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- PDB-1fi4: THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF MEVALONATE 5-DIPHOSPHATE DECARBOXY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fi4
タイトルTHE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF MEVALONATE 5-DIPHOSPHATE DECARBOXYLASE AT 2.3 ANGSTROM RESOLUTION.
要素MEVALONATE 5-DIPHOSPHATE DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / mixed alpha/beta structure / ATP binding / decarboxylase / cholesterol biosynthesis / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of dolichyl-phosphate / Cholesterol biosynthesis / diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / ergosterol biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol biosynthetic process / vacuole / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diphosphomevalonate decarboxylase / Mvd1, C-terminal / Mevalonate 5-diphosphate decarboxylase C-terminal domain / Diphosphomevalonate/phosphomevalonate decarboxylase / : / Diphosphomevalonate decarboxylase-like N-terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...Diphosphomevalonate decarboxylase / Mvd1, C-terminal / Mevalonate 5-diphosphate decarboxylase C-terminal domain / Diphosphomevalonate/phosphomevalonate decarboxylase / : / Diphosphomevalonate decarboxylase-like N-terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diphosphomevalonate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Edo, C. / Eswar, N. / Pieper, U. / Romanowski, M.J. / Ilyin, V. / Gerchman, S.E. / Kycia, H. / Studier, F.W. / Sali, A. ...Bonanno, J.B. / Edo, C. / Eswar, N. / Pieper, U. / Romanowski, M.J. / Ilyin, V. / Gerchman, S.E. / Kycia, H. / Studier, F.W. / Sali, A. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structural genomics of enzymes involved in sterol/isoprenoid biosynthesis.
著者: Bonanno, J.B. / Edo, C. / Eswar, N. / Pieper, U. / Romanowski, M.J. / Ilyin, V. / Gerchman, S.E. / Kycia, H. / Studier, F.W. / Sali, A. / Burley, S.K.
履歴
登録2000年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEVALONATE 5-DIPHOSPHATE DECARBOXYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8041
ポリマ－46,8041
非ポリマー00
水2,954164
1
A: MEVALONATE 5-DIPHOSPHATE DECARBOXYLASE

A: MEVALONATE 5-DIPHOSPHATE DECARBOXYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6082
ポリマ－93,6082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area31860 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.796, 126.402, 47.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細physiological dimer observed in crystal

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要素

#1: タンパク質 MEVALONATE 5-DIPHOSPHATE DECARBOXYLASE / MDD / DIPHOSPHOMEVALONATE DECARBOXYLASE


分子量: 46804.043 Da / 分子数: 1
変異: M1(MSE), M89(MSE), M169(MSE), M179(MSE), M192(MSE), M212(MSE), M237(MSE), M254(MSE), M255(MSE), M274(MSE)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: HIS-TAG MODIFIED PET28A PLASMID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32377, diphosphomevalonate decarboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 4K, 1M NaCl, 5% glycerol, 5% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMTris-HCl1reservoir
215 %(w/v)PEG40001reservoir
31 M1reservoirNaCl
45 %(v/v)ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 41954 / Num. obs: 40942 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 9999 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Num. unique all: 4206 / % possible all: 90.8
反射
*PLUS
最低解像度: 18 Å / % possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.03
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 2.27→30 Å / σ(F): 9999 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The model was refined against a target of maximum likelihood on solvent flattened phases except for the last round of Powell minimization when a target of maximum likelihood on F was used. ...詳細: The model was refined against a target of maximum likelihood on solvent flattened phases except for the last round of Powell minimization when a target of maximum likelihood on F was used. The data were corrected for anomalous scattering by the selenium atoms.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 4094 -Random
Rwork0.239 ---
all0.242 41454 --
obs0.242 41454 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3062 0 0 164 3226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.683
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0077
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 18 Å / σ(F): 9999 / Rfactor obs: 0.239
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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