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- PDB-6hw1: ROOM TEMPERATURE STRUCTURE OF LIPASE FROM T. LANUGINOSA AT 2.5 A ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hw1 | ||||||
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Title | ROOM TEMPERATURE STRUCTURE OF LIPASE FROM T. LANUGINOSA AT 2.5 A RESOLUTION IN CHIPX MICROFLUIDIC DEVICE | ||||||
![]() | Lipase | ||||||
![]() | HYDROLASE / LIPASE | ||||||
Function / homology | ![]() triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gavira, J.A. / Fernadez-Penas, R. / Martinez-Rodriguez, S. / Verdugo-Escamilla, C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A simple and versatile microfluidic device for efficient biomacromolecule crystallization and structural analysis by serial crystallography. Authors: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. ...Authors: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. / Olieric, V. / Gavira, J.A. / Lorber, B. / Sauter, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 238.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 195.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 464.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 468.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6gzpC ![]() 6ibpC ![]() 6ibqC ![]() 6q3tC ![]() 6q52C ![]() 4gwlS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29342.484 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Sugar | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.92 Å3/Da / Density % sol: 68.62 % / Description: Bi-pyramidal hexagon |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: counter-diffusion / pH: 7.5 Details: 300 mM Na/K Phosphate, 50 mM NaAc pH 4.5. COUNTER-DIFFUSION IN CHIPX MICROFLUIDIC DEVICE PH range: 4.0-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 295 K / Ambient temp details: Room Temperature / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 4, 2017 |
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→49.06 Å / Num. obs: 31982 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 63.3 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3668 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.8 / Rrim(I) all: 1.2 / Χ2: 1.07 / % possible all: 98.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4GWL Resolution: 2.5→49.055 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.93
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Bsol: 61.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 83.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→49.055 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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