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- PDB-4bug: Pilus-presented adhesin, Spy0125 (Cpa), Cys426Ala mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bug
タイトルPilus-presented adhesin, Spy0125 (Cpa), Cys426Ala mutant
要素ANCILLARY PROTEIN 1
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DNA polymerase; domain 1 - #480 / Thioester domain / : / Domain of unknown function (DUF7601) / Domain of unknown function (DUF5979) / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain ...: / DNA polymerase; domain 1 - #480 / Thioester domain / : / Domain of unknown function (DUF7601) / Domain of unknown function (DUF5979) / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / SH3 type barrels. / DNA polymerase; domain 1 / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ancillary protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Walden, M. / Crow, A. / Nelson, M. / Banfield, M.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Intramolecular Isopeptide But not Internal Thioester Bonds Confer Proteolytic and Significant Thermal Stability to the S. Pyogenes Pilus Adhesin Spy0125.
著者: Walden, M. / Crow, A. / Nelson, M.D. / Banfield, M.J.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32019年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年6月5日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANCILLARY PROTEIN 1
B: ANCILLARY PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7382
ポリマ－102,7382
非ポリマー00
水30617
1
A: ANCILLARY PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3691
ポリマ－51,3691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ANCILLARY PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3691
ポリマ－51,3691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.960, 116.860, 176.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 291 - 719 / Label seq-ID: 25 - 453

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 ANCILLARY PROTEIN 1 / SPY0125


分子量: 51368.961 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 285-723 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ISOPEPTIDE BOND BETWEEN K297 - D595, AND K610 - N715
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: SF370 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GRA2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.75
詳細: 38 - 40 % PEG 4000, 200 MM SODIUM ACETATE AND 100 MM TRI - SODIUM CITRATE PH 5.6 REMARK 280 MM MES PH 6.0 - 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→70.51 Å / Num. obs: 24374 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XIC

2xic


解像度: 2.8→70.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 36.348 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26815 1240 5.1 %RANDOM
Rwork0.21102 ---
obs0.21389 23078 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.97 Å20 Å20 Å2
2---2.53 Å20 Å2
3----5.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→70.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6708 0 0 17 6725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026838
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.9669259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.845314821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6895839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.40425.767326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.768151216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8891520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6552.9813374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6542.9813373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7714.4654207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5393.0773464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 25709 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 91 -
Rwork0.308 1701 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31131.4217-0.93212.064-0.07792.6113-0.0194-0.18540.0029-0.1063-0.17140.01730.18570.20920.19080.37490.02970.01870.35790.06720.38458.1422-17.7669-26.6197
20.5434-0.64420.68642.1420.42232.0134-0.11270.0663-0.02470.19770.09850.0604-0.10690.12920.01430.2388-0.0171-0.00880.3789-0.00290.45769.7767-13.72851.6972
31.575-0.184-0.4320.6841-1.58535.2533-0.436-0.0963-0.1378-0.15180.1813-0.0404-0.1537-0.59350.25470.72510.0385-0.08250.35310.01370.170939.9635-10.8316-45.1032
40.9287-1.46940.9133.3453-0.39282.4038-0.03450.1972-0.06280.1605-0.05090.0716-0.63960.62810.08540.9845-0.3347-0.13980.19970.03160.074313.433219.3687-19.8069
50.19460.3674-0.64671.261-1.37782.8240.1651-0.05050.01550.0174-0.36650.06670.00880.42310.20150.56720.14480.04850.33090.13630.279817.058313.7596-47.7546
61.4477-0.72280.47121.0631-1.21793.5911-0.1430.0483-0.14240.23370.04530.1687-0.81370.01010.09760.94180.2572-0.04150.1309-0.02190.120842.077916.7264-2.4175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A290 - 387
2X-RAY DIFFRACTION1A586 - 604
3X-RAY DIFFRACTION2A388 - 585
4X-RAY DIFFRACTION3A605 - 720
5X-RAY DIFFRACTION4B287 - 387
6X-RAY DIFFRACTION4B586 - 604
7X-RAY DIFFRACTION5B388 - 585
8X-RAY DIFFRACTION6B605 - 720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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