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- PDB-4dve: Crystal structure at 2.1 A of the S-component for biotin from an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dve
タイトルCrystal structure at 2.1 A of the S-component for biotin from an ECF-type ABC transporter
要素Biotin transporter BioY
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ECF-transport / Ligand-binding domain / biotin binding / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BioY protein / BioY family / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Biotin transporter BioY
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Berntsson, R.P.-A. / ter Beek, J. / Majsnerowska, M. / Duurkens, R. / Puri, P. / Poolman, B. / Slotboom, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural divergence of paralogous S components from ECF-type ABC transporters.
著者: Berntsson, R.P. / Ter Beek, J. / Majsnerowska, M. / Duurkens, R.H. / Puri, P. / Poolman, B. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2012年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin transporter BioY
B: Biotin transporter BioY
C: Biotin transporter BioY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,42812
ポリマ－65,8573
非ポリマー2,5719
水2,090116
1
A: Biotin transporter BioY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1165
ポリマ－21,9521
非ポリマー1,1634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Biotin transporter BioY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8094
ポリマ－21,9521
非ポリマー8573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Biotin transporter BioY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5033
ポリマ－21,9521
非ポリマー5512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Biotin transporter BioY
B: Biotin transporter BioY
C: Biotin transporter BioY
ヘテロ分子

A: Biotin transporter BioY
B: Biotin transporter BioY
C: Biotin transporter BioY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,85724
ポリマ－131,7146
非ポリマー5,14318
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area17980 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area49230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.825, 57.384, 166.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-202-

BNG

21B-202-

BNG

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 188 / Label seq-ID: 11 - 198

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

-
要素

#1: タンパク質 Biotin transporter BioY / Biotin ECF transporter S component BioY


分子量: 21952.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
株: MG1363 / 遺伝子: bioY, llmg_1964 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: A2RMJ9
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN


分子量: 244.311 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.05-0.2 mM CaCl2, 45-50% PEG400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月16日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→48.36 Å / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 47.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.09-2.220.4382.51580071448490.7
2.22-2.370.3024.73850481481599.8
2.37-2.560.1957.31809911385599.9
2.56-2.810.13310.63755141280399.9
2.81-3.140.08716.29673431152699.9
3.14-3.620.0624.14587931012699.9
3.62-4.430.04434.3748195864799.8
4.43-6.230.04137.7436837659799.9
6.230.03441.6621077372799.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→48.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2049 / WRfactor Rwork: 0.1869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9118 / SU B: 5.159 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.1592 / SU Rfree: 0.1357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 2488 5 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.1864 49743 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.41 Å2 / Biso mean: 47.026 Å2 / Biso min: 25.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å20 Å20.28 Å2
2--2.93 Å2-0 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4329 0 174 116 4619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.024624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5672.0286263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.32237863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2065565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40422.391138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.96715691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0341515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02979
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1086MEDIUM POSITIONAL0.190.5
B1086MEDIUM POSITIONAL0.170.5
C1086MEDIUM POSITIONAL0.180.5
A1347LOOSE POSITIONAL0.665
B1347LOOSE POSITIONAL0.65
C1347LOOSE POSITIONAL0.665
A1086MEDIUM THERMAL3.032
B1086MEDIUM THERMAL3.022
C1086MEDIUM THERMAL4.72
A1347LOOSE THERMAL3.8410
B1347LOOSE THERMAL3.5410
C1347LOOSE THERMAL5.510
LS精密化 シェル解像度: 2.094→2.148 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 154 -
Rwork0.211 2933 -
all-3087 -
obs--85.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4916-1.36840.35351.4983-0.39351.8702-0.0438-0.1011-0.00850.04190.05190.0548-0.1648-0.0207-0.00810.04660.04530.0070.06280.01940.068734.9617-43.435969.8979
23.24761.5188-0.84841.568-0.25721.84950.0435-0.2032-0.11010.0541-0.0728-0.06450.10350.10590.02930.0655-0.0351-0.00210.04020.01690.068136.7855-15.933414.1918
31.84540.27150.36943.4998-1.93924.07340.00070.1404-0.00060.06870.12450.15240.0604-0.068-0.12520.0510.00230.0010.05080.03030.024827.8339-29.30941.2024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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