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- PDB-4cgx: Crystal structure of the N-terminal domain of the PA subunit of T... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cgx | ||||||
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Title | Crystal structure of the N-terminal domain of the PA subunit of Thogoto virus polymerase (form 1) | ||||||
![]() | POLYMERASE ACIDIC PROTEIN | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | ![]() virion component / viral RNA genome replication / host cell nucleus / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guilligay, D. / Kadlec, J. / Crepin, T. / Lunardi, T. / Bouvier, D. / Kochs, G. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Comparative Structural and Functional Analysis of Orthomyxovirus Polymerase CAP-Snatching Domains. Authors: Guilligay, D. / Kadlec, J. / Crepin, T. / Lunardi, T. / Bouvier, D. / Kochs, G. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 146.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 116.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 435.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4cgsSC ![]() 4chcC ![]() 4chdC ![]() 4cheC ![]() 4chfC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20503.381 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-170 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Sequence details | EXTRA GMGSG AT N-TERMINAL AFTER HIS-TAG CLEAVAGE | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 / Details: 0.1 M MGCL2, 0.1 M MES PH 6.5 AND 22% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 9879 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 56.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4CGS Resolution: 2.7→41.815 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→41.815 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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