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- PDB-4cgx: Crystal structure of the N-terminal domain of the PA subunit of T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cgx
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of the PA subunit of Thogoto virus polymerase (form 1)
要素POLYMERASE ACIDIC PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / viral RNA genome replication / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Restriction Endonuclease / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種THOGOTO VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Guilligay, D. / Kadlec, J. / Crepin, T. / Lunardi, T. / Bouvier, D. / Kochs, G. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Comparative Structural and Functional Analysis of Orthomyxovirus Polymerase CAP-Snatching Domains.
著者: Guilligay, D. / Kadlec, J. / Crepin, T. / Lunardi, T. / Bouvier, D. / Kochs, G. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S.
履歴
登録2013年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN
B: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0072
ポリマ－41,0072
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-11.5 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.930, 77.230, 67.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 POLYMERASE ACIDIC PROTEIN / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT P3


分子量: 20503.381 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-170 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THOGOTO VIRUS (ウイルス) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS-RIL / 参照: UniProt: P27194
Has protein modificationY
配列の詳細EXTRA GMGSG AT N-TERMINAL AFTER HIS-TAG CLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MGCL2, 0.1 M MES PH 6.5 AND 22% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9786
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 9879 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 56.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CGS

4cgs


解像度: 2.7→41.815 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2797 471 4.8 %
Rwork0.1997 --
obs0.2035 9876 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.815 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 0 0 2601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8223615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.902965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003461
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-3.09070.34821630.25993091X-RAY DIFFRACTION98
3.0907-3.89350.32791480.21133128X-RAY DIFFRACTION99
3.8935-41.82020.23681600.17793186X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1366-0.8421.50281.8998-2.31134.4135-0.39040.4243-0.67580.0009-0.38590.06281.66520.6137-0.01670.99790.13850.33260.43710.0550.82753.5039-38.345213.4232
20.6888-0.23850.87092.91220.59623.4-0.6251-0.448-0.4817-0.564-0.4778-0.12731.28481.21270.16540.61460.20140.1810.60690.21570.56851.2807-32.523720.0672
34.2392-2.29131.73934.3914-0.292.8414-0.0137-0.02730.5939-0.1799-0.231-0.0782-0.32890.01590.24820.5707-0.06640.00220.30470.01310.4469-7.1037-19.87913.7154
45.661-0.9493-1.31585.3120.23345.4691.2266-0.19530.8318-1.1269-1.317-1.0084-0.0750.33710.27590.6104-0.14250.1510.4640.12260.56012.664-15.308912.5743
52.8081-0.71511.433.6353-1.76785.7743-0.3617-0.38420.06920.5937-0.1435-0.5073-1.65511.6580.25340.5605-0.2238-0.00120.78660.03720.6023.4861-18.48325.2108
64.6967-2.27430.20472.34932.22915.8443-0.1703-1.3578-0.00320.50060.518-0.61960.13621.66610.89490.48310.0398-0.13751.10890.15830.53254.2377-25.476831.0567
72.6560.14520.11649.00070.4032.20920.0168-0.59150.4040.37980.1726-0.0048-0.53471.03820.34760.8464-0.1226-0.18270.66930.05020.4336-2.4307-19.379133.2573
83.9535-3.5139-0.87637.46492.95951.7541-1.0395-0.4447-1.02090.6506-0.04430.20751.59490.52960.68290.86730.12590.37860.62610.24470.6741-1.0076-36.426230.2566
92.3858-0.0918-0.32229.4945-1.68971.7259-0.4216-0.7092-1.22730.1466-0.4199-1.47720.87572.12890.27630.58810.26120.05591.3150.38250.719814.0291-39.580925.8633
103.25361.249-1.32216.8033-0.62920.4833-0.52360.86520.4157-1.10070.30850.1696-0.2612-0.41320.16850.65960.0356-0.11950.63690.00690.4585-21.2947-19.5673-1.2141
113.48421.19270.19672.51461.32373.83650.0012-0.0918-0.59140.216-0.39820.22090.3363-0.52840.24120.3480.0233-0.03810.4068-0.02540.4474-26.0489-31.71819.5162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 3 THROUGH 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 28 THROUGH 47 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 48 THROUGH 74 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 75 THROUGH 86 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 87 THROUGH 114 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 115 THROUGH 126 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 127 THROUGH 134 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 135 THROUGH 154 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 155 THROUGH 165 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 2 THROUGH 100 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 101 THROUGH 166 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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