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万見
- PDB-3kqr: The structure of serum amyloid p component bound to phosphoethano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kqr
タイトルThe structure of serum amyloid p component bound to phosphoethanolamine
要素Serum amyloid P-component
キーワードGLYCOPROTEIN / Amyloid / Disulfide bond / Lectin / Metal-binding / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / host-mediated suppression of symbiont invasion / virion binding / negative regulation of acute inflammatory response / chaperone-mediated protein complex assembly ...negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / host-mediated suppression of symbiont invasion / virion binding / negative regulation of acute inflammatory response / chaperone-mediated protein complex assembly / acute-phase response / unfolded protein binding / protein folding / : / carbohydrate binding / blood microparticle / Amyloid fiber formation / innate immune response / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...: / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / Serum amyloid P-component
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mikolajek, H. / Kolstoe, S.E. / Wood, S.P. / Pepys, M.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of ligand specificity in the human pentraxins, C-reactive protein and serum amyloid P component.
著者: Mikolajek, H. / Kolstoe, S.E. / Pye, V.E. / Mangione, P. / Pepys, M.B. / Wood, S.P.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum amyloid P-component
B: Serum amyloid P-component
C: Serum amyloid P-component
D: Serum amyloid P-component
E: Serum amyloid P-component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,62425
ポリマ－116,4125
非ポリマー2,21220
水26,4641469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11280 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area38220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.860, 69.860, 102.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Serum amyloid P-component / SAP / 9.5S alpha-1-glycoprotein


分子量: 23282.455 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02743
#2: 化合物
ChemComp-OPE / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / COLAMINE PHOSPHORIC ACID


分子量: 141.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H8NO4P
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.06M TRIS-HCL pH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3,14.2mg/ml Protein, 0.05M Ligand, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36.812 Å / Num. obs: 208934 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25data processing
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→36.811 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 14.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.161 10455 5 %
Rwork0.1409 --
obs0.142 208905 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.239 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.823 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.789 Å20 Å21.408 Å2
2--0.854 Å20 Å2
3---0.934 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8245 0 120 1469 9834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0148897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.57912162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1713273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1061334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4999-1.5170.17612530.15496622X-RAY DIFFRACTION97
1.517-1.53480.19572670.15136591X-RAY DIFFRACTION98
1.5348-1.55360.16342880.14986609X-RAY DIFFRACTION98
1.5536-1.57320.16883000.14356554X-RAY DIFFRACTION98
1.5732-1.59390.16913200.13996542X-RAY DIFFRACTION98
1.5939-1.61580.16243250.13956569X-RAY DIFFRACTION98
1.6158-1.63880.17913320.13996546X-RAY DIFFRACTION98
1.6388-1.66330.17613440.13386575X-RAY DIFFRACTION98
1.6633-1.68930.15593620.13496510X-RAY DIFFRACTION98
1.6893-1.7170.16134140.13486519X-RAY DIFFRACTION98
1.717-1.74660.15894610.13326503X-RAY DIFFRACTION98
1.7466-1.77840.16364750.13256402X-RAY DIFFRACTION98
1.7784-1.81260.17313890.12986550X-RAY DIFFRACTION98
1.8126-1.84960.15013170.12546635X-RAY DIFFRACTION98
1.8496-1.88980.1443410.12766614X-RAY DIFFRACTION99
1.8898-1.93370.15563430.12816652X-RAY DIFFRACTION99
1.9337-1.98210.14983330.12596597X-RAY DIFFRACTION99
1.9821-2.03570.15073270.12526691X-RAY DIFFRACTION99
2.0357-2.09560.15043240.13026647X-RAY DIFFRACTION99
2.0956-2.16320.16293210.12986647X-RAY DIFFRACTION99
2.1632-2.24050.15433380.13176671X-RAY DIFFRACTION99
2.2405-2.33020.14653110.12826744X-RAY DIFFRACTION99
2.3302-2.43620.153190.13196706X-RAY DIFFRACTION99
2.4362-2.56460.15123620.13626692X-RAY DIFFRACTION99
2.5646-2.72530.16494080.14066626X-RAY DIFFRACTION99
2.7253-2.93560.16324400.14566624X-RAY DIFFRACTION100
2.9356-3.23090.17113850.15226686X-RAY DIFFRACTION100
3.2309-3.6980.15384680.14086650X-RAY DIFFRACTION99
3.698-4.65760.15813450.13646721X-RAY DIFFRACTION99
4.6576-36.82190.1612430.16756755X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.9653 Å / Origin y: -0.1275 Å / Origin z: 26.3129 Å
111213212223313233
T0.0336 Å20.0008 Å20 Å2-0.0166 Å2-0.0039 Å2--0.0323 Å2
L0.0861 °20 °20.0035 °2-0.035 °2-0.0142 °2--0.0692 °2
S0.0061 Å °-0.0058 Å °-0.005 Å °-0.0071 Å °-0.0026 Å °0 Å °-0.0065 Å °-0.0035 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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