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- PDB-2wky: Crystal structure of the ligand-binding core of GluR5 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wky
タイトルCrystal structure of the ligand-binding core of GluR5 in complex with the agonist 4-AHCP
要素GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SYNAPSE / MEMBRANE / RECEPTOR / TRANSPORT / ION CHANNEL / RNA EDITING / GLYCOPROTEIN / CELL JUNCTION / IONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR / ALTERNATIVE SPLICING / POSTSYNAPTIC CELL MEMBRANE / IONIC CHANNEL / CELL MEMBRANE / ION TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / PHOSPHOPROTEIN / LIGAND-BINDING CORE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid secretion / L-glutamate transmembrane transporter activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate binding ...negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid secretion / L-glutamate transmembrane transporter activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate binding / inhibitory postsynaptic potential / synaptic transmission, GABAergic / adult behavior / behavioral response to pain / modulation of excitatory postsynaptic potential / kainate selective glutamate receptor activity / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / ionotropic glutamate receptor complex / membrane depolarization / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / establishment of localization in cell / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic plasticity / terminal bouton / nervous system development / presynaptic membrane / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / receptor complex / postsynaptic density / neuronal cell body / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IBC / Glutamate receptor ionotropic, kainate 1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Naur, P. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Glutamate Receptor Glur5 Agonist (S)-2-Amino-3-(3-Hydroxy-7,8-Dihydro-6H-Cyclohepta[D]Isoxazol-4-Yl)Propionic Acid and the 8-Methyl Analogue: Synthesis, Molecular Pharmacology, and ...タイトル: The Glutamate Receptor Glur5 Agonist (S)-2-Amino-3-(3-Hydroxy-7,8-Dihydro-6H-Cyclohepta[D]Isoxazol-4-Yl)Propionic Acid and the 8-Methyl Analogue: Synthesis, Molecular Pharmacology, and Biostructural Characterization
著者: Clausen, R.P. / Naur, P. / Kristensen, A.S. / Greenwood, J.R. / Strange, M. / Brauner-Osborne, H. / Jensen, A.A. / Nielsen, A.S. / Geneser, U. / Ringgaard, L.M. / Nielsen, B. / Pickering, D.S. ...著者: Clausen, R.P. / Naur, P. / Kristensen, A.S. / Greenwood, J.R. / Strange, M. / Brauner-Osborne, H. / Jensen, A.A. / Nielsen, A.S. / Geneser, U. / Ringgaard, L.M. / Nielsen, B. / Pickering, D.S. / Brehm, L. / Gajhede, M. / Krogsgaard-Larsen, P. / Kastrup, J.S.
履歴
登録2009年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1
B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0236
ポリマ－58,4752
非ポリマー5474
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.310, 71.310, 234.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1 / GLUTAMATE RECEPTOR 5 / GLUR-5 / GLUR5


分子量: 29237.566 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND-BINDING CORE, RESIDUES 430-544,667-806 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI B / 参照: UniProt: P22756
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-IBC / 3-(3-HYDROXY-7,8-DIHYDRO-6H-CYCLOHEPTA[D]ISOXAZOL-4-YL)-L-ALANINE / 2-AMINO-3-(3-HYDROXY-7,8-DIHYDRO-6H-CYCLOHEPTA[D]-4-ISOXAZOLYL)PROPIONIC ACID / (2S)-2-アミノ-3-(3-ヒドロキシ-7,8-ジヒドロ-6H-シクロヘプタ[d]イソオキサゾ-ル-4-イル)プロ(以下略)


分子量: 238.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CRYSTALLIZED PROTEIN CONSISTS OF GLY RESIDUE FOLLOWED BY RESIDUE 430-544 AND 667-805 FROM THE ...THE CRYSTALLIZED PROTEIN CONSISTS OF GLY RESIDUE FOLLOWED BY RESIDUE 430-544 AND 667-805 FROM THE INTACT RECEPTOR LINKED BY A GLY-THR DIPEPTIDE. THERE IS A SEQUENCE CONFLICT AT RESIDUE 34 OF THE CRYSTALLIZED PROTEIN DUE TO DIFFERENCES IN DATABASE SEQUENCE (SEE GENBANK ACCESION NO. AAA02874).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 18 % PEG4000 0.3 M LI2SO4 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 31679 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PBW

2pbw


解像度: 2.2→29.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2547573.64 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1569 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 31666 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.0097 Å2 / ksol: 0.345161 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å20 Å20 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----3.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4042 0 36 295 4373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 237 4.6 %
Rwork0.256 4864 -
obs--98.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION44-AHCP.PAR4-AHCP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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