PDB-4b85: Mus musculus Acetylcholinesterase in complex with 4-Chloranyl-N-(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b85

タイトル

Mus musculus Acetylcholinesterase in complex with 4-Chloranyl-N-(2- diethylamino-ethyl)-benzenesulfonamide

要素

ACETYLCHOLINESTERASE

キーワード

HYDROLASE / INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Andersson, C.D. / Forsgren, N. / Akfur, C. / Allgardsson, A. / Berg, L. / Qian, W. / Ekstrom, F. / Linusson, A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Divergent Structure-Activity Relationships of Structurally Similar Acetylcholinesterase Inhibitors.
著者: Andersson, C.D. / Forsgren, N. / Akfur, C. / Allgardsson, A. / Berg, L. / Engdahl, C. / Qian, W. / Ekstrom, F.J. / Linusson, A.

履歴

登録	2012年8月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b85.cif.gz	445 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b85.ent.gz	365.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b85.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4b85_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4b85_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4b85_validation.xml.gz	47.2 KB	表示
CIF形式データ	4b85_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/4b85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/4b85	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4b7zC 4b80C 4b81C 4b82C 4b83C 4b84C 4btlC 1j06S 1c2b 1c2o 1j07 1ku6 1maa 1mah 1n5m 1n5r 1q83 1q84 2c0p 2c0q 2h9y 2ha0 2ha2 2ha3 2ha4 2ha5 2ha6 2ha7 2jey 2jez 2jf0 2jge 2jgf 2jgi 2jgj 2jgk 2jgl 2jgm 2whp 2whq 2whr 2wls 2wu3 2wu4 2xud 2xuf 2xug 2xuh 2xui 2xuj 2xuk 2xuo 2xup 2xuq 2y2u 2y2v 4a16 4a23 4ara 4arb S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wls-d 5ehn-d 2jgm-d 5eie-d 6wvc-1 2xuq-d 4b7z-d 2ha0-d 4b81-d 4b84-d 2h9y-d 2whq-d 2ha3-d 2gyw-d 6o5s-2 2xuo-d 4b80-d 2xuh-d 6wuz-1 6o4w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: ACETYLCHOLINESTERASE

B: ACETYLCHOLINESTERASE

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.527, 112.892, 226.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

ACETYLCHOLINESTERASE / ACHE

分子量: 60233.984 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 32-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PCDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 676分子

#2: 化合物	ChemComp-B3W / 4-chloranyl-N-[2-(diethylamino)ethyl]benzenesulfonamide / p-クロロ-N-[2-(ジエチルアミノ)エチル]ベンゼンスルホンアミド分子量: 290.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉ClN₂O₂S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 27-31 % (W/V) PEG750MME, 0.1 M HEPES PH 7.0-7.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→29.2 Å / Num. obs: 119406 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.26 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1J06

1j06

解像度: 2.1→29.189 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2059	2414	2 %
R_work	0.1767	-	-
obs	0.1773	119303	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.925 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.312 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.8853 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.1973 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8326	0	137	663	9126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8850
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.119	12081
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.865	3266
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	1293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1577

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1429	0.2753	151	0.2581	6767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1429-2.1894	0.2838	149	0.2421	6800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1894-2.2403	0.2847	157	0.2272	6771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2403-2.2964	0.2533	147	0.2106	6832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2964-2.3584	0.241	148	0.2118	6817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3584-2.4278	0.2483	137	0.2039	6832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4278-2.5061	0.2547	107	0.1951	6869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5061-2.5956	0.2468	156	0.1896	6819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5956-2.6995	0.2179	146	0.1851	6851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6995-2.8222	0.2335	141	0.1787	6874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8222-2.9709	0.2421	135	0.1839	6857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9709-3.1568	0.2201	150	0.1846	6881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1568-3.4002	0.2039	131	0.1867	6894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4002-3.7418	0.2078	141	0.1748	6954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7418-4.2818	0.1498	140	0.144	6945	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2818-5.389	0.1523	137	0.1324	7041	X-RAY DIFFRACTION	100
5.389-29.1917	0.1909	141	0.1832	7085	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6366	-0.0602	-0.1965	0.3873	-0.245	1.5299	-0.0564	-0.0543	-0.0418	0.0322	-0.0032	-0.0415	0.1119	0.0823	-0.0004	0.1426	0.0209	0.0015	0.1024	0.0316	0.1667	34.3796	11.2474	23.6276
2	0.3751	-0.1368	0.5603	-0.1741	-0.3682	1.2898	-0.088	0.0558	-0.0324	-0.0709	-0.0196	0.071	-0.0867	-0.2515	-0.0008	0.2542	0.0088	-0.0142	0.2418	-0.0139	0.2621	18.8385	17.6451	6.7079
3	0.1723	-0.2545	-0.0411	0.575	-0.072	0.1483	0.0454	0.0205	-0.3059	-0.1614	-0.0076	0.615	0.3885	-1.0297	0.0266	0.3256	-0.2036	0.0066	0.5579	-0.0218	0.4312	7.3743	1.2027	14.1137
4	0.1085	-0.2138	0.215	0.4726	-0.2876	0.2702	0.0919	-0.1045	-0.0118	-0.282	-0.1316	0.1741	0.0873	-0.144	-0.0117	0.2755	-0.0302	-0.0676	0.4088	-0.0459	0.2894	17.3381	6.3857	-0.5931
5	0.1036	-0.0664	0.0885	0.4884	0.0645	0.2357	0.0805	0.4036	-0.1227	-0.3939	-0.1688	0.1584	0.003	-0.178	-0.046	0.2861	0.0783	-0.0919	0.4707	-0.1465	0.3184	-4.0868	5.7336	-61.1897
6	0.2021	0.1282	0.0535	0.3677	0.5284	1.1118	0.099	0.258	-0.1423	-0.0507	-0.1918	0.1211	0.2513	-0.2028	-0.0161	0.2798	0.0033	-0.0625	0.3217	-0.1134	0.286	2.4322	0.1139	-52.7859
7	0.4581	-0.4843	0.3021	0.5597	0.7153	1.5236	0.1024	0.1021	-0.0053	-0.0247	-0.0098	0.0539	0.03	0.1471	0.0562	0.218	0.0081	-0.0288	0.2793	-0.0523	0.2472	12.5299	5.4773	-48.3994
8	0.9223	-0.0945	0.4049	0.3591	0.3069	1.001	0.2239	0.314	0.1684	0.1195	0.024	0.1344	0.3457	0.3317	0.1666	0.3109	0.0187	-0.0904	0.1577	-0.1002	0.2139	16.7049	2.699	-38.5321
9	0.3297	0.1693	0.0366	0.1204	-0.0357	0.1162	0.2003	-0.1294	-0.0485	0.1015	-0.0952	0.0067	0.5756	0.0384	-0.0007	0.5368	-0.0351	-0.097	0.2589	-0.0337	0.275	14.1684	-4.9116	-17.7905
10	0.2156	-0.3011	-0.0725	0.4202	0.3934	0.8929	0.1259	-0.0495	0.0313	0.169	-0.1707	0.0955	-0.0273	-0.2341	-0	0.2206	-0.0528	0.0019	0.2881	-0.0549	0.2955	-2.5944	8.5664	-32.8495
11	0.0552	-0.053	-0.1173	0.194	0.0864	0.2323	0.0533	-0.1549	0.149	0.0878	-0.0177	0.1955	-0.2083	-0.061	-0	0.3181	0.0018	0.0059	0.2929	-0.0495	0.3592	-1.0614	22.6409	-28.6634
12	0.0376	-0.0979	0.058	0.0318	-0.0448	0.2761	0.0872	0.0975	0.1005	0.238	-0.094	0.1422	-0.021	0.0568	-0	0.3673	-0.0266	0.0021	0.3584	-0.0553	0.2884	13.1768	11.708	-21.3546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:331)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 332:486)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 487:513)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 514:542)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 4:45)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 46:118)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 119:275)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 276:341)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 342:406)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 407:486)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 487:513)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 514:543)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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