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- PDB-2kr9: Kalirin DH1 NMR structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kr9
タイトルKalirin DH1 NMR structure
要素Kalirin
キーワードTRANSFERASE / Dbl-family GEF / Rho GTPase GEF / Cytoskeleton / Disulfide bond / Guanine-nucleotide releasing factor / Immunoglobulin domain / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / MAPK6/MAPK4 signaling / RHOG GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / maternal process involved in parturition / RHOA GTPase cycle / regulation of dendrite development / negative regulation of growth hormone secretion / habituation ...NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / MAPK6/MAPK4 signaling / RHOG GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / maternal process involved in parturition / RHOA GTPase cycle / regulation of dendrite development / negative regulation of growth hormone secretion / habituation / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / EPHB-mediated forward signaling / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / maternal behavior / G alpha (q) signalling events / extrinsic component of membrane / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / neuromuscular junction development / social behavior / lactation / axonogenesis / axon guidance / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adult locomotory behavior / memory / nervous system development / presynapse / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynaptic density / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / neuronal cell body / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Kalirin-like, spectrin repeats / Kalirin, SH3 / : / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain ...Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Kalirin-like, spectrin repeats / Kalirin, SH3 / : / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Fibronectin type III domain / SH3 domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, matrix relaxation
Model detailsLowest total energy, model 121
データ登録者Gorbatyuk, V.Y. / Schiller, M.R. / Hoch, J.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The solution NMR structure of the first Dbl domain of RhoGEF Kalirin.
著者: Gorbatyuk, V.Y. / Schiller, M.R. / Hoch, J.C.
履歴
登録2009年12月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kalirin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9951
ポリマ－21,9951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100Total energy
代表モデルモデル #1lowest total energy

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要素

#1: タンパク質 Kalirin / Huntingtin-associated protein-interacting protein / Protein Duo / Serine/threonine kinase with Dbl- ...Huntingtin-associated protein-interacting protein / Protein Duo / Serine/threonine kinase with Dbl- and pleckstrin homology domain / PAM COOH-terminal interactor protein 10 / P-CIP10


分子量: 21995.221 Da / 分子数: 1 / 断片: DH 1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kalrn, Duo, Hapip / 器官: brain / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P97924, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: N-terminal Kalirin DBL-homology domain
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1223D 1H-15N NOESY
131aroChsqc (H[C[caro]])
1422D 1H-15N HSQC/HMQC
1513D 1H-13C NOESY
1612D 1H-13C HSQC/HMQC
1714dCNnoesy (H[C] H[N].NOESY)
1812D 1H-15N HSQC/HMQC
1913D CBCA(CO)NH
11013D HN(CA)CB
11113D HNCO
11213D HN(CA)CO
11313D HNCA
11413D C(CO)NH
11513D (H)CCH-COSY
11613D (H)CCH-TOCSY
11713D HBHA(CO)NH
11823D HNHA
11923D NhsqcnoesyNhsqc

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KalDH1, 50.0 mM Hepes, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.56 mM [U-100% 15N] KalDH1, 50.00 mM Hepes, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMKalDH1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50.0 mMHepes-21
0.56 mMKalDH1-3[U-100% 15N]2
50.00 mMHepes-42
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.8 / 圧: 1.00 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityInovaVarianUnityInova6001
Varian UnityInovaVarianUnityInova5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.2Nilges M., et al構造決定
CcpNmr Analysis1CCPNデータ解析
CcpNmr Analysis2.1CCPNデータ解析
CYANA2.1P. Guntertgeometry optimization
DANGLE1.1CCPN解析
NMRDrawF. Delaglio, et alデータ解析
NMRDrawF. Delaglio, et al解析
NMRPipeF. Delaglio, et al解析
SparkyT. D. Goddard and D. G. Knellerchemical shift assignment
SparkyT. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
ARIA2.2Nilges M., et al精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, matrix relaxation
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest total energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Total energy / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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