PDB-4axr: CRYSTAL STRUCTURE OF thaumatin FROM A AUTO-HARVESTED CRYSTAL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4axr

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF thaumatin FROM A AUTO-HARVESTED CRYSTAL

要素

THAUMATIN-1

キーワード

PLANT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Cipriani, F. / Rower, M. / Landret, C. / Zander, U. / Felisaz, F. / Marquez, J.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Crystal Direct: A New Method for Automated Crystal Harvesting Based on Laser-Induced Photoablation of Thin Films
著者: Cipriani, F. / Rower, M. / Landret, C. / Zander, U. / Felisaz, F. / Marquez, J.A.

履歴

登録	2012年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4axr.cif.gz	94.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4axr.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4axr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4axr_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4axr_full_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示
XML形式データ	4axr_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	4axr_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/4axr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/4axr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4axtC 4axuC 4b0dC 1lr2 1lr3 1lxz 1ly0 1pp3 1rqw 1thi 1thu 1thv 1thw 2a7i 2blr 2blu 2d8o 2d8p 2vhk 2vhr 2vi1 2vi2 2vi3 2vi4 2vu6 2vu7 2wbz 6coa C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g4y-d 5mjg-d 4ekb-d 4ekh-d 1thw-d 5lh5-d 4el3-d 3v87-d 2oqn-d 3dzr-d 5yyp-d 6s1g-d 3vcg-d 6s19-d 6srj-d 2d8p-d 6sro-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: THAUMATIN-1

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.976, 57.976, 150.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	THAUMATIN-1 / THAUMATIN I 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.73 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→45.91 Å / Num. obs: 46257 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 12 / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.12

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0116 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.38→45.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.449 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16565	2333	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13443	-	-	-
obs	0.13604	43835	86.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.844 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→45.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1545	0	10	275	1830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.02	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.013	1.956	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.218	3.012	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.742	5	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.671	23.099	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.326	15	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.912	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	16.992	3	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	15.145	5	1603

LS精密化シェル

解像度: 1.381→1.416 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	31	-
R_work	0.238	607	-
obs	-	-	16.63 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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