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万見
- PDB-4az3: crystal structure of cathepsin a, complexed with 15a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4az3
タイトルcrystal structure of cathepsin a, complexed with 15a
要素(LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN ...) x 2
キーワードHYDROLASE / DRUG DISCOVERY / CARBOXYPEPTIDASE / CARDIOVASCULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase C / Defective NEU1 causes sialidosis / serine-type carboxypeptidase activity / Sialic acid metabolism / regulation of chaperone-mediated autophagy / Glycosphingolipid catabolism / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / carboxypeptidase activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen ...carboxypeptidase C / Defective NEU1 causes sialidosis / serine-type carboxypeptidase activity / Sialic acid metabolism / regulation of chaperone-mediated autophagy / Glycosphingolipid catabolism / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / carboxypeptidase activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / enzyme activator activity / intracellular protein transport / regulation of protein stability / azurophil granule lumen / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12670 / Serine carboxypeptidase, serine active site / Serine carboxypeptidases, serine active site. / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold ...Rossmann fold - #12670 / Serine carboxypeptidase, serine active site / Serine carboxypeptidases, serine active site. / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-S35 / Lysosomal protective protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Ruf, S. / Buning, C. / Schreuder, H. / Horstick, G. / Linz, W. / Olpp, T. / Pernerstorfer, J. / Hiss, K. / Kroll, K. / Kannt, A. ...Ruf, S. / Buning, C. / Schreuder, H. / Horstick, G. / Linz, W. / Olpp, T. / Pernerstorfer, J. / Hiss, K. / Kroll, K. / Kannt, A. / Kohlmann, M. / Linz, D. / Huebschle, T. / Ruetten, H. / Wirth, K. / Schmidt, T. / Sadowski, T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Novel Beta-Amino Acid Derivatives as Inhibitors of Cathepsin A.
著者: Ruf, S. / Buning, C. / Schreuder, H. / Horstick, G. / Linz, W. / Olpp, T. / Pernerstorfer, J. / Hiss, K. / Kroll, K. / Kannt, A. / Kohlmann, M. / Linz, D. / Hubschle, T. / Rutten, H. / Wirth, ...著者: Ruf, S. / Buning, C. / Schreuder, H. / Horstick, G. / Linz, W. / Olpp, T. / Pernerstorfer, J. / Hiss, K. / Kroll, K. / Kannt, A. / Kohlmann, M. / Linz, D. / Hubschle, T. / Rutten, H. / Wirth, K. / Schmidt, T. / Sadowski, T.
履歴
登録2012年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN 32 KDA CHAIN
B: LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN 20 KDA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6299
ポリマ－51,8472
非ポリマー1,7827
水7,602422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-83.5 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.590, 102.800, 48.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2207-

HOH

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要素

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LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN 32 KDA CHAIN / LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN CARBOXYPEPTIDASE C / CARBOXYPEPTIDASE L / CATHEPSIN A / PROTECTIVE ...LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN CARBOXYPEPTIDASE C / CARBOXYPEPTIDASE L / CATHEPSIN A / PROTECTIVE PROTEIN CATHEPSIN A / PPCA / PROTECTIVE PROTEIN FOR BETA-GALACTOSIDASE


分子量: 33773.734 Da / 分子数: 1 / 断片: ACTIVATED PROTEASE RESIDUES 29-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACTIVATED WITH TRYPSIN-SEPHAROSE / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10619, carboxypeptidase C
#2: タンパク質 LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN 20 KDA CHAIN / LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN CARBOXYPEPTIDASE C / CARBOXYPEPTIDASE L / CATHEPSIN A / PROTECTIVE ...LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN CARBOXYPEPTIDASE C / CARBOXYPEPTIDASE L / CATHEPSIN A / PROTECTIVE PROTEIN CATHEPSIN A / PPCA / PROTECTIVE PROTEIN FOR BETA-GALACTOSIDASE


分子量: 18073.738 Da / 分子数: 1 / 断片: ACTIVATED PROTEASE, RESIDUES 327-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACTIVATED WITH TRYPSIN-SEPHAROSE / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10619, carboxypeptidase C

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糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 427分子

#4: 化合物 ChemComp-S35 / (3S)-3-({[1-(2-fluorophenyl)-5-{[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethylbutyl]oxy}-1H-pyrazol-3-yl]carbonyl}amino)-3-(2-methylphenyl)propanoic acid


分子量: 483.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30FN3O5
#5: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細EXTRA C-TERMINAL GLU AS LEFTOVER FROM MYC-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: CATA WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD: 1 UL OF PROTEIN SOLUTION, CONTAINING 6.5 MG/ML CATHEPSIN A, 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0) AND 300 MM NACL, WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR ...詳細: CATA WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD: 1 UL OF PROTEIN SOLUTION, CONTAINING 6.5 MG/ML CATHEPSIN A, 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0) AND 300 MM NACL, WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 100 MM NAACETATE (PH 4.5), 18-20% PEG400 AND 100 MM CDCL2, AND SET TO EQUILIBRATE AT 4 DEG. C. ROD-SHAPED CRYSTALS APPEARED IN ABOUT ONE WEEK.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→67.1 Å / Num. obs: 27381 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 27.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.04→2.1 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODEL DERIVED FROM PDB ENTRY 1IVY

1ivy


解像度: 2.04→47.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9447 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9265 / SU R Cruickshank DPI: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.234 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CD. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=3850. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CD. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=3850. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=4.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1344 4.91 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs-27378 99.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5078 Å20 Å20.1075 Å2
2---0.5904 Å20 Å2
3---1.0981 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.244 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3288 0 95 422 3805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073533HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.964823HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1183SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes507HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3533HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.46
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion436SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4443SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.12 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 130 4.5 %
Rwork0.2405 2762 -
all0.2409 2892 -
obs--99.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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