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- PDB-2a3w: Decameric structure of human serum amyloid P-component bound to B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a3w
タイトルDecameric structure of human serum amyloid P-component bound to Bis-1,2-{[(Z)-2-carboxy-2-methyl-1,3-dioxane]-5-yloxycarbamoyl}-ethane
要素Serum amyloid P-component
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Multivalent ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / host-mediated suppression of symbiont invasion / virion binding / negative regulation of acute inflammatory response / chaperone-mediated protein complex assembly ...negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / host-mediated suppression of symbiont invasion / virion binding / negative regulation of acute inflammatory response / chaperone-mediated protein complex assembly / acute-phase response / unfolded protein binding / protein folding / carbohydrate binding / : / blood microparticle / Amyloid fiber formation / innate immune response / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CPJ / Serum amyloid P-component
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ho, J.G. / Kitov, P.I. / Paszkiewicz, E. / Sadowska, J. / Bundle, D.R. / Ng, K.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Ligand-assisted Aggregation of Proteins: DIMERIZATION OF SERUM AMYLOID P COMPONENT BY BIVALENT LIGANDS.
著者: Ho, J.G. / Kitov, P.I. / Paszkiewicz, E. / Sadowska, J. / Bundle, D.R. / Ng, K.K.
履歴
登録2005年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell
Item: _refine_ls_shell.number_reflns_obs / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs
改定 1.42020年1月22日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serum amyloid P-component
B: Serum amyloid P-component
C: Serum amyloid P-component
D: Serum amyloid P-component
E: Serum amyloid P-component
F: Serum amyloid P-component
G: Serum amyloid P-component
H: Serum amyloid P-component
I: Serum amyloid P-component
J: Serum amyloid P-component
K: Serum amyloid P-component
L: Serum amyloid P-component
M: Serum amyloid P-component
N: Serum amyloid P-component
O: Serum amyloid P-component
P: Serum amyloid P-component
Q: Serum amyloid P-component
R: Serum amyloid P-component
S: Serum amyloid P-component
T: Serum amyloid P-component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)471,61670
ポリマ－465,64920
非ポリマー5,96750
水42,8402378
1
A: Serum amyloid P-component
B: Serum amyloid P-component
C: Serum amyloid P-component
D: Serum amyloid P-component
E: Serum amyloid P-component
F: Serum amyloid P-component
G: Serum amyloid P-component
H: Serum amyloid P-component
I: Serum amyloid P-component
J: Serum amyloid P-component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,80835
ポリマ－232,82510
非ポリマー2,98325
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: Serum amyloid P-component
L: Serum amyloid P-component
M: Serum amyloid P-component
N: Serum amyloid P-component
O: Serum amyloid P-component
P: Serum amyloid P-component
Q: Serum amyloid P-component
R: Serum amyloid P-component
S: Serum amyloid P-component
T: Serum amyloid P-component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,80835
ポリマ－232,82510
非ポリマー2,98325
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.712, 105.325, 146.007
Angle α, β, γ (deg.)86.53, 78.15, 76.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細There are two decameric complexes of hSAP in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
Serum amyloid P-component / SAP / 9.5S alpha-1-glycoprotein


分子量: 23282.455 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02743
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CPJ / BIS-1,2-{[(Z)-2-CARBOXY-2-METHYL-1,3-DIOXANE]-5-YLOXYCARBAMOYL}-ETHANE


分子量: 436.368 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24N2O12
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, PEG 400, sodium acetate, calcium acetate, sorbitol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115879 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月21日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→60 Å / Num. all: 269382 / Num. obs: 269382 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 26464 / Rsym value: 0.231 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LGN

1lgn


解像度: 2.2→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.192 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2293 13598 5.1 %RANDOM
Rwork0.18798 ---
all0.19005 269370 --
obs0.19005 269370 97.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å2-0.78 Å20.35 Å2
2--0.79 Å21.14 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32980 0 340 2378 35698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02134250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1221.95946620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24254060
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.25000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0226380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.215312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0950.22172
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8271.520340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.494233040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.629313910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9014.513580
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数
Rfree0.293 1046
Rwork0.23 18464
obs-26464
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22780.13950.0350.9574-0.17570.8214-0.02590.05740.1546-0.0380.03690.0312-0.1327-0.0682-0.0110.09630.0169-0.0280.0177-0.03790.0824-4.10127.494-14.661
21.11930.4852-0.02651.775-0.6811.1269-0.0342-0.03790.0673-0.00310.09820.2508-0.0581-0.2528-0.0640.02370.0007-0.03630.1909-0.03580.1259-30.6062.978-6.8
31.5523-0.23060.1581.1314-0.50011.1419-0.06-0.0105-0.2070.076-0.00260.09860.1365-0.13720.06260.1316-0.0390.02490.1166-0.04120.1346-15.016-25.75510.406
41.61970.538-0.06511.7013-0.37190.8605-0.0222-0.1704-0.14310.1265-0.1296-0.24690.12810.13560.15180.12940.0629-0.03830.13150.06730.182721.195-18.76413.39
51.0487-0.49020.11981.499-0.59220.87670.0072-0.10260.06570.1331-0.1227-0.3252-0.06980.22070.11550.0596-0.0204-0.05490.13460.0020.215628.00314.023-2.312
61.1576-0.04410.06121.8788-0.53611.17220.04290.0390.0126-0.0807-0.0543-0.2380.04180.25870.01140.0518-0.0278-0.02880.1507-0.07380.174137.929-14.532-31.591
72.07190.6854-0.13351.3731-0.01570.805-0.0392-0.1925-0.28810.05590.0255-0.19120.20020.14230.01370.18960.0282-0.04390.0933-0.01090.15518.016-43.564-20.206
81.1886-0.19450.27741.2847-0.53331.0322-0.0141-0.0004-0.09940.02280.04140.17960.1572-0.1848-0.02730.1504-0.05490.02280.0696-0.03670.1347-17.158-37.699-30.212
91.2880.6555-0.30881.8977-0.47950.9228-0.03270.20410.1363-0.16440.06640.2547-0.0037-0.1748-0.03370.10090.0198-0.04940.13210.00090.1822-19.111-5.079-47.387
102.2048-0.07220.06281.0728-0.13620.82640.01290.12640.2223-0.11920.0217-0.0354-0.13610.0028-0.03460.1582-0.03410.00930.045-0.01240.151214.9719.229-48.369
112.24830.6366-1.11611.3157-0.7381.88620.24240.30340.4484-0.08790.04510.1686-0.274-0.2912-0.28750.43780.08510.09390.21490.0930.2303-40.11773.15155.809
120.8855-0.3087-0.06771.7304-0.31441.397-0.02860.0022-0.0406-0.02660.0340.110.0514-0.187-0.00540.2971-0.06480.05860.0895-0.03220.1311-43.11148.61783.29
132.9314-0.141-0.68860.8878-0.23441.1706-0.0969-0.3461-0.25950.1868-0.0454-0.06470.17550.34120.14220.4370.04430.02810.1770.02980.1794-9.25335.77390.98
141.2928-0.0234-0.31742.0413-0.82042.3048-0.0505-0.0815-0.04170.2702-0.1195-0.3467-0.09710.57470.170.2988-0.0505-0.06350.40650.00540.247814.81352.24368.219
152.0276-0.0943-0.40181.2053-0.4811.9060.16510.05640.19610.1774-0.0311-0.073-0.36130.155-0.1340.3656-0.08970.09030.15970.0050.1513-4.45575.10646.379
161.71270.1216-0.7051.2093-0.23461.4861-0.01540.18910.0899-0.1440.14780.2958-0.1624-0.1743-0.13240.19460.0385-0.05810.18670.0460.1826-36.05346.93122.664
171.4439-0.24480.42921.6384-0.61.3602-0.08350.0430.0572-0.12850.0254-0.1926-0.20410.32420.05810.1415-0.04710.03080.3638-0.10380.07390.32440.55923.018
181.7790.7677-0.74321.362-0.75041.6886-0.0501-0.001-0.2791-0.0313-0.0419-0.24220.17310.44560.0920.0980.1219-0.01110.4216-0.06620.17657.08115.56449.496
192.34060.1105-0.28850.8181-0.16551.51060.0346-0.0703-0.23690.0831-0.01190.01270.30580.1212-0.02260.24790.03210.01430.0941-0.00660.1377-24.9546.94365.838
201.3294-0.04750.10081.8441-1.24352.59740.0852-0.00040.07870.12310.150.41130.0297-0.3952-0.23520.11410.01690.05260.20640.04660.313-51.62926.39349.198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2041 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 2041 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 2041 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 2041 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 2041 - 204
6X-RAY DIFFRACTION6FF1 - 2041 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7GG1 - 2041 - 204
8X-RAY DIFFRACTION8HH1 - 2041 - 204
9X-RAY DIFFRACTION9II1 - 2041 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10JJ1 - 2041 - 204
11X-RAY DIFFRACTION11KK1 - 2041 - 204
12X-RAY DIFFRACTION12LL1 - 2041 - 204
13X-RAY DIFFRACTION13MM1 - 2041 - 204
14X-RAY DIFFRACTION14NN1 - 2041 - 204
15X-RAY DIFFRACTION15OO1 - 2041 - 204
16X-RAY DIFFRACTION16PP1 - 2041 - 204
17X-RAY DIFFRACTION17QQ1 - 2041 - 204
18X-RAY DIFFRACTION18RR1 - 2041 - 204
19X-RAY DIFFRACTION19SS1 - 2041 - 204
20X-RAY DIFFRACTION20TT1 - 2041 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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