PDB-4chf: Crystal structure of the putative cap-binding domain of the PB2 s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4chf

タイトル

Crystal structure of the putative cap-binding domain of the PB2 subunit of Thogoto virus polymerase (form 2)

要素

POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cap snatching / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

THOGOTO VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Guilligay, D. / Kadlec, J. / Crepin, T. / Lunardi, T. / Bouvier, D. / Kochs, G. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Comparative Structural and Functional Analysis of Orthomyxovirus Polymerase CAP-Snatching Domains.
著者: Guilligay, D. / Kadlec, J. / Crepin, T. / Lunardi, T. / Bouvier, D. / Kochs, G. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S.

履歴

登録	2013年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4chf.cif.gz	141.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4chf.ent.gz	113.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4chf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4chf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4chf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cgsC 4cgxC 4chcC 4chdC 4cheC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dw7-1 4dve-1 1nu2-d 4myv-2 6ndv-d 5cog-1 4gs4-d 2yoq-3 2jaw-d 4nft-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

B: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

ソフトウェアが定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

ソフトウェアが定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.440, 101.440, 106.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	POLYMERASE BASIC PROTEIN 2 / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT P3 分子量: 19318.199 Da / 分子数: 2 / 断片: PUTATIVE CAP-BINDING DOMAIN, RESIDUES 323-486 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THOGOTO VIRUS (ウイルス) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS-RIL / 参照: UniProt: Q9YNA4
配列の詳細	EXTRA GAMA AT N-TERMINUS AFTER HIS-TAG CLEAVAGE

#1: タンパク質

POLYMERASE BASIC PROTEIN 2 / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT P3

分子量: 19318.199 Da / 分子数: 2 / 断片: PUTATIVE CAP-BINDING DOMAIN, RESIDUES 323-486 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

THOGOTO VIRUS (ウイルス) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS-RIL / 参照: UniProt: Q9YNA4

配列の詳細

EXTRA GAMA AT N-TERMINUS AFTER HIS-TAG CLEAVAGE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.9 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 100 MM BIS-TRIS PH 6.0, 100 MM MGCL2 AND 22 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 11610 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 39.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: THOGOTO PB2 PUTATIVE CAP-BINDING DOMAIN FORM 1

解像度: 3→46.982 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	553	4.8 %
R_work	0.1996	-	-
obs	0.2004	11607	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→46.982 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2628	0	0	0	2628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2710
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.846	3657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.656	1024
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	386
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0001-3.3019	0.2888	142	0.2625	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3019-3.7795	0.2553	144	0.2095	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7795-4.7611	0.1614	140	0.1744	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7611-46.9875	0.2024	127	0.186	2928	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.981	-1.6324	0.459	2.9029	-0.2348	0.5379	0.0618	0.3279	-0.1144	-0.32	-0.1703	0.0721	-0.0625	-0.032	0.0641	0.2055	-0.0078	-0.0393	0.1991	-0.0057	0.2489	-0.5261	-23.3295	-54.3418
2	6.0725	0.7965	-2.7733	2.3919	-1.1895	2.768	0.3984	0.0604	0.3209	0.3683	0.0035	0.097	-0.5836	-0.1436	-0.3584	0.2636	0.0033	-0.0318	0.2362	-0.0358	0.1282	-5.3306	-15.9467	-41.7339
3	2.8108	-0.546	0.0615	2.6858	-0.1029	1.1759	-0.0366	-0.0126	-0.5001	0.2481	0.1373	0.3442	0.1772	0.0813	-0.1002	0.2538	0.005	-0.049	0.2119	0.0664	0.3487	1.9784	-31.6737	-45.9714
4	4.3504	-2.4615	0.3666	4.0024	0.6246	1.8399	-0.1577	-0.4923	0.1646	0.7009	0.1149	-0.1016	0.1335	-0.066	0.0299	0.3779	0.0701	0.0018	0.3445	0.0288	0.1981	-2.1723	-17.4315	-32.7891
5	4.5177	0.5885	1.4519	3.0098	-0.4722	6.573	-0.0573	0.0315	0.5839	0.5679	0.2538	-0.181	-0.0696	-0.2699	0.3806	0.2969	0.111	0.0089	0.3294	0.0094	0.2729	-5.243	-10.7049	-36.4116
6	2.7892	0.441	-1.6101	6.1621	3.501	3.2583	-0.227	-0.3303	-0.0768	0.7905	-0.2242	-0.324	-0.2445	0.7401	0.159	0.4757	-0.0424	-0.1654	0.3243	0.0949	0.2957	17.1377	-24.935	-8.0746
7	4.6135	2.1289	0.7658	2.2861	1.5745	1.6043	0.1432	-0.5155	0.0083	0.7371	0.0847	-0.3191	-0.4585	0.7443	-0.2334	0.5706	0.0549	-0.0301	0.4466	-0.0936	0.1679	2.97	-22.1103	-3.206
8	1.8422	1.5843	-0.6146	2.6549	-0.1336	1.3283	0.2325	-0.2618	0.1651	0.5214	-0.193	0.1868	-0.2132	0.1065	-0.0136	0.2991	-0.0017	-0.0818	0.333	-0.0062	0.2468	2.3799	-27.4329	-8.5615
9	3.3844	-0.3212	-1.3808	2.2092	-0.2763	3.1549	-0.0276	0.0925	0.2896	0.219	-0.2219	-0.3905	-0.4962	0.5927	0.2665	0.3961	-0.0584	-0.1107	0.4343	0.0588	0.3012	17.3045	-19.5424	-18.9948
10	3.6325	2.9278	-1.1699	3.7441	0.782	2.8118	-0.1131	-0.1066	-0.1667	-0.0293	-0.2107	0.1331	0.0413	-0.0182	0.2442	0.3243	0.0032	-0.0914	0.293	0.0385	0.2761	4.2784	-32.0119	-17.0341
11	3.2158	-0.1798	0.1038	1.4903	-0.2803	2.8377	0.1342	0.626	0.4604	-0.3863	-0.2327	-0.4257	-0.1858	0.2553	0.1593	0.4419	0.0492	-0.0277	0.5374	0.1513	0.3243	14.1313	-18.4565	-29.2071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 325 THROUGH 386 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 387 THROUGH 403 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 404 THROUGH 445 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 446 THROUGH 474 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 475 THROUGH 485 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 326 THROUGH 340 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 341 THROUGH 349 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 350 THROUGH 376 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 377 THROUGH 403 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 404 THROUGH 445 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 446 THROUGH 485 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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