PDB-3pk7: Crystal structure of D-mannonate dehydratase from Chromohalobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pk7

タイトル

Crystal structure of D-mannonate dehydratase from Chromohalobacter salexigens with MG and Glycerol bound in the active site

要素

Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

キーワード

ISOMERASE / enolase superfamily fold / MG binding

機能・相同性

機能・相同性情報

gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromohalobacter salexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.642 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of D-mannonate dehydratase from Chromohalobacter salexigens with MG and Glycerol bound in the active site
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pk7.cif.gz	672.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pk7.ent.gz	549.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pk7_validation.pdf.gz	491.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pk7_full_validation.pdf.gz	506.9 KB	表示
XML形式データ	3pk7_validation.xml.gz	132.8 KB	表示
CIF形式データ	3pk7_validation.cif.gz	190.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/3pk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/3pk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ow1S 3p93 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p93-3 4kpl-1 3rgt-2 3ow1-2 4kpl-4 4kt2-1 3p93-4 4k2s-4 4k2s-3 4kpl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

365 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

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3

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4

F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	195.273, 85.762, 195.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme 分子量: 45468.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア) 遺伝子: Csal_2974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QT89
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG 3350, 0.1M Succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.642→40.047 Å / Num. all: 366762 / Num. obs: 366762 / % possible obs: 99.83 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OW1

3ow1

解像度: 1.642→40.047 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1842	18479	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1578	-	-	-
obs	0.1592	366762	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.491 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.5884 Å²	-0 Å²	-0.1978 Å²
2-	-	-1.6437 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.9447 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.642→40.047 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24766	0	57	2889	27712

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	25629
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	34927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.993	9065
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	3768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4557

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6423-1.661	0.243	581	0.2057	11219	X-RAY DIFFRACTION	97
1.661-1.6805	0.2403	596	0.1949	11647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6805-1.701	0.2407	641	0.1945	11514	X-RAY DIFFRACTION	100
1.701-1.7225	0.2289	627	0.1919	11560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7225-1.7452	0.243	589	0.1918	11675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7452-1.7691	0.225	626	0.1816	11460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7691-1.7944	0.2237	624	0.1814	11622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7944-1.8212	0.2168	574	0.1741	11576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8212-1.8496	0.2204	634	0.1727	11531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8799	0.2024	646	0.1694	11578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8799-1.9124	0.209	625	0.1749	11613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9124-1.9471	0.2131	625	0.1704	11573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9471-1.9846	0.2076	589	0.1692	11605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9846-2.0251	0.2207	614	0.1706	11554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0251-2.0691	0.1963	568	0.1599	11666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0691-2.1172	0.203	627	0.1563	11560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1172-2.1702	0.2013	621	0.164	11612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1702-2.2289	0.1992	639	0.1593	11568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2289-2.2944	0.1862	645	0.1545	11610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2944-2.3685	0.1874	604	0.1555	11670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3685-2.4531	0.1942	596	0.1607	11651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4531-2.5513	0.1834	603	0.1542	11586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5513-2.6674	0.1821	612	0.1597	11696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6674-2.808	0.1851	603	0.1576	11640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.808-2.9839	0.1848	610	0.1627	11671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9839-3.2142	0.1818	606	0.161	11655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2142-3.5375	0.1722	616	0.1474	11706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5375-4.049	0.1332	637	0.132	11711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.049-5.0996	0.1395	641	0.1226	11743	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0996-40.059	0.1657	660	0.1529	11811	X-RAY DIFFRACTION	99

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