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- PDB-4bul: Novel hydroxyl tricyclics (e.g. GSK966587) as potent inhibitors o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bul
タイトルNovel hydroxyl tricyclics (e.g. GSK966587) as potent inhibitors of bacterial type IIA topoisomerases
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*AP*CP *CP*GP*CP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*CP*TP *AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'
  • DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASES / NBTIS
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AE8 / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Miles, T.J. / Hennessy, A.J. / Bax, B. / Brooks, G. / Brown, B.S. / Brown, P. / Cailleau, N. / Chen, D. / Dabbs, S. / Davies, D.T. ...Miles, T.J. / Hennessy, A.J. / Bax, B. / Brooks, G. / Brown, B.S. / Brown, P. / Cailleau, N. / Chen, D. / Dabbs, S. / Davies, D.T. / Esken, J.M. / Giordano, I. / Hoover, J.L. / Huang, J. / Jones, G.E. / Sukmar, S.K.K. / Spitzfaden, C. / Markwell, R.E. / Minthorn, E.A. / Rittenhouse, S. / Gwynn, M.N. / Pearson, N.D.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Novel Hydroxyl Tricyclics (E.G., Gsk966587) as Potent Inhibitors of Bacterial Type Iia Topoisomerases.
著者: Miles, T.J. / Hennessy, A.J. / Bax, B. / Brooks, G. / Brown, B.S. / Brown, P. / Cailleau, N. / Chen, D. / Dabbs, S. / Davies, D.T. / Esken, J.M. / Giordano, I. / Hoover, J.L. / Huang, J. / ...著者: Miles, T.J. / Hennessy, A.J. / Bax, B. / Brooks, G. / Brown, B.S. / Brown, P. / Cailleau, N. / Chen, D. / Dabbs, S. / Davies, D.T. / Esken, J.M. / Giordano, I. / Hoover, J.L. / Huang, J. / Jones, G.E. / Kusalakumari Sukmar, S.K. / Spitzfaden, C. / Markwell, R.E. / Minthorn, E.A. / Rittenhouse, S. / Gwynn, M.N. / Pearson, N.D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Type Iia Topoisomerase Inhibition by a New Class of Antibacterial Agents.
著者: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / ...著者: Bax, B.D. / Chan, P.F. / Eggleston, D.S. / Fosberry, A. / Gentry, D.R. / Gorrec, F. / Giordano, I. / Hann, M.M. / Hennessy, A. / Hibbs, M. / Huang, J. / Jones, E. / Jones, J. / Brown, K.K. / Lewis, C.J. / May, E.W. / Saunders, M.R. / Singh, O. / Spitzfaden, C.E. / Shen, C. / Shillings, A. / Theobald, A.J. / Wohlkonig, A. / Pearson, N.D. / Gwynn, M.N.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22013年9月18日Group: Database references
改定 1.32017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
C: DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
E: 5'-D(*TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*CP*TP *AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*AP*CP *CP*GP*CP*AP*C)-3'
G: 5'-D(*TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*CP*TP *AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'
H: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*AP*CP *CP*GP*CP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,44511
ポリマ－180,7586
非ポリマー6875
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16050 Å2
ΔGint-77.8 kcal/mol
Surface area57420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.871, 93.871, 416.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A


分子量: 78109.000 Da / 分子数: 2
断片: GYRA N-TERMINAL 56KDA DOMAIN, RESIDUES 2-491, GYRB C-TERMINAL 27KDA DOMAIN, RESIDUES 410-644
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FUSION TRUNCATE WITH DELETION AND Y123F GYRB27A56GKDELY123F (BAX ET AL., 2010)
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P66937, UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*CP*TP *AP*CP*GP*GP*CP*T)-3'


分子量: 6156.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*CP*AP*CP *CP*GP*CP*AP*C)-3'


分子量: 6112.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 453分子

#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-AE8 / (S)-4-((4-(((2,3-dihydro-[1,4]dioxino[2,3-c]pyridin-7-yl)methyl)amino)piperidin-1-yl)methyl)-3-fluoro-4-hydroxy-4H-pyrrolo[3,2,1-de][1,5]naphthyridin-7(5H)-one / GSK-966587


分子量: 467.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26FN5O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細GSK966587 (S)-4-((4-(((2,3-DIHYDRO-[1,4]DIOXINO[2, 3-C]PYRIDIN-7-YL)METHYL)AMINO)PIPERIDIN-1-YL) ...GSK966587 (S)-4-((4-(((2,3-DIHYDRO-[1,4]DIOXINO[2, 3-C]PYRIDIN-7-YL)METHYL)AMINO)PIPERIDIN-1-YL)METHYL)- 3-FLUORO-4-HYDROXY-4H-PYRROLO[3,2,1-DE][1,5] NAPHTHYRIDIN-7(5H)-ONE
配列の詳細C-TERMINAL DOMAIN (410-644) WITH GREEK KEY DOMAIN (544-579) DELETED AND REPLACED WITH TWO RESIDUES, ...C-TERMINAL DOMAIN (410-644) WITH GREEK KEY DOMAIN (544-579) DELETED AND REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG. CATALYTIC TYROSINE MUTATED TO PHENYLALANINE, Y123F.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.96865
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96865 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.803
11K, H, -L20.197
反射解像度: 2.6→81.38 Å / Num. obs: 60721 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XCS

2xcs


解像度: 2.6→24.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 11.49 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18277 1844 3 %RANDOM
Rwork0.14376 ---
obs0.14494 58754 95.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10637 1587 38 448 12710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01812709
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1781.85617491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.09551355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.68723.678541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.74152025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.61215120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8742.4235411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4183.6326769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0912.4547298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.19920.89919006
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 122 -
Rwork0.204 4357 -
obs--96.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0074-0.1452-0.51961.70210.25611.61120.0282-0.24980.15460.14830.00450.0198-0.0917-0.0948-0.03270.2146-0.04380.0280.1807-0.02980.012313.941254.505863.7872
21.1922-0.3287-0.0471.2455-0.07271.1370.00170.0761-0.1989-0.00310.0064-0.02050.09620.0277-0.00820.1137-0.03880.01410.1027-0.0370.04429.992428.800634.4669
36.18713.50680.08022.06210.30851.15510.01210.301-0.1535-0.05960.1564-0.1252-0.28930.2321-0.16850.284-0.00480.03090.2655-0.04310.254229.0958-1.531541.4149
46.77360.60680.53711.4465-0.09780.079-0.1646-0.003-0.28080.09120.1344-0.12590.0551-0.02420.03020.3443-0.02640.07960.21580.0020.240811.8262-13.597646.0532
54.0149-1.4476-0.34282.12931.30655.0106-0.0184-0.56250.01990.5328-0.0886-0.2190.0930.4780.1070.293-0.1061-0.06690.29210.03630.09733.10746.959661.785
62.8855-0.1344-0.44121.457-0.18392.00090.08990.31990.3072-0.099-0.0165-0.0236-0.3354-0.005-0.07340.2459-0.00340.03580.25930.03110.0490.166253.905616.3603
71.08910.2464-0.19821.10490.08921.1533-0.0111-0.0296-0.17880.0047-0.01780.05370.063-0.00090.02890.1256-0.0180.02240.09360.00140.0416-19.540833.288247.3127
86.4128-2.5494-1.87346.88282.28882.0932-0.12630.12420.2069-0.05950.09130.1781-0.0248-0.11270.0350.2455-0.08180.01210.1098-0.00440.1499-22.44572.886343.3208
95.4202-0.8062-0.61862.173-0.66720.8882-0.05170.001-0.2498-0.1815-0.0508-0.07130.09720.12080.10250.225-0.07930.03430.14770.01150.1604-7.0446-12.161540.8522
103.21650.3575-0.67961.3662-0.92875.71030.10150.579-0.0079-0.3957-0.10330.2926-0.0307-0.40970.00180.25470.0454-0.02960.3199-0.0140.1502-20.225350.117619.0598
112.965-0.25011.74890.6087-0.28551.0767-0.42840.11440.54590.05140.1255-0.0312-0.30850.02960.30290.24790.00340.01020.2385-0.00240.15115.936351.52140.2998
125.6132-0.68352.04820.3197-0.26030.7623-0.35190.01120.8708-0.03120.0517-0.1322-0.1840.00190.30030.2781-0.03730.04480.2098-0.01610.17445.929351.546840.3279
131.678-0.057-0.57892.1033-0.85762.63970.04840.12620.28230.0690.00720.0943-0.6616-0.0691-0.05560.2966-0.01990.03490.1746-0.03260.087930.896355.433513.7007
142.09090.1169-0.30362.62231.09151.77510.02-0.06770.2992-0.05750.019-0.0938-0.48630.0925-0.0390.3055-0.02090.02670.17290.04360.0758-16.738261.325366.2746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A417 - 608
2X-RAY DIFFRACTION2A1029 - 1244
3X-RAY DIFFRACTION2A1328 - 1369
4X-RAY DIFFRACTION2A1461 - 1491
5X-RAY DIFFRACTION3A1370 - 1379
6X-RAY DIFFRACTION3A1451 - 1460
7X-RAY DIFFRACTION4A1380 - 1450
8X-RAY DIFFRACTION5A1008 - 1028
9X-RAY DIFFRACTION5A609 - 640
10X-RAY DIFFRACTION6C416 - 608
11X-RAY DIFFRACTION7C1029 - 1244
12X-RAY DIFFRACTION7C1328 - 1369
13X-RAY DIFFRACTION7C1461 - 1490
14X-RAY DIFFRACTION8C1370 - 1379
15X-RAY DIFFRACTION8C1451 - 1460
16X-RAY DIFFRACTION9C1380 - 1450
17X-RAY DIFFRACTION10C1010 - 1028
18X-RAY DIFFRACTION10C609 - 639
19X-RAY DIFFRACTION11E2 - 20
20X-RAY DIFFRACTION11F2 - 19
21X-RAY DIFFRACTION12G2 - 19
22X-RAY DIFFRACTION12H2 - 20
23X-RAY DIFFRACTION13A1245 - 1327
24X-RAY DIFFRACTION14C1245 - 1327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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