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- PDB-6sru: Structure of Ig-like V-type domian of mouse Programmed cell death... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sru
タイトルStructure of Ig-like V-type domian of mouse Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1)
要素Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-L1 / immune checkpoint protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to tumor cell / Co-inhibition by PD-1 / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of tolerance induction to tumor cell / Co-inhibition by PD-1 / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / positive regulation of T cell proliferation / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular exosome / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.532 Å
データ登録者Magiera-Mularz, K. / Sala, D. / Grudnik, P. / Holak, T.A.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
European UnionPOIR.04.04.00-00-420F/17-00 ポーランド
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Human and mouse PD-L1: similar molecular structure, but different druggability profiles.
著者: Magiera-Mularz, K. / Kocik, J. / Musielak, B. / Plewka, J. / Sala, D. / Machula, M. / Grudnik, P. / Hajduk, M. / Czepiel, M. / Siedlar, M. / Holak, T.A. / Skalniak, L.
履歴
登録2019年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death 1 ligand 1
C: Programmed cell death 1 ligand 1
D: Programmed cell death 1 ligand 1
E: Programmed cell death 1 ligand 1
F: Programmed cell death 1 ligand 1
G: Programmed cell death 1 ligand 1
H: Programmed cell death 1 ligand 1
I: Programmed cell death 1 ligand 1
J: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,35210
ポリマ－133,35210
非ポリマー00
水70339
1
A: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Programmed cell death 1 ligand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3351
ポリマ－13,3351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.920, 107.715, 79.531
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 13335.218 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd274, B7h1, Pdcd1l1, Pdcd1lg1, Pdl1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EP73
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.5, 20% PEG 5000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978631 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978631 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→49.664 Å / Num. obs: 38622 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.826 / Num. unique obs: 3645 / CC1/2: 0.567

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C3T

5c3t


解像度: 2.532→49.664 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2791 1906 4.95 %
Rwork0.2276 --
obs0.2302 38487 93.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 183.24 Å2 / Biso mean: 67.5675 Å2 / Biso min: 29.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.532→49.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8635 0 0 41 8676
Biso mean---55.31 -
残基数----1146
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.532-2.59480.3886121248790
2.5948-2.6650.3881200.3349257291
2.665-2.74340.39121310.3189268897
2.7434-2.83190.34841410.3031270397
2.8319-2.93310.35011490.287267397
2.9331-3.05050.33491630.274266197
3.0505-3.18940.32491400.2825265495
3.1894-3.35750.31991230.2664257593
3.3575-3.56780.30931470.2452265496
3.5678-3.84320.33521290.2565240686
3.8432-4.22970.24781450.1904250991
4.2297-4.84130.20691350.166266095
4.8413-6.09780.20521290.1837267495
6.0978-49.6640.27311330.2177266593
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.5684 Å / Origin y: 9.7072 Å / Origin z: 17.0503 Å
111213212223313233
T0.3165 Å2-0.0104 Å20.0012 Å2-0.3192 Å2-0.0094 Å2--0.3119 Å2
L0.0288 °20.0045 °20.0204 °2-0.0131 °2-0.0071 °2---0.0469 °2
S-0.003 Å °-0.0219 Å °0.0337 Å °0.004 Å °-0.0057 Å °-0.0028 Å °0.0618 Å °-0.0279 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA19 - 134
2X-RAY DIFFRACTION1allB19 - 134
3X-RAY DIFFRACTION1allC19 - 133
4X-RAY DIFFRACTION1allD19 - 133
5X-RAY DIFFRACTION1allE19 - 134
6X-RAY DIFFRACTION1allF19 - 134
7X-RAY DIFFRACTION1allG19 - 134
8X-RAY DIFFRACTION1allH19 - 134
9X-RAY DIFFRACTION1allI19 - 133
10X-RAY DIFFRACTION1allJ19 - 134
11X-RAY DIFFRACTION1allK3 - 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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