+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mly | ||||||
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Title | Bifunctional GH43-CE Bacteroides eggerthii, BACEGG_01304 | ||||||
Components | Bifunctional GH43-CE protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / glycoside hydrolase / GH43 / carbohydrate esterase | ||||||
Function / homology | Function and homology information xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacteroides eggerthii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Koropatkin, N.M. / Pereira, G.V. / Cann, I. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes Authors: Pereira, G.V. / DAlessandro-Gabazza, C. / Farris, J. / Wefers, D. / Mackie, R. / Koropatkin, N.M. / Gabazza, E.C. / Cann, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mly.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mly.ent.gz | 1000.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mly.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mly_validation.pdf.gz | 500.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mly_full_validation.pdf.gz | 525.9 KB | Display | |
Data in XML | 6mly_validation.xml.gz | 102.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6mly_validation.cif.gz | 141.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mly | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6motC 6mouC 6ne9C 3zxlS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 89791.820 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides eggerthii (bacteria) / Gene: xynB_2, NCTC11155_00458 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A380YKU1, UniProt: E5WZQ7*PLUS, xylan 1,4-beta-xylosidase #2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: microbatch / pH: 6.5 Details: 0.2M AmSO4, 0.1M MES pH 6.5, 30% PEG 5k; streak seeding to produce larger crystals Temp details: room |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: cryo | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Apr 7, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 113694 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.192 / Χ2: 2.071 / Net I/σ(I): 4.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ZXL Resolution: 2.7→48.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 44.282 / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.351 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 257.19 Å2 / Biso mean: 62.463 Å2 / Biso min: 36.56 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→48.16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.703→2.773 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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