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万見
- PDB-3w6j: Crystal structure of ScpAB core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w6j
タイトルCrystal structure of ScpAB core complex
要素
  • ScpA
  • ScpB
キーワードCELL CYCLE / regulatory subcomplex / SMC / winged HTH
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome separation / chromosome segregation / DNA replication / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromosome segregation/condensation protein ScpB / Segregation and condensation complex subunit ScpB / Segregation and condensation protein A / Segregation and condensation protein ScpA / ScpA-like, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Segregation and condensation protein A / Segregation and condensation protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kamada, K. / Hirano, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of SMC ATPase activation: role of internal structural changes of the regulatory subcomplex ScpAB
著者: Kamada, K. / Miyata, M. / Hirano, T.
履歴
登録2013年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ScpA
B: ScpB
C: ScpB
D: ScpA
E: ScpB
F: ScpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,4326
ポリマ－120,4326
非ポリマー00
水77543
1
A: ScpA
B: ScpB
C: ScpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2163
ポリマ－60,2163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
2
D: ScpA
E: ScpB
F: ScpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2163
ポリマ－60,2163
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10860 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.856, 127.423, 97.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ScpA


分子量: 20138.232 Da / 分子数: 2 / 断片: Unp residues 1-174 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: strain 10 / 遺伝子: scpA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E0TD69*PLUS
#2: タンパク質
ScpB


分子量: 20038.943 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP resides 12-191 / Mutation: extra a.a. GPHM at Nter / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: strain 10 / 遺伝子: scpB / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E0TE00*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. In THE ENTITY 2, GPHM ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. In THE ENTITY 2, GPHM AMINO ACIDS HAVE BEEN ADDED AT THE N TERMINAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.49M NaH2PO4, 0.91M K2HPO4, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 61981 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 66.659 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.793
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 1.625 / Num. unique all: 5598 / Rsym value: 0.669 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→30.7 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2641 3144 5.07 %RANDOM
Rwork0.2247 ---
obs0.2267 61951 98.69 %-
all-61972 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.228 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.6874 Å2-0 Å29.8465 Å2
2---16.2021 Å2-0 Å2
3---1.5148 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7499 0 0 43 7542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18110305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.472972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051322
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.6330.43821190.36432204232381
2.633-2.67610.34591430.33582632277598
2.6761-2.72220.40651310.32762676280799
2.7222-2.77170.37141660.31322681284799
2.7717-2.8250.3371320.30042676280899
2.825-2.88260.31591390.277826682807100
2.8826-2.94520.35461470.28662693284099
2.9452-3.01370.29651270.27732706283399
3.0137-3.0890.28711520.27072654280699
3.089-3.17240.31751440.26452698284299
3.1724-3.26570.34331530.26542696284999
3.2657-3.37090.27891400.237726842824100
3.3709-3.49130.28161510.232226942845100
3.4913-3.63080.24081350.217827242859100
3.6308-3.79580.2421410.21626732814100
3.7958-3.99550.22771410.197727062847100
3.9955-4.24530.23391310.183127312862100
4.2453-4.57210.22971610.177227002861100
4.5721-5.03040.21661310.191427152846100
5.0304-5.75410.2981590.231127242873100
5.7541-7.23390.2811420.245927232865100
7.2339-30.70260.19391590.17682749290899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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