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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mot | ||||||
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Title | Bacteroides intestinalis feruloyl esterase, Bacint_01033 | ||||||
![]() | Isoamylase N-terminal domain protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / carbohydrate esterase / feruloyl esterase | ||||||
Function / homology | Esterase-like / Putative esterase / Immunoglobulin E-set / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like fold / Isoamylase N-terminal domain protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koropatkin, N.M. / Pereira, G.V. / Cann, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes Authors: Pereira, G.V. / DAlessandro-Gabazza, C. / Farris, J. / Wefers, D. / Mackie, R. / Koropatkin, N.M. / Gabazza, E.C. / Cann, I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 164.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 135.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 435.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 41096.961 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: BACINT_01033 / Production host: ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 1.5M Lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate (Hampton SaltRx B10) Temp details: room |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Apr 7, 2018 |
Radiation | Monochromator: C 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.71→86.567 Å / Num. obs: 99242 / % possible obs: 99.98 % / Redundancy: 40.4 % / Biso Wilson estimate: 24.58 Å2 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.71→1.73 Å |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.59 Å2 / Biso mean: 32.1501 Å2 / Biso min: 15.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.71→86.567 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 9.934 Å / Origin y: 33.1527 Å / Origin z: 69.9878 Å
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Refinement TLS group |
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