PDB-4kws: Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kws

タイトル

Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with Mg and glycerol

要素

D-mannonate dehydratase

キーワード

HYDROLASE / enolase fold / D-MANNONATE DEHYDRATASE

機能・相同性

機能・相同性情報

gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromohalobacter salexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.642 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with Mg and glycerol
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kws.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kws.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kws.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kws_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kws_full_validation.pdf.gz	505 KB	表示
XML形式データ	4kws_validation.xml.gz	132.8 KB	表示
CIF形式データ	4kws_validation.cif.gz	198.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kws	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ow1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rgt-2 4kpl-3 4kt2-1 3ow1-1 3ow1-4 3pk7-3 3p93-4 4k2s-3 4kpl-4 2qjm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: D-mannonate dehydratase

B: D-mannonate dehydratase

C: D-mannonate dehydratase

D: D-mannonate dehydratase

E: D-mannonate dehydratase

F: D-mannonate dehydratase

G: D-mannonate dehydratase

H: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

365 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-mannonate dehydratase

B: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: D-mannonate dehydratase

D: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: D-mannonate dehydratase

H: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: D-mannonate dehydratase

G: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	195.273, 85.762, 195.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-504- MG
2	1	B-503- MG
3	1	C-504- MG
4	1	D-503- MG
5	1	A-968- HOH
6	1	E-980- HOH

#1: タンパク質	D-mannonate dehydratase 分子量: 45468.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア) 株: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / 遺伝子: Csal_2974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QT89, mannonate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2953 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG 3350, 0.1M Succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.642→40.047 Å / Num. all: 366760 / Num. obs: 366760 / % possible obs: 99.83 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OW1

3ow1

解像度: 1.642→40.047 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 15.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1625	18482	5.04 %
R_work	0.1385	-	-
obs	0.1397	348304	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.4309 Å²	-0 Å²	-0.4854 Å²
2-	-	-1.5663 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.8646 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.642→40.047 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25040	0	65	2953	28058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	25972
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	35407
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.662	9324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	3819
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6423-1.661	0.2285	556	0.1841	11255	X-RAY DIFFRACTION	97
1.661-1.6805	0.1981	645	0.1651	11594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6805-1.701	0.2033	623	0.1661	11531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.701-1.7225	0.2036	610	0.1662	11582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7225-1.7452	0.2049	616	0.1592	11643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7452-1.7691	0.2002	626	0.1609	11461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7691-1.7944	0.1999	611	0.1643	11636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7944-1.8212	0.1985	588	0.1536	11560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8212-1.8496	0.1971	632	0.1483	11539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.88	0.1774	626	0.1442	11594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.9124	0.1686	666	0.1401	11571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9124-1.9471	0.1803	610	0.1471	11583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9471-1.9846	0.184	667	0.1471	11532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9846-2.0251	0.1807	611	0.1453	11554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0251-2.0691	0.1656	577	0.1365	11657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0691-2.1173	0.1682	613	0.1325	11574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1173-2.1702	0.1738	598	0.1368	11634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1702-2.2289	0.1719	641	0.1361	11567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2289-2.2945	0.161	633	0.1312	11622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3685	0.1642	640	0.1347	11632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3685-2.4532	0.1691	600	0.1417	11646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4532-2.5514	0.1705	570	0.1347	11619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5514-2.6675	0.1667	591	0.1436	11722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6675-2.8081	0.1629	605	0.1404	11634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8081-2.9839	0.1619	580	0.1445	11701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9839-3.2142	0.1657	590	0.1446	11670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2142-3.5375	0.1523	637	0.1352	11686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5375-4.049	0.129	632	0.1217	11715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.049-5.0997	0.1239	603	0.1142	11782	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0997-40.0587	0.157	685	0.1458	11785	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2982	-0.0546	0.0338	0.2782	0.0996	0.4572	0.0115	-0.0491	-0.0619	0.0718	-0.0126	0.087	0.1307	-0.1273	0.0042	0.1191	-0.0457	0.0193	0.1267	0.0081	0.1327	8.0306	-32.6788	-73.5766
2	0.2236	0.036	0.0309	0.2132	-0.0888	0.5605	-0.0008	-0.0369	0.0524	0.0676	-0.0062	0.041	-0.076	-0.0718	0.0026	0.112	0.0063	0.0159	0.1103	-0.0155	0.1254	23.3347	-4.8109	-61.7648
3	0.2297	-0.0328	-0.0344	0.344	-0.1254	0.5409	-0.0058	0.0674	-0.0559	-0.1096	0.0185	0.0059	-0.0015	-0.0323	-0.0101	0.1449	-0.0102	-0.0054	0.1293	-0.0232	0.1263	-4.6916	-69.1128	-31.142
4	0.2695	-0.0045	0.0636	0.2583	0.0909	0.5081	0.0003	0.0515	0.0511	-0.0549	0.0199	0.0447	-0.2367	-0.0909	-0.0139	0.2185	0.0514	-0.0018	0.1227	0.0217	0.1118	-22.0834	-41.5376	-22.4937
5	0.3379	0.0989	0.0227	0.363	0.0332	0.3866	-0.0081	0.0161	-0.0562	-0.0395	0.0347	-0.1063	-0.0304	0.1396	-0.0195	0.0758	-0.0178	0.0156	0.1395	-0.0207	0.1375	31.1912	-69.0157	-4.7569
6	0.2782	0.0838	0.0813	0.2757	0.1221	0.5403	0.0136	-0.0316	-0.061	0.071	0.0017	-0.0666	0.1455	0.0916	-0.0138	0.1288	0.0248	-0.0212	0.1139	0.0147	0.1297	51.7601	-32.4536	-65.4657
7	0.3845	-0.0387	0.0534	0.202	-0.1003	0.4656	0.0036	-0.0094	0.0591	0.0138	-0.0112	-0.0813	-0.0642	0.14	-0.0118	0.0764	-0.0232	-0.0093	0.1305	-0.0022	0.1393	63.6068	-4.9112	-80.8393
8	0.2862	-0.067	0.0289	0.164	-0.006	0.4931	0.0035	0.0323	0.0474	-0.079	0.0207	-0.0782	-0.2418	0.1349	-0.0206	0.2404	-0.0855	0.0452	0.1404	-0.0085	0.1379	22.3915	-41.2074	-21.9546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:504 OR RESID 601:973 ) )	A	3 - 405
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:504 OR RESID 601:973 ) )	A	501 - 504
3	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:504 OR RESID 601:973 ) )	A	601 - 973
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:965 ) ) OR ( CHAIN G AND RESID 601:603 ) OR ( CHAIN F AND RESID 601:603 )	B	3 - 405
5	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:965 ) ) OR ( CHAIN G AND RESID 601:603 ) OR ( CHAIN F AND RESID 601:603 )	B	501 - 503
6	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:965 ) ) OR ( CHAIN G AND RESID 601:603 ) OR ( CHAIN F AND RESID 601:603 )	B	601 - 965
7	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:965 ) ) OR ( CHAIN G AND RESID 601:603 ) OR ( CHAIN F AND RESID 601:603 )	G	601 - 603
8	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:965 ) ) OR ( CHAIN G AND RESID 601:603 ) OR ( CHAIN F AND RESID 601:603 )	F	601 - 603
9	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:504 OR RESID 601:987 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 601:601 )	C	2 - 405
10	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:504 OR RESID 601:987 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 601:601 )	C	501 - 504
11	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:504 OR RESID 601:987 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 601:601 )	C	601 - 987
12	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:504 OR RESID 601:987 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 601:601 )	D	601
13	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN C AND RESID 988:988 ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:504 OR RESID 602:961 ) )	H	601
14	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN C AND RESID 988:988 ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:504 OR RESID 602:961 ) )	C	988
15	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN C AND RESID 988:988 ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:504 OR RESID 602:961 ) )	D	2 - 405
16	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN C AND RESID 988:988 ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:504 OR RESID 602:961 ) )	D	501 - 504
17	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN C AND RESID 988:988 ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:504 OR RESID 602:961 ) )	D	602 - 961
18	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 602:604 ) OR ( CHAIN C AND RESID 989:989 ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:981 ) )	H	602 - 604
19	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 602:604 ) OR ( CHAIN C AND RESID 989:989 ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:981 ) )	C	989
20	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 602:604 ) OR ( CHAIN C AND RESID 989:989 ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:981 ) )	E	2 - 405
21	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 602:604 ) OR ( CHAIN C AND RESID 989:989 ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:981 ) )	E	501 - 503
22	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 602:604 ) OR ( CHAIN C AND RESID 989:989 ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 601:981 ) )	E	601 - 981
23	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 974:974 ) OR ( CHAIN G AND RESID 604:607 ) OR ( CHAIN F AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 604:983 ) )	A	974
24	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 974:974 ) OR ( CHAIN G AND RESID 604:607 ) OR ( CHAIN F AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 604:983 ) )	G	604 - 607
25	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 974:974 ) OR ( CHAIN G AND RESID 604:607 ) OR ( CHAIN F AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 604:983 ) )	F	2 - 405
26	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 974:974 ) OR ( CHAIN G AND RESID 604:607 ) OR ( CHAIN F AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 604:983 ) )	F	501 - 503
27	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 974:974 ) OR ( CHAIN G AND RESID 604:607 ) OR ( CHAIN F AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:503 OR RESID 604:983 ) )	F	604 - 983
28	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 966:969 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:502 OR RESID 608:956 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 984:986 )	B	966 - 969
29	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 966:969 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:502 OR RESID 608:956 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 984:986 )	G	2 - 405
30	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 966:969 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:502 OR RESID 608:956 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 984:986 )	G	501 - 502
31	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 966:969 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:502 OR RESID 608:956 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 984:986 )	G	608 - 956
32	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 966:969 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 2:405 OR RESID 501:502 OR RESID 608:956 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 984:986 )	F	984 - 986
33	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:502 OR RESID 605:936 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 962:962 )	H	3 - 405
34	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:502 OR RESID 605:936 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 962:962 )	H	501 - 502
35	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:502 OR RESID 605:936 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 962:962 )	H	605 - 936
36	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND ( RESID 3:405 OR RESID 501:502 OR RESID 605:936 ) ) OR ( CHAIN D AND RESID 962:962 )	D	962

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)