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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ne9 | ||||||
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Title | Bacteroides intestinalis acetyl xylan esterase (BACINT_01039) | ||||||
![]() | Isoamylase protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / carbohydrate esterase family 1 | ||||||
Function / homology | Esterase-like / Putative esterase / Immunoglobulin E-set / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative esterase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koropatkin, N.M. / Pereira, G.V. / Cann, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes Authors: Pereira, G.V. / DAlessandro-Gabazza, C. / Farris, J. / Wefers, D. / Mackie, R. / Koropatkin, N.M. / Gabazza, E.C. / Cann, I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 278.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 240.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 469.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 475.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 43453.020 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 509 molecules ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 10 mM Ammonium sulfate, 80 mM Sodium Cacodylate pH 6.5, and 21% PEG4000 Temp details: room temp |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 28, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.738→28.6 Å / Num. obs: 145030 / % possible obs: 91.71 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 15.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.738→1.8 Å / Redundancy: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2286 / Num. unique obs: 2851 / % possible all: 28.61 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 121.93 Å2 / Biso mean: 26.2957 Å2 / Biso min: 7.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.738→28.598 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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