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万見
- PDB-4c83: Crystal Structure of the IgG2a LPT3 in complex with an 8-sugar in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c83
タイトルCrystal Structure of the IgG2a LPT3 in complex with an 8-sugar inner core analogue of Neisseria meningitidis
要素
  • LPT3 HEAVY CHAIN
  • LPT3 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / LIPOOLIGOSACCHARIDES / ANTIBODIES / ANTIGEN-ANTIBODY COMPLEX
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Parker, M.J. / Gomery, K. / Richard, G. / Mackenzie, C.R. / Cox, A.D. / Richards, J.C. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Selective Cross-Reactivity in a Bactericidal Antibody Against Inner Core Lipooligosaccharide from Neisseria Meningitidis.
著者: Parker, M.J. / Gomery, K. / Richard, G. / Mackenzie, C.R. / Cox, A.D. / Richards, J.C. / Evans, S.V.
履歴
登録2013年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Data collection
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPT3 HEAVY CHAIN
B: LPT3 LIGHT CHAIN
C: LPT3 HEAVY CHAIN
D: LPT3 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5178
ポリマ－94,3494
非ポリマー2,1684
水724
1
C: LPT3 HEAVY CHAIN
D: LPT3 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2584
ポリマ－47,1752
非ポリマー1,0842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-31.8 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
2
A: LPT3 HEAVY CHAIN
B: LPT3 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2584
ポリマ－47,1752
非ポリマー1,0842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-29.8 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.628, 64.192, 64.403
Angle α, β, γ (deg.)87.51, 89.82, 73.41
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 LPT3 HEAVY CHAIN


分子量: 23656.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 LPT3 LIGHT CHAIN


分子量: 23518.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-[beta-D- ...2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-[beta-D-glucopyranose-(1-4)]L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 987.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-2LDmanHep1-3[DGlcpb1-4]LDmanHep1-5DKdopa2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[Aad1122h-2a_2-6][a11221h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-3-4/a5-b1_b3-c1_b4-e1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Kdop]{[(5+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{}}[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE NOT AVAILABLE ON DATABASES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→40 Å / Num. obs: 26006 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.69→2.79 Å / 冗長度: 1.95 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MF2

1mf2


解像度: 2.69→37.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 17.607 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.421 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29255 1319 5.1 %RANDOM
Rwork0.22484 ---
obs0.22845 24686 97.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.986 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.94 Å2-0.24 Å22.31 Å2
2---1.51 Å20.4 Å2
3---3.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→37.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6543 0 144 4 6691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026859
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3211.9699326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9545837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04323.385257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.611151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0271534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 77 -
Rwork0.356 1870 -
obs--98.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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