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- PDB-4rqa: Crystal Structure of a Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase (ta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rqa
タイトルCrystal Structure of a Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase (target ID NYSGRC-029686) from Staphylococcus aureus (orthorhombic space group)
要素Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / PRTase / NYSGRC / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性Rossmann fold - #2020 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Ghosh, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase (target ID NYSGRC-029686) from Staphylococcus aureus (orthorhombic space group)
著者: Ghosh, A. / Ahmed, A. / Bhoshle, R. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2014年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6128
ポリマ－21,2391
非ポリマー3737
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,44832
ポリマ－84,9584
非ポリマー1,49028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.158, 71.919, 103.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

GOL

21A-203-

NA

31A-347-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hypoxanthine phosphoribosyltransferase


分子量: 21239.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300_TCH1516 / 遺伝子: hpt / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pRIL
参照: UniProt: A8YZK8, hypoxanthine phosphoribosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 120分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium Acetate, 3.5 M Sodium Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9790, 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.0751
Reflection冗長度: 4.1 % / 数: 152216 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.27 / D res high: 1.9 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 36864 / % possible obs: 99.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.132010.0741.0644.3
4.085.1310.0491.1013.8
3.574.0810.0561.0333.9
3.253.5710.0671.0544
3.013.2510.0761.1294.1
2.843.0110.0871.0164.2
2.692.8410.1091.1124.2
2.582.6910.1351.1854.2
2.482.5810.1531.2774.2
2.392.4810.1781.2734.2
2.322.3910.2031.3224.2
2.252.3210.2311.3894.2
2.192.2510.2751.4794.2
2.142.1910.3131.4324.2
2.092.1410.3611.4574.2
2.052.0910.4291.4274.1
2.012.0510.4861.4324.1
1.972.0110.5421.4524.1
1.931.9710.6081.3774.1
1.91.9310.8561.3714.1
反射解像度: 1.48→20 Å / Num. all: 41368 / Num. obs: 40663 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.179 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.48-1.517.60.9420351.3131100
1.51-1.537.80.80420401.3321100
1.53-1.567.90.6520131.3671100
1.56-1.597.90.52520491.3331100
1.59-1.637.90.45720591.3261100
1.63-1.677.90.42120381.2991100
1.67-1.717.90.32920521.2871100
1.71-1.757.90.23720541.2621100
1.75-1.8180.18920581.2061100
1.81-1.8680.14820511.1491100
1.86-1.9380.12520551.2271100
1.93-2.0180.09220511.0731100
2.01-2.180.08320701.0911100
2.1-2.2180.07220641.051100
2.21-2.357.90.06720661.023199.8
2.35-2.537.90.06820600.997199.3
2.53-2.787.80.06820691.017199.4
2.78-3.187.50.05820531.083198
3.18-4.016.80.05318911.021189.2
4.01-206.80.04918351.085182.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.48→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.406 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. Unmodeled densities near Mse7 is plausibly due to alternate conformation of the N-terminus
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1942 2038 5 %RANDOM
Rwork0.1497 ---
obs0.1519 40663 98.05 %-
all-41362 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 188.39 Å2 / Biso mean: 32.072 Å2 / Biso min: 9.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1394 0 20 113 1527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0191439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3442.0261938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5633356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2535180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.70825.76359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27915272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.48156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.8742.806709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.7462.794707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.6244.204883
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.95332887
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.637545
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.59652947
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.516 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 156 -
Rwork0.215 2742 -
all-2898 -
obs--96.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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