[日本語] English
万見
- PDB-3m4w: Structural basis for the negative regulation of bacterial stress ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m4w
タイトルStructural basis for the negative regulation of bacterial stress response by RseB
要素
  • Sigma-E factor negative regulatory protein
  • Sigma-E factor regulatory protein rseB
キーワードSignaling Protein/Signaling Protein / RseA / RseB / RseP / stress response / sigma factor / Periplasm / Cell membrane / Transmembrane / Signaling Protein-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of polysaccharide biosynthetic process / antisigma factor binding / sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist complex / outer membrane-bounded periplasmic space / molecular adaptor activity / protein stabilization / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3960 / Sigma-E factor negative regulatory protein RseA / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / MucB/RseB / MucB/RseB, N-terminal / MucB/RseB, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / MucB/RseB, C-terminal domain superfamily / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3960 / Sigma-E factor negative regulatory protein RseA / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / MucB/RseB / MucB/RseB, N-terminal / MucB/RseB, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / MucB/RseB, C-terminal domain superfamily / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal domain / MucB/RseB N-terminal domain / MucB/RseB C-terminal domain / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-sigma-E factor RseA / Sigma-E factor regulatory protein RseB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, D.Y. / Kwon, E. / Choi, J.K. / Hwang, H.-Y. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the negative regulation of bacterial stress response by RseB
著者: Kim, D.Y. / Kwon, E. / Choi, J.K. / Hwang, H.-Y. / Kim, K.K.
履歴
登録2010年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sigma-E factor regulatory protein rseB
B: Sigma-E factor regulatory protein rseB
C: Sigma-E factor regulatory protein rseB
D: Sigma-E factor regulatory protein rseB
E: Sigma-E factor negative regulatory protein
F: Sigma-E factor negative regulatory protein
G: Sigma-E factor negative regulatory protein
H: Sigma-E factor negative regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,58214
ポリマ－176,1908
非ポリマー3926
水7,584421
1
A: Sigma-E factor regulatory protein rseB
C: Sigma-E factor regulatory protein rseB
E: Sigma-E factor negative regulatory protein
G: Sigma-E factor negative regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2917
ポリマ－88,0954
非ポリマー1963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27260 Å2
手法PISA
2
B: Sigma-E factor regulatory protein rseB
D: Sigma-E factor regulatory protein rseB
F: Sigma-E factor negative regulatory protein
H: Sigma-E factor negative regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2917
ポリマ－88,0954
非ポリマー1963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9840 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.097, 119.513, 150.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Sigma-E factor regulatory protein rseB


分子量: 33328.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: RseB (Amino Acids 24-318) / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AFX9
#2: タンパク質
Sigma-E factor negative regulatory protein / Sigma-E factor negative regulatory protein RseA


分子量: 10718.712 Da / 分子数: 4 / Fragment: residues 121-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: RseA (Amino Acids 121-216) / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AFX7
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 287 K / 手法: マイクロバッチ法, under oil / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 550MME, 10mM ZnSO4, 100mM MES, pH 6.5, Microbatch, under oil, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 71675 / Num. obs: 69381 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Num. unique all: 6632 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P4B

2p4b


解像度: 2.3→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2853301.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 3325 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 66103 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.5512 Å2 / ksol: 0.332924 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2---6.75 Å20 Å2
3---6.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10108 0 6 421 10535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 524 5 %
Rwork0.267 9882 -
obs--90.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る