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Yorodumi- PDB-6xxn: Crystal structure of NB7, a nanobody targeting prostate specific ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6xxn | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of NB7, a nanobody targeting prostate specific membrane antigen | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | ANTITUMOR PROTEIN / Nanobody / prostate specific membrane / antigen / antibody drug conjugate / cancer imaging / anti-cancer drugs | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Shahar, A. / Rosenfeld, L. / Papo, N. | ||||||
| Funding support | Israel, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2020Title: Nanobodies Targeting Prostate-Specific Membrane Antigen for the Imaging and Therapy of Prostate Cancer. Authors: Rosenfeld, L. / Sananes, A. / Zur, Y. / Cohen, S. / Dhara, K. / Gelkop, S. / Ben Zeev, E. / Shahar, A. / Lobel, L. / Akabayov, B. / Arbely, E. / Papo, N. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6xxn.cif.gz | 401.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6xxn.ent.gz | 334 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6xxn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6xxn_validation.pdf.gz | 512.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6xxn_full_validation.pdf.gz | 532.7 KB | Display | |
| Data in XML | 6xxn_validation.xml.gz | 42.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 6xxn_validation.cif.gz | 54.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6xxoC ![]() 6xxpC ![]() 5m7qS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
| #1: Antibody | Mass: 16066.593 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | | Mass: 16039.567 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | | Mass: 16081.563 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.8 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 1.7M (NH4)2SO4, 6.57% 2-Propanol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.97625 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 20, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.65→47.2 Å / Num. obs: 45149 / % possible obs: 98.92 % / Redundancy: 4.5 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 8.49 |
| Reflection shell | Resolution: 2.65→2.77 Å / Num. unique obs: 7226 / CC1/2: 0.485 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5M7Q Resolution: 2.65→47.2 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.47
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→47.2 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Israel, 1items
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