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- PDB-6mot: Bacteroides intestinalis feruloyl esterase, Bacint_01033 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mot
タイトルBacteroides intestinalis feruloyl esterase, Bacint_01033
要素Isoamylase N-terminal domain protein
キーワードHYDROLASE / carbohydrate esterase / feruloyl esterase
機能・相同性: / Esterase-like / Putative esterase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Isoamylase N-terminal domain protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Pereira, G.V. / Cann, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes
著者: Pereira, G.V. / DAlessandro-Gabazza, C. / Farris, J. / Wefers, D. / Mackie, R. / Koropatkin, N.M. / Gabazza, E.C. / Cann, I.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoamylase N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3455
ポリマ－41,0971
非ポリマー2484
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Isoamylase N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Isoamylase N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,69010
ポリマ－82,1942
非ポリマー4978
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+11
Buried area3470 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.959, 99.959, 164.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

HOH

21A-728-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isoamylase N-terminal domain protein / Feruloyl esterase


分子量: 41096.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides intestinalis DSM 17393 (バクテリア)
遺伝子: BACINT_01033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3C969
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.5M Lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate (Hampton SaltRx B10)
Temp details: room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月7日
放射モノクロメーター: C 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→86.567 Å / Num. obs: 99242 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 40.4 % / Biso Wilson estimate: 24.58 Å2 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.71→1.73 Å

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.71→86.567 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 19.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1912 3730 3.76 %
Rwork0.1706 --
obs0.1713 99242 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.59 Å2 / Biso mean: 32.1501 Å2 / Biso min: 15.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→86.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2754 0 40 306 3100
Biso mean--46.22 44.34 -
残基数----345
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.71-1.73170.31221430.352335563699
1.7317-1.75440.33351380.340235313669
1.7544-1.77850.37211400.329635573697
1.7785-1.80390.33661360.309334883624
1.8039-1.83080.34611430.292835553698
1.8308-1.85940.26111350.266335133648
1.8594-1.88990.27071380.246635743712
1.8899-1.92250.22511380.222935453683
1.9225-1.95750.24181380.214235343672
1.9575-1.99510.22851350.200535103645
1.9951-2.03580.20181400.183435703710
2.0358-2.08010.24011340.184735023636
2.0801-2.12850.22081380.178235603698
2.1285-2.18170.20651380.162635063644
2.1817-2.24070.21521390.154235343673
2.2407-2.30670.18331360.156535523688
2.3067-2.38110.17541400.165135303670
2.3811-2.46620.19761390.160735233662
2.4662-2.5650.17071350.162135733708
2.565-2.68170.20951380.167335133651
2.6817-2.82310.21531390.173135273666
2.8231-30.18061410.163335443685
3-3.23170.18481310.159235563687
3.2317-3.55690.15551350.151535383673
3.5569-4.07160.13871410.138235223663
4.0716-5.12970.14381360.122335493685
5.1297-86.67810.18391460.169235503696
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.934 Å / Origin y: 33.1527 Å / Origin z: 69.9878 Å
111213212223313233
T0.1648 Å2-0.0367 Å20.0092 Å2-0.1832 Å2-0.015 Å2--0.1425 Å2
L1.3409 °2-0.5862 °2-0.5434 °2-1.0518 °20.3473 °2--1.0092 °2
S-0.0557 Å °0.067 Å °-0.0456 Å °-0.0461 Å °0.0698 Å °-0.0498 Å °0.0189 Å °0.0025 Å °-0.0162 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA25 - 384
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 386
3X-RAY DIFFRACTION1allS389 - 391
4X-RAY DIFFRACTION1allS392
5X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 3
6X-RAY DIFFRACTION1allB4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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