PDB-3lrg: Structure of anti-huntingtin VL domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lrg

タイトル

Structure of anti-huntingtin VL domain

要素

anti-huntingtin VL domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Huntington's disease / Huntingtin / Variable light chain domain / Intrabody / Immunoglobulin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / IMIDAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Schiefner, A. / Chatwell, L. / Skerra, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: A Disulfide-Free Single-Domain V(L) Intrabody with Blocking Activity towards Huntingtin Reveals a Novel Mode of Epitope Recognition.
著者: Schiefner, A. / Chatwell, L. / Korner, J. / Neumaier, I. / Colby, D.W. / Volkmer, R. / Wittrup, K.D. / Skerra, A.

履歴

登録	2010年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月30日	Group: Database references
改定 1.3	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lrg.cif.gz	100.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lrg.ent.gz	77.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lrg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lrhC 1mfaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2imn-d 4g4f-d 3mzt-4 1it5-d 6sru-7 5lw8-d 6sru-6 6qfj-2 4mls-d 3zhl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-huntingtin VL domain

B: anti-huntingtin VL domain

ヘテロ分子

25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: anti-huntingtin VL domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: anti-huntingtin VL domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.680, 107.680, 50.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	anti-huntingtin VL domain 分子量: 12860.970 Da / 分子数: 2 / 断片: anti-huntingtin VL domain / 変異: G112A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Phage display library / synthetic / 遺伝子: VL12.3 / プラスミド: pASK75(T7RBS)his / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.8 詳細: 1.2 M Ammonium sulfate, 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M CHES-NAOH, pH 9.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月13日
放射	モノクロメーター: Osmic confocal Max-Flux / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 19201 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 32.7
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 11.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1MFA

1mfa

解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 6.062 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19669	986	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17046	-	-	-
obs	0.17181	18215	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.101 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1649	0	13	155	1817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.953	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.96	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.708	24.714	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.959	15	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.019	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.908	1.5	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.765	2.5	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.315	3.5	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.602	10	534
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	69	-
R_work	0.172	1304	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2906	-0.1871	0.2281	0.8235	0.257	0.4461	0.0483	0.0348	-0.0075	-0.0109	-0.0361	0.0004	0.0293	0.0458	-0.0122	0.0453	0.012	0.0038	0.0429	-0.0034	0.038	8.4439	36.2888	-6.7775
2	0.5199	0.2977	0.0633	1.7333	-0.4349	0.8523	-0.0716	-0.0624	0.0215	0.0058	0.1273	0.0471	0.1066	0.049	-0.0557	0.0422	0.0394	0.002	0.0462	0.0055	0.0281	16.4807	30.6281	11.4219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 111

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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