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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g4f | ||||||
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Title | Crystal structure of GITRL from Bushbaby | ||||||
![]() | Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / GLUCOCORTICOID-INDUCED TNF RECEPTOR LIGAND / TNFRSF18 / Structural genomics / PSI-biology / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN | ||||||
Function / homology | ![]() tumor necrosis factor receptor superfamily binding / T cell proliferation involved in immune response / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, P.R. / Bhosle, R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of GITRL from Otolemur garnettii Authors: Kumar, P.R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 61.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 44 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 420.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 421.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2q1mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| |||||||||
2 | ![]()
| x 6|||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by crystallographic symmetry operations |
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Components
#1: Protein | Mass: 14034.092 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: GITRL / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (0.1M Bis-Tris-HCl pH 5.5, 0.2M Sodium Chloride, 25%(w/v) PEG3350), Cryoprotection (Reservoir + 20% MPD), temperature 298K, ...Details: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (0.1M Bis-Tris-HCl pH 5.5, 0.2M Sodium Chloride, 25%(w/v) PEG3350), Cryoprotection (Reservoir + 20% MPD), temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 14, 2012 / Details: MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 10736 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2Q1M Resolution: 1.847→43.146 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.6143 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.847→43.146 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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