PDB-6xxp: Crystal structure of NB37, a nanobody targeting prostate specific...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xxp

タイトル

Crystal structure of NB37, a nanobody targeting prostate specific membrane antigen

要素

NB_37

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / Nanobody / prostate-specific membrane antigen / antibody drug conjugate / cancer imaging / anti-cancer drugs.

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Shahar, A. / Rosenfeld, L. / Papo, N.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Nanobodies Targeting Prostate-Specific Membrane Antigen for the Imaging and Therapy of Prostate Cancer.
著者: Rosenfeld, L. / Sananes, A. / Zur, Y. / Cohen, S. / Dhara, K. / Gelkop, S. / Ben Zeev, E. / Shahar, A. / Lobel, L. / Akabayov, B. / Arbely, E. / Papo, N.

履歴

登録	2020年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xxp.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xxp.ent.gz	50.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xxp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xxp_validation.pdf.gz	427.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xxp_full_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示
XML形式データ	6xxp_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	6xxp_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xxnC 6xxoC 5m7qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m2w-2 6xxo-d 3zhl-d 5u64-d 3lrg-1 4b50-d 6gcj-d 6z3x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NB_37

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.949, 69.087, 75.869
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-255- HOH

#1: タンパク質	NB_37 分子量: 15715.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M tri-Na Citrate pH 3.5, 25% peg 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→27.41 Å / Num. obs: 23658 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0529 / Net I/σ(I): 14.42
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / Num. unique obs: 3756 / CC_1/2: 0.796 / R_rim(I) all: 0.536

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M7Q

5m7q

解像度: 1.5→27.41 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1956	1149	4.86 %
R_work	0.1723	-	-
obs	0.1734	23649	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	963	0	0	124	1087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.808	1464
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.117	582
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	154
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	196

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5679	0.2665	130	0.2359	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5679-1.6505	0.2663	166	0.2162	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6505-1.7539	0.2244	142	0.1983	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7539-1.8893	0.2021	134	0.1807	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8893-2.0794	0.1998	130	0.1702	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0794-2.3802	0.2303	155	0.1754	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3802-2.9982	0.1994	135	0.1782	2783	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9982-3.18	0.1575	157	0.1494	2927	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3595	-0.7262	-0.5508	6.7952	0.2995	0.1312	0.2953	-0.0365	0.4785	-0.0191	0.3745	-0.7505	-0.4876	0.7783	-0.6102	0.1489	-0.0385	0.0134	0.2248	-0.0586	0.2389	-6.0242	-17.6859	5.9398
2	4.1728	4.2495	4.5259	7.0034	2.5101	6.7224	-0.3299	0.3553	-0.1341	-0.4727	0.2076	0.0133	0.3805	0.5459	0.0614	0.1266	0.0304	0.0387	0.1562	0.0007	0.1235	-7.6779	-28.2743	-14.6958
3	1.0819	-0.6794	-1.4731	0.4258	1.0001	6.287	-0.0155	-0.0672	0.0741	0.1039	0.0287	-0.0595	0.2918	0.0102	0.0133	0.161	-0.0218	-0.0078	0.1192	-0.0172	0.1382	-12.3287	-22.5406	8.5332
4	6.1816	0.4715	-2.3245	5.0563	-2.7579	5.2354	0.1742	-0.0686	0.1955	0.024	0.0718	0.084	-0.2832	0.1226	-0.1828	0.0913	-0.0154	-0.003	0.0617	-0.0336	0.0982	-16.9472	-19.7153	-0.8507
5	3.0326	2.1856	-3.5883	4.102	-2.7726	4.258	0.2197	0.2994	0.3498	0.0671	0.0997	0.1427	-0.4811	-0.2892	-0.1176	0.1447	0.0192	0.0307	0.1303	0.0221	0.1416	-19.6606	-17.4292	-6.3297
6	2.6709	0.7423	1.753	4.2668	0.6024	1.444	0.1589	0.3517	-0.3226	-0.188	-0.1838	0.1788	0.5528	-0.3898	-0.1214	0.213	-0.0133	-0.0326	0.2806	-0.0418	0.1727	-23.8434	-28.0187	-2.3947
7	4.2937	1.6471	2.7421	4.0885	1.9341	6.5522	0.0462	-0.0294	0.0059	-0.0136	-0.0737	-0.0822	0.035	-0.0767	0.0362	0.1234	0.0127	0.0059	0.0599	0.003	0.0964	-13.1331	-29.4297	1.6369
8	1.8961	-1.177	0.3812	9.3149	-7.3141	6.6633	0.1363	0.0164	-0.0049	-0.419	0.1206	0.3663	0.412	-0.1192	-0.2952	0.1845	-0.0237	-0.0084	0.1332	0.0135	0.1078	-15.5104	-27.2918	-15.8254
9	2.2738	0.1608	-1.3	1.3555	0.7967	7.197	0.063	-0.1407	0.1681	-0.0488	-0.0011	0.0218	-0.3311	-0.1425	-0.0721	0.1484	0.0044	-0.0042	0.1026	-0.0043	0.1423	-18.4296	-15.9305	3.3521
10	3.2173	-0.7855	-0.9862	0.8389	0.1523	1.9921	-0.1088	0.4122	-0.2552	-0.4407	0.1477	0.0548	0.2882	0.5321	0.0206	0.2888	0.0036	0.0155	0.1606	0.0045	0.1287	-9.1087	-23.3138	-17.9045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 17 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 18 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 39 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 40 through 52 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 53 through 67 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 68 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 84 through 91 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 92 through 117 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 118 through 127 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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