I) all: 0.421 / Rrim(I) all: 0.847

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LMW

5lmw


解像度: 2.1→41.943 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 --
Rwork0.1685 --
obs0.1727 12276 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数947 0 0 23 970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8971321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.509779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1002-2.18430.30651340.26431206X-RAY DIFFRACTION98
2.1843-2.28370.26241330.24861198X-RAY DIFFRACTION98
2.2837-2.40410.27941360.24491222X-RAY DIFFRACTION98
2.4041-2.55470.28451350.22651218X-RAY DIFFRACTION98
2.5547-2.75190.25311340.21591206X-RAY DIFFRACTION97
2.7519-3.02870.26211340.20591207X-RAY DIFFRACTION96
3.0287-3.46680.23711380.18051230X-RAY DIFFRACTION97
3.4668-4.36710.17371370.12971245X-RAY DIFFRACTION96
4.3671-41.95150.16031470.13141316X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.02053.8013.15013.52154.13535.0033-0.46730.36170.3622-1.39120.03210.588-0.3256-0.27010.3780.35120.0187-0.07070.5681-0.00530.3052-1.5199-15.7753.3397
25.58865.2468-3.0355.4363-2.63272.01130.02381.7822-0.93950.14540.8981-0.69840.48030.1303-0.93980.5601-0.0577-0.17690.6344-0.15990.6739-3.9887-32.96833.157
34.4955.657-0.48437.6909-2.69947.2852-0.65041.1143-0.3479-0.50160.8988-1.13060.29750.2575-0.33120.4385-0.0095-0.07430.60560.02540.45434.6478-16.44051.5464
42.6787-2.92331.72723.8768-4.1538.6531-0.01780.44140.3429-0.7865-0.3078-0.8495-0.060.43290.20610.3810.00050.0610.58080.15480.564415.3923-7.15444.6917
56.07233.5257-1.38219.5781-2.68744.6406-0.06780.57110.5973-0.26150.07860.23650.0255-0.38020.00740.30790.0209-0.06660.4615-0.02360.40687.4844-15.967311.3158
63.44484.0663-3.13945.042-3.7933.28210.7103-0.71121.5440.87430.35460.81130.2492-0.3639-0.91820.4189-0.00770.03090.6677-0.02310.5742-5.9726-21.166920.0156
75.951-5.6008-6.47416.01366.80097.6460.3792-0.1784-0.17370.5514-0.0846-0.3943-0.1518-0.4688-0.34290.36870.00020.030.4613-0.02150.3713.4342-20.167216.9241
82.09942.2442-0.85129.4421-1.3543.76780.45450.52930.80880.2706-0.3683-0.2013-0.1435-0.0538-0.06160.3414-0.01370.02620.5931-0.03830.461217.8917-16.568310.0536
93.81351.36742.92534.56780.35013.30240.40350.347-1.78660.3735-0.0803-2.01221.19080.7041-0.21930.4990.1349-0.09910.6235-0.07650.665614.4719-24.028912.806
107.8146-3.09244.982.3032-0.28855.74121.6218-0.2137-4.06323.10460.0584-0.24873.93170.5199-1.30811.18610.1017-0.23770.6675-0.02881.03877.6438-31.387816.0879
118.8064.18810.13739.60843.0683.6998-0.1039-0.018-1.022-0.0037-0.016-0.7431.07880.6406-0.17970.56050.0384-0.08290.3955-0.09710.5267.5394-27.48428.1809
126.9371-3.5815-0.57675.6109-3.99394.9264-0.04821.52640.5822-0.9514-0.2395-0.40730.54740.21410.30120.45120.00470.06840.78390.0180.419714.2041-15.214-0.8535
139.45126.1519-0.97378.1363-5.21545.4656-0.27731.4889-0.6594-0.62670.1178-1.42790.14260.16160.16180.48010.0096-0.07190.6961-0.04830.49698.5002-17.69631.9469
145.24973.7501-3.58313.4087-1.9513.38680.14290.2272-1.3109-0.2570.054-0.34960.75450.0235-0.23370.4784-0.0071-0.12170.5983-0.07820.62971.2003-31.44367.0116
159.33963.0014-0.3188.58530.53878.0175-0.2670.1334-0.18980.380.86820.51670.6677-0.9115-0.45540.3508-0.0814-0.07720.51750.01890.3657-4.8606-26.030112.2299
161.20060.52112.34855.60542.21034.9138-0.7554-0.10460.6543-0.79870.1221-0.0995-0.851-0.01210.32650.4376-0.0016-0.0380.51840.04650.46767.7025-11.186511.8693
174.44785.1495-0.05167.742.97785.70990.0355-1.1853-0.5571-0.57780.0533-0.6282-0.02840.4214-0.06040.33410.0216-0.06740.5306-0.07290.543214.3065-13.367718.841
185.2127-2.1961-4.31726.52542.73767.6312-0.0050.6979-0.2922-0.4643-0.0617-0.4094-0.3060.14660.03730.34960.0428-0.06040.3771-0.0050.46357.4123-10.953918.6336
192.24982.60462.28335.32415.17875.0405-0.52080.47931.974-0.27520.01811.6735-0.1727-0.51340.57090.47820.0868-0.07290.53730.02520.52561.5597-9.263410.8408
207.41864.7248-4.62665.6914-5.8176.0833-0.68910.1076-0.1471-1.59440.86140.61311.0969-1.3091-0.26730.5209-0.1476-0.15760.85680.05110.4931-8.563-26.22447.5182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:12)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 13:18)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 19:25)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 26:31)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 32:38)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 39:44)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 45:49)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 50:54)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 55:59)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 60:65)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 66:70)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 71:75)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 76:80)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 81:83)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 84:90)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 91:96)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 97:100)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 100A:101)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 102:106)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 107:113)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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