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- PDB-5h68: Crystal structure of an engaged dimer of the Geobacillus stearoth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h68
タイトルCrystal structure of an engaged dimer of the Geobacillus stearothermophilus SMC head domain
要素Chromosome partition protein Smc
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CELL CYCLE / SMC protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / sister chromatid cohesion / chromosome / DNA replication / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chromosome partition protein Smc
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus 10 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.975 Å
データ登録者Kamada, K. / Hirano, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Grants-in-Aid for Science Research 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Overall Shapes of the SMC-ScpAB Complex Are Determined by Balance between Constraint and Relaxation of Its Structural Parts
著者: Kamada, K. / Su'etsugu, M. / Takada, H. / Miyata, M. / Hirano, T.
履歴
登録2016年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein Smc
B: Chromosome partition protein Smc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2536
ポリマ－75,1582
非ポリマー1,0954
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area26400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.339, 65.835, 77.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chromosome partition protein Smc


分子量: 37578.805 Da / 分子数: 2 / 変異: E1118 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expression tag(GPH), N-terminal half of the head domain, residues 1-169,Linker(GSGGGSG), residues 1027-1187
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus 10 (バクテリア)
遺伝子: smc, GT50_02560 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0K2H586
#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 % / 解説: Orthogonal plate or cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.2 M sodium chloride and 25%(w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.975→50 Å / Num. obs: 46908 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/av σ(I): 25.7 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1300002083

解像度: 1.975→46.908 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 2377 5.07 %
Rwork0.1887 --
obs0.191 46887 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / Bsol: 37.954 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9261 Å20 Å21.2967 Å2
2---1.1661 Å2-0 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.975→46.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5137 0 64 242 5443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2017154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5141999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077803
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9749-2.01520.29391090.21982101X-RAY DIFFRACTION78
2.0152-2.05910.26611440.21842444X-RAY DIFFRACTION93
2.0591-2.1070.25861400.20822637X-RAY DIFFRACTION100
2.107-2.15960.29011420.21122641X-RAY DIFFRACTION100
2.1596-2.2180.25051320.2112666X-RAY DIFFRACTION100
2.218-2.28330.28161340.19872665X-RAY DIFFRACTION100
2.2833-2.3570.24441380.20422670X-RAY DIFFRACTION100
2.357-2.44120.25581330.18982643X-RAY DIFFRACTION100
2.4412-2.5390.23571310.18982672X-RAY DIFFRACTION100
2.539-2.65450.22781460.1922624X-RAY DIFFRACTION100
2.6545-2.79440.25311490.1922656X-RAY DIFFRACTION100
2.7944-2.96950.24041540.19192644X-RAY DIFFRACTION100
2.9695-3.19870.2481330.18952675X-RAY DIFFRACTION100
3.1987-3.52050.23381330.17142695X-RAY DIFFRACTION100
3.5205-4.02970.20411510.172657X-RAY DIFFRACTION100
4.0297-5.07610.18931640.16912679X-RAY DIFFRACTION100
5.0761-46.92140.23761440.20542741X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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