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- PDB-2g80: Crystal structure of UTR4 protein (Unknown transcript 4 protein) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g80
タイトルCrystal structure of UTR4 protein (Unknown transcript 4 protein) (yel038w) from Saccharomyces cerevisiae at 2.28 A resolution
要素Protein UTR4
キーワードHYDROLASE / yel038w / UTR4 protein (Unknown transcript 4 protein) / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionine salvage pathway / acireductone synthase / acireductone synthase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / magnesium ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #60 / Enolase-phosphatase E1 / Enolase-phosphatase E1, eukaryotes / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #60 / Enolase-phosphatase E1 / Enolase-phosphatase E1, eukaryotes / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enolase-phosphatase E1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of UTR4 protein (Unknown transcript 4 protein) (yel038w) from Saccharomyces cerevisiae at 2.28 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein UTR4
B: Protein UTR4
C: Protein UTR4
D: Protein UTR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,58913
ポリマ－112,9044
非ポリマー6849
水5,765320
1
A: Protein UTR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6053
ポリマ－28,2261
非ポリマー3792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein UTR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2502
ポリマ－28,2261
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein UTR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3674
ポリマ－28,2261
非ポリマー1413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein UTR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3674
ポリマ－28,2261
非ポリマー1413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.688, 102.016, 77.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 19 - 240 / Label seq-ID: 31 - 252

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Protein UTR4 / Unknown transcript 4 protein


分子量: 28226.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UTR4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32626
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 290 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 21.00% PEG 3350, 0.10M NP_Magnesium Nitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月26日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→61.54 Å / Num. obs: 52775 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 42.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRsym value% possible all
2.28-2.43.20.3591.72446276730.35999.9
2.4-2.553.70.2512.52662272670.251100
2.55-2.733.70.2381.82494868300.238100
2.73-2.943.70.1255.22341863600.125100
2.94-3.223.70.0926.72157358760.09299.9
3.22-3.63.70.0934.11934452800.09399.9
3.6-4.163.60.0914.61711847070.09199.9
4.16-5.13.70.05610.71450839720.05699.9
5.1-7.213.60.05510.41111530830.05599.9
7.21-102.063.40.04612.8584917270.04699.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1zs9A

解像度: 2.28→61.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.84 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. RESIDUES 1-15 IN CHAIN A, 1-17 IN CHAIN B AND C, AND 1-17 AND 227-229 IN CHAIN D ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL. 3. A MG ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. RESIDUES 1-15 IN CHAIN A, 1-17 IN CHAIN B AND C, AND 1-17 AND 227-229 IN CHAIN D ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL. 3. A MG ION FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION IS OCTAHEDERALLY COORDINATED TO THE SIDECHAINS OF ASP 25 AND ASP 200, THE BACKBONE CARBONYL OXYGEN OF GLU 27, AND THREE WATER MOLECULES. 4. A PEG 3350 MOLECULE FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION IS LOCATED NEAR VAL 114 IN SUBUNIT A, AND IS PARTIALLY MODELED AS PE4. 5. UNEXPLAINED DIFFERENCE DENSITY IN THE VICINITY OF THE SIDECHAINS OF HIS 79 AND GLU 82 ON THE D SUBUNIT WAS OBSERVED, AND THIS DENSITY WAS NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2673 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.18 52503 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.416 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.67 Å20 Å2-1 Å2
2---1.76 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→61.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6888 0 26 320 7234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227087
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.9659635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.196314652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8015895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32125.449312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.746151112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6781515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1730.21242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1220.25725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1550.23392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0710.23596
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0250.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1380.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.82634747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.42731807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.75457199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8482864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.423112433
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3136 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.865
2BLOOSE POSITIONAL1.025
3CLOOSE POSITIONAL15
4DLOOSE POSITIONAL0.935
1ALOOSE THERMAL2.7310
2BLOOSE THERMAL3.0810
3CLOOSE THERMAL2.4410
4DLOOSE THERMAL2.5410
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 207 -
Rwork0.213 3703 -
obs-3910 99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35510.08120.24650.998-0.09480.97830.03330.0790.0365-0.0491-0.110.0320.0248-0.05520.0766-0.1844-0.01590.0158-0.0392-0.002-0.162120.25-4.85727.504
21.04260.0606-0.11312.25480.35410.4268-0.0310.0703-0.1767-0.1440.1312-0.02860.00390.0483-0.1003-0.1493-0.0093-0.0299-0.0174-0.0037-0.089746.763-16.45532.854
31.41360.14840.03081.49960.55441.47170.1245-0.1754-0.01950.0755-0.1136-0.03960.21390.0428-0.0109-0.0736-0.043-0.01960.01820.0103-0.17323.827-39.45610.568
41.14190.24590.17881.72050.68741.0559-0.02020.0330.0664-0.29610.0378-0.2567-0.21920.1777-0.0175-0.0146-0.00030.04080.08130.0336-0.076411.524-27.77-15.185
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA17 - 24129 - 253
22BB18 - 24130 - 253
33CC18 - 24130 - 253
44DD18 - 22630 - 238
54DD230 - 241242 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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