PDB-4bdr: Crystal structure of the GluK2 R775A LBD dimer in complex with kainate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bdr

タイトル

Crystal structure of the GluK2 R775A LBD dimer in complex with kainate

要素

GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

キーワード

METAL TRANSPORT / KAINATE RECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

引用

ジャーナル: Open Biol. / 年: 2013
タイトル: Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
著者: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

履歴

登録	2012年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月12日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月29日	Group: Data collection / Source and taxonomy
改定 2.0	2018年6月20日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_conn_angle ...atom_site / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_site.occupancy / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._atom_site.occupancy / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bdr.cif.gz	225.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bdr.ent.gz	182.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bdr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4bdr_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bdr_full_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示
XML形式データ	4bdr_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	4bdr_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bdlC 4bdmC 4bdnC 4bdoC 4bdqC 2xxtS 1s50 1s7y 1s9t 1sd3 1tt1 1yae 2i0b 2i0c 2xxr 2xxu 2xxv 2xxw 2xxx 2xxy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xxt-d 2xxw-d 2xxu-d 2wky-d 2p2a-d 2xxv-d 4bdq-d 2pbw-d 5mfv-d 5zg0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (12) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.503, 105.331, 112.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2142- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.4468, -0.8896, 0.0954), (-0.8917, -0.4514, -0.0335), (0.0729, -0.0701, -0.9949)
ベクター: 20.6811, 37.7176, 45.8429)

#1: タンパク質	GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 / GLUTAMATE RECEPTOR 6 / GLUR-6 / GLUR6 分子量: 29539.830 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-KAI / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / KAINATE / カイニン酸分子量: 213.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅NO₄ / コメント: 神経伝達物質, アゴニスト*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 23% PEG 4,000, 3% PROPAN-2-OL, 80MM NA ACETATE

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	Diamond	I03	1	0.97
シンクロトロン	Diamond	I03	2	1.5498

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC CCD	1	CCD
	2

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97	1
2	1.5498	1

反射

解像度: 1.65→19.77 Å / Num. obs: 66575 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 23.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.2

反射シェル

解像度: 1.65→1.67 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XXT

2xxt

解像度: 1.65→19.766 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	3329	5 %
R_work	0.1641	-	-
obs	0.1657	66575	97.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.202 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5666 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.3905 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8239 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.766 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3991	0	33	489	4513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	5580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.879	1538
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	702

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6736	0.284	140	0.247	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6736-1.6985	0.2949	138	0.2323	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6985-1.7251	0.2233	139	0.2297	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7251-1.7533	0.2527	139	0.2208	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7533-1.7835	0.2567	139	0.2035	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7835-1.8159	0.2195	140	0.1939	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8159-1.8509	0.2249	140	0.1846	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8509-1.8886	0.2275	138	0.184	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8886-1.9296	0.2017	139	0.1769	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9296-1.9745	0.2037	138	0.1677	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9745-2.0238	0.1774	139	0.1539	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0238-2.0785	0.1671	139	0.1463	2631	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0785-2.1396	0.1973	139	0.1543	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1396-2.2085	0.1759	139	0.1525	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2085-2.2874	0.2046	137	0.1632	2604	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2874-2.3788	0.2309	139	0.1562	2654	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3788-2.4869	0.165	138	0.1607	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4869-2.6177	0.2258	139	0.1583	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6177-2.7813	0.1959	138	0.1693	2621	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7813-2.9954	0.2032	139	0.1695	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9954-3.2955	0.1957	138	0.1604	2624	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2955-3.7696	0.1674	137	0.1553	2602	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7696-4.7384	0.1721	138	0.1311	2610	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7384-19.7674	0.1785	140	0.1589	2658	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0156	0.9334	-0.3594	1.5868	0.4365	1.2239	-0.1707	0.1629	-0.2552	0.0719	0.0711	0.0038	0.2484	-0.1921	0.0858	0.1717	-0.0406	0.0193	0.1832	0.0237	0.2366	-41.4063	24.9094	14.0274
2	1.8101	1.3447	-1.4134	5.1208	-1.3483	1.0104	-0.2112	0.4902	0.0984	-0.9114	0.56	-0.092	0.4142	-0.7759	-0.2993	0.3539	-0.1158	-0.0426	0.3402	0.0875	0.1965	-36.3616	40.2659	-2.3521
3	1.0513	-0.1339	-0.469	1.9042	-0.2705	1.3462	-0.0658	-0.0228	0.1108	-0.1999	0.0785	-0.1544	-0.0083	0.0646	-0.0298	0.165	-0.0417	-0.0008	0.1471	0.0198	0.1443	-25.9268	37.7423	6.9395
4	2.3076	-0.416	-0.2572	3.9536	-0.1999	1.2921	0.0722	0.5215	-0.0683	-0.6612	-0.1039	-0.2335	-0.0362	-0.1265	0.0252	0.2856	-0.0033	0.0254	0.2648	-0.0067	0.1669	-18.926	35.69	-1.8497
5	0.9647	0.2488	-0.9657	1.6502	0.0799	1.6429	-0.1012	-0.2124	-0.2774	-0.0125	0.0282	-0.2507	0.16	0.1938	0.0729	0.1402	-0.0019	-0.01	0.1767	0.036	0.2422	-20.4974	30.2781	12.0062
6	1.2405	1.0633	0.5661	2.0005	-1.0684	1.8048	0.0924	-0.1589	-0.0054	0.1506	-0.12	-0.189	0.0227	0.0392	0.0321	0.1488	-0.0117	0.0002	0.1514	0.0262	0.1694	-32.9531	32.3194	22.9031
7	1.6657	-1.1471	-1.6764	1.7686	0.5644	2.1528	-0.0106	0.038	0.0812	0.048	-0.0397	0.0816	-0.4945	-0.2171	-0.0058	0.1769	-0.0116	0.0296	0.2443	0.0045	0.1624	-27.9042	34.9199	5.7275
8	0.4886	1.1534	-0.0719	3.1423	0.5697	0.4205	-0.1122	-0.0021	0.0514	-0.1719	0.1529	-0.2866	-0.1349	0.0722	-0.0328	0.2021	0.0033	-0.0065	0.1299	-0.0341	0.2525	-16.0796	62.8841	28.0982
9	1.2693	0.6623	1.1138	2.0936	1.3828	1.8318	-0.2061	-0.1762	0.3575	0.0996	0.0067	0.2556	-0.4754	-0.2043	0.2016	0.2504	0.0281	-0.0235	0.1615	-0.034	0.2527	-26.2616	59.9252	28.9299
10	0.6652	0.4473	0.3577	1.2633	-0.3416	1.0233	0.0024	-0.1303	0.1422	0.0417	-0.0064	0.1814	-0.037	-0.0749	0.0107	0.1791	0.0247	0.013	0.1899	-0.0118	0.1801	-27.2186	48.341	32.8449
11	2.9122	0.0334	0.971	1.7865	-0.6342	2.3743	-0.0165	-0.6981	-0.0956	0.5065	0.1042	-0.0775	0.0864	-0.4132	-0.085	0.2636	0.018	-0.0276	0.3189	0.0233	0.1585	-18.4683	37.3677	43.8904
12	0.9569	-0.7539	1.1343	3.778	-1.5909	2.327	-0.0036	0.0674	0.0727	-0.0166	-0.1207	-0.4264	0.1148	0.2808	0.1149	0.154	0.0415	-0.011	0.1605	0.0044	0.1843	-13.631	41.994	30.4138
13	1.4073	0.833	-0.0171	1.8839	1.0645	0.9675	-0.0791	0.2646	-0.0186	-0.3764	0.1321	-0.0039	-0.1859	0.0218	-0.0325	0.2328	-0.0215	-0.0028	0.1403	0.0234	0.1728	-23.0464	52.4646	17.7783
14	1.283	-0.7953	-1.0219	1.1373	0.2357	2.056	-0.0955	-0.043	-0.0592	0.4533	-0.2838	-0.1703	-0.2217	-0.3051	0.2069	0.2556	0.0536	-0.0284	0.2418	0.0025	0.1917	-22.1131	47.3455	35.4374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 431:482)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 483:497)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 498:681)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 682:737)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 738:768)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 769:804)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 900)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 431:467)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 468:493)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 494:668)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 669:736)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 737:767)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 768:804)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 900)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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