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- PDB-4cia: Crystal structure of cathepsin A, complexed with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cia
タイトルCrystal structure of cathepsin A, complexed with compound 1
要素LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN
キーワードHYDROLASE / SERINE CARBOXYPEPTIDASE / CARDIOVASCULAR DRUG / HEART FAILURE / ENDOTHELIN / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / COVALENT INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase C / Defective NEU1 causes sialidosis / serine-type carboxypeptidase activity / Sialic acid metabolism / regulation of chaperone-mediated autophagy / Glycosphingolipid catabolism / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / carboxypeptidase activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen ...carboxypeptidase C / Defective NEU1 causes sialidosis / serine-type carboxypeptidase activity / Sialic acid metabolism / regulation of chaperone-mediated autophagy / Glycosphingolipid catabolism / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / carboxypeptidase activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / enzyme activator activity / intracellular protein transport / regulation of protein stability / azurophil granule lumen / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Serine carboxypeptidase, serine active site / Serine carboxypeptidases, serine active site. / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6KZ / : / Lysosomal protective protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Schreuder, H.A. / Liesum, A. / Kroll, K. / Boehnisch, B. / Buning, C. / Ruf, S. / Buning, C. / Sadowski, T.
引用
ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of cathepsin A, a novel target for the treatment of cardiovascular diseases.
著者: Schreuder, H.A. / Liesum, A. / Kroll, K. / Bohnisch, B. / Buning, C. / Ruf, S. / Sadowski, T.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Novel Beta-Amino Acid Derivatives as Inhibitors of Cathepsin A.
著者: Ruf, S. / Buning, C. / Schreuder, H. / Horstick, G. / Linz, W. / Olpp, T. / Pernerstorfer, J. / Hiss, K. / Kroll, K. / Kannt, A. / Kohlmann, M. / Linz, D. / Hubschle, T. / Rutten, H. / Wirth, ...著者: Ruf, S. / Buning, C. / Schreuder, H. / Horstick, G. / Linz, W. / Olpp, T. / Pernerstorfer, J. / Hiss, K. / Kroll, K. / Kannt, A. / Kohlmann, M. / Linz, D. / Hubschle, T. / Rutten, H. / Wirth, K. / Schmidt, T. / Sadowski, T.
履歴
登録2013年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,51811
ポリマ－51,8291
非ポリマー1,68910
水6,449358
1
A: LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN
ヘテロ分子

A: LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,03622
ポリマ－103,6592
非ポリマー3,37820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-89.7 kcal/mol
Surface area31290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.106, 101.295, 48.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2009-

HOH

21A-2206-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN / CARBOXYPEPTIDASE C / CARBOXYPEPTIDASE L / CATHEPSIN A / PROTECTIVE PROTEIN CATHEPSIN A / PPCA / ...CARBOXYPEPTIDASE C / CARBOXYPEPTIDASE L / CATHEPSIN A / PROTECTIVE PROTEIN CATHEPSIN A / PPCA / PROTECTIVE PROTEIN FOR BETA-GALACTOSIDASE


分子量: 51829.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACTIVATED WITH TRYPSIN-SEPHAROSE / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10619, carboxypeptidase C
#2: 化合物 ChemComp-6KZ / N-[(2S)-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(1R,2S)-1-oxidanyl-1-(5-phenyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)butan-2-yl]amino]pentan-2-yl]morpholine-4-carboxamide


分子量: 459.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H33N5O5
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AT THE N-TERMINUS, 2 RESIDUES FROM PREPROMELLITIN SIGNAL SEQUENCE ARE PRESENT, AT THE C-TERMINUS, 1 ...AT THE N-TERMINUS, 2 RESIDUES FROM PREPROMELLITIN SIGNAL SEQUENCE ARE PRESENT, AT THE C-TERMINUS, 1 RESIDUE LEFT OVER FROM THE MYC-TAG IS PRESENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: CATHEPSIN A WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD: 1 UL OF PROTEIN SOLUTION, CONTAINING 6.5 MG/ML CATHEPSIN A, 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0) AND 300 MM NACL, WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR ...詳細: CATHEPSIN A WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD: 1 UL OF PROTEIN SOLUTION, CONTAINING 6.5 MG/ML CATHEPSIN A, 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0) AND 300 MM NACL, WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 100 MM NAACETATE (PH 4.5), 18-20% PEG400 AND 100 MM CDCL2, AND SET TO EQUILIBRATE AT 4DEG.C. ROD-SHAPED CRYSTALS APPEARED IN ABOUT ONE WEEK.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→66.25 Å / Num. obs: 28737 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.47
反射 シェル解像度: 1.97→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.12 / % possible all: 73.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AZ0

4az0


解像度: 1.98→36.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 4.15 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1437 5 %RANDOM
Rwork0.16991 ---
obs0.17292 27298 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.508 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å2-0 Å2-0.15 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→36.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3273 0 68 358 3699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.023442
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.9724685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6215411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29224.819166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.19715530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4261512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.984→2.035 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 84 -
Rwork0.263 1598 -
obs--78.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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