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Yorodumi- PDB-6gzp: Llama nanobody PorM_02 structure determined at room temperature b... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gzp | ||||||
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Title | Llama nanobody PorM_02 structure determined at room temperature by in-situ diffraction in ChipX microfluidic device | ||||||
Components | Nanobody | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Llama nanobody / Porphyromonas gingivalis / PorM | ||||||
Biological species | Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Roche, J. / Gaubert, A. / Desmyter, A. / De Wijn, R. / Sauter, C. / Roussel, A. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Iucrj / Year: 2019 Title: A simple and versatile microfluidic device for efficient biomacromolecule crystallization and structural analysis by serial crystallography. Authors: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. ...Authors: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. / Olieric, V. / Gavira, J.A. / Lorber, B. / Sauter, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gzp.cif.gz | 65.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gzp.ent.gz | 48.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gzp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6gzp_validation.pdf.gz | 412.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6gzp_full_validation.pdf.gz | 412.1 KB | Display | |
Data in XML | 6gzp_validation.xml.gz | 6.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6gzp_validation.cif.gz | 8.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gzp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6hw1C 6ibpC 6ibqC 6q3tC 6q52C 5lmwS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 14518.129 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.52 Å3/Da / Density % sol: 65.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: microfluidic Details: Tri-sodium Citrate PEG 3000. ChipX microfluidic device |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293.15 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.826561272144 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.826561272144 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→41.9432 Å / Num. obs: 12281 / % possible obs: 97.14 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 1.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.731 / Rpim(I) all: 0.421 / Rrim(I) all: 0.847 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5LMW Resolution: 2.1→41.943 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 21.84
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→41.943 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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