[日本語] English
万見
- PDB-4avv: Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4avv
タイトルStructure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component
要素SERUM AMYLOID P-COMPONENT
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation by host of viral exo-alpha-sialidase activity / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of exo-alpha-sialidase activity / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / negative regulation of viral entry into host cell / virion binding ...negative regulation by host of viral exo-alpha-sialidase activity / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of exo-alpha-sialidase activity / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / negative regulation of viral entry into host cell / virion binding / negative regulation of acute inflammatory response / chaperone-mediated protein complex assembly / acute-phase response / unfolded protein binding / protein folding / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / Amyloid fiber formation / innate immune response / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Chem-GHE / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Serum amyloid P-component
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kolstoe, S.E. / Jenvey, M.C. / Wood, S.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Interaction of Serum Amyloid P Component with Hexanoyl Bis(D-Proline) (Cphpc)
著者: Kolstoe, S.E. / Jenvey, M.C. / Purvis, A. / Light, M.E. / Thompson, D. / Hughes, P. / Pepys, M.B. / Wood, S.P.
履歴
登録2012年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
B: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
C: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
D: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
E: SERUM AMYLOID P-COMPONENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,14259
ポリマ－116,4125
非ポリマー9,73054
水25,2391401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.379, 108.579, 120.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 138.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-7123-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
SERUM AMYLOID P-COMPONENT / SERUM AMYLOID P COMPONENT / SAP / 9.5S ALPHA-1-GLYCOPROTEIN


分子量: 23282.455 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P02743

-
糖 , 4種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2224.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-3-1-4-5-3-1-4-5/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d2-e1_e4-f1_f6-g2_h2-i1_i4-j1_j6-k2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1449分子

#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GHE / (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid / CPHPC


分子量: 340.372 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24N2O6
#6: 化合物...
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: PH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→1.69 Å / Num. obs: 170912 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SAC

1sac


解像度: 1.6→37.869 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.175 2004 1.2 %
Rwork0.15 --
obs0.1503 170875 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.961 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.004 Å20 Å21.5727 Å2
2--2.5107 Å20 Å2
3----2.5067 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.869 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8245 0 428 1401 10074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54812425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1343489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1211362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.20851430.174811868X-RAY DIFFRACTION98
1.64-1.68440.19691460.162111930X-RAY DIFFRACTION98
1.6844-1.73390.19191300.153112002X-RAY DIFFRACTION99
1.7339-1.78990.15131420.145911957X-RAY DIFFRACTION99
1.7899-1.85390.15491480.140812049X-RAY DIFFRACTION99
1.8539-1.92810.171490.143812015X-RAY DIFFRACTION99
1.9281-2.01580.18411460.138712077X-RAY DIFFRACTION99
2.0158-2.12210.17281410.143312077X-RAY DIFFRACTION99
2.1221-2.2550.17921430.140212114X-RAY DIFFRACTION100
2.255-2.42910.17791420.13912115X-RAY DIFFRACTION100
2.4291-2.67350.18251480.144112153X-RAY DIFFRACTION100
2.6735-3.06020.17381470.15412195X-RAY DIFFRACTION100
3.0602-3.8550.16441390.145912228X-RAY DIFFRACTION100
3.855-37.880.17631400.168212091X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る