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- PDB-4rqa: Crystal Structure of a Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase (ta... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rqa | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase (target ID NYSGRC-029686) from Staphylococcus aureus (orthorhombic space group) | ||||||
![]() | Hypoxanthine phosphoribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PRTase / NYSGRC / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
Function / homology | Rossmann fold - #2020 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghosh, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of a Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase (target ID NYSGRC-029686) from Staphylococcus aureus (orthorhombic space group) Authors: Ghosh, A. / Ahmed, A. / Bhoshle, R. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 88.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 71.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 458.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 460.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 21239.414 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: USA300_TCH1516 / Gene: hpt / Plasmid: pSGC-His / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A8YZK8, hypoxanthine phosphoribosyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 120 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.1 M Sodium Acetate, 3.5 M Sodium Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 19, 2013 / Details: MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 4.1 % / Number: 152216 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.27 / D res high: 1.9 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 36864 / % possible obs: 99.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.48→20 Å / Num. all: 41368 / Num. obs: 40663 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.179 / Net I/σ(I): 14.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. Unmodeled densities near Mse7 is plausibly due to alternate conformation of the N-terminus
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 188.39 Å2 / Biso mean: 32.072 Å2 / Biso min: 9.11 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.48→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.48→1.516 Å / Total num. of bins used: 20
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