PDB-3l2y: The structure of C-reactive protein bound to phosphoethanolamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l2y

タイトル

The structure of C-reactive protein bound to phosphoethanolamine

要素

C-reactive protein

キーワード

Calcium-BINDING PROTEIN / PENTRAXIN / ACUTE PHASE REACTANT / IMMUNE SYSTEM / PHOSPHOETHANOLAMINE / Acute phase / Metal-binding / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of interleukin-8 production / opsonization / complement component C1q complex binding / low-density lipoprotein particle binding / choline binding / vasoconstriction / negative regulation of mononuclear cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Mikolajek, H. / Kolstoe, S.E. / Wood, S.P. / Pepys, M.B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of ligand specificity in the human pentraxins, C-reactive protein and serum amyloid P component.
著者: Mikolajek, H. / Kolstoe, S.E. / Pye, V.E. / Mangione, P. / Pepys, M.B. / Wood, S.P.

履歴

登録	2009年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l2y.cif.gz	808.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l2y.ent.gz	668.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kqrC 1b09 1gnh 1lj7 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pvn-4 3pvo-2 1lj7-2 3pvo-4 3pvn-2 3pvo-1 3pvo-3 1gnh-1 3pvn-3 3pvn-1 1gnh-2 1b09-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-reactive protein

B: C-reactive protein

C: C-reactive protein

D: C-reactive protein

E: C-reactive protein

F: C-reactive protein

G: C-reactive protein

H: C-reactive protein

I: C-reactive protein

J: C-reactive protein

K: C-reactive protein

L: C-reactive protein

M: C-reactive protein

N: C-reactive protein

O: C-reactive protein

P: C-reactive protein

Q: C-reactive protein

R: C-reactive protein

S: C-reactive protein

T: C-reactive protein

ヘテロ分子

466 kDa, 20 ポリマー
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1

A: C-reactive protein

B: C-reactive protein

C: C-reactive protein

D: C-reactive protein

E: C-reactive protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 5 ポリマー
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2

F: C-reactive protein

G: C-reactive protein

H: C-reactive protein

I: C-reactive protein

J: C-reactive protein

ヘテロ分子

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116 kDa, 5 ポリマー
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3

K: C-reactive protein

L: C-reactive protein

M: C-reactive protein

N: C-reactive protein

O: C-reactive protein

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4

P: C-reactive protein

Q: C-reactive protein

R: C-reactive protein

S: C-reactive protein

T: C-reactive protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	278.448, 278.448, 92.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 1 - 206 / Label seq-ID: 1 - 206

#1: タンパク質	C-reactive protein 分子量: 23068.039 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02741
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-OPE / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / COLAMINE PHOSPHORIC ACID / ホスホエタノ-ルアミン分子量: 141.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₈NO₄P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.22 %
結晶化	温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.06M TRIS-HCL pH7.5, 10% MPD, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3, 0.1% LM AGAROSE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→125 Å / Num. all: 193026 / Num. obs: 193026 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.111 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.764 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 139700 / Num. unique all: 27836 / R_sym value: 0.764 / % possible all: 98.9

-
位相決定

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.7 Å	124.53 Å
Translation	2.7 Å	124.53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→124.526 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.806 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	9714	5.04 %
R_work	0.2236	-	-
obs	0.2247	192736	99.27 %
all	-	192826	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.233 Å² / k_sol: 0.339 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.79 Å² / B_iso min: 22.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.625 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.625 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.2499 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→124.526 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32640	0	200	153	32993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	33720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	45800
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.474	12060
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	4940
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5800

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	3	C	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	4	D	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	5	E	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	6	F	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	7	G	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	8	H	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	9	I	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
1	10	J	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	11	K	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
1	12	L	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	13	M	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	14	N	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	15	O	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	16	P	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	17	Q	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
1	18	R	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	19	S	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	20	T	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7-2.7307	0.4301	348	0.3813	5870	97
2.7307-2.7628	0.3861	336	0.3638	5971	98
2.7628-2.7965	0.3503	326	0.3349	6028	99
2.7965-2.8319	0.3762	316	0.3324	6025	99
2.8319-2.8692	0.342	324	0.3162	6056	99
2.8692-2.9085	0.3176	307	0.3024	6036	99
2.9085-2.9501	0.3221	324	0.2995	6052	99
2.9501-2.9941	0.3264	317	0.2997	6059	99
2.9941-3.0409	0.3226	312	0.2948	6039	99
3.0409-3.0907	0.3239	315	0.2873	6067	99
3.0907-3.144	0.3094	349	0.28	5996	99
3.144-3.2012	0.3018	338	0.2736	6095	99
3.2012-3.2628	0.3144	297	0.2725	6076	99
3.2628-3.3294	0.2986	340	0.2619	6057	99
3.3294-3.4018	0.2971	281	0.2631	6141	99
3.4018-3.4809	0.2804	338	0.2596	6062	99
3.4809-3.568	0.2996	323	0.2586	6123	100
3.568-3.6645	0.2707	323	0.2464	6125	100
3.6645-3.7723	0.2635	332	0.243	6056	100
3.7723-3.8941	0.2624	351	0.2392	6089	100
3.8941-4.0333	0.2167	300	0.22	6181	100
4.0333-4.1948	0.2287	310	0.1955	6162	100
4.1948-4.3857	0.185	271	0.1831	6216	100
4.3857-4.6169	0.1788	356	0.1641	6118	100
4.6169-4.9062	0.1912	353	0.1612	6147	100
4.9062-5.285	0.1898	290	0.1756	6211	100
5.285-5.8168	0.1946	325	0.176	6195	100
5.8168-6.6585	0.1779	345	0.1592	6205	100
6.6585-8.3888	0.1712	334	0.1475	6264	100
8.3888-124.6585	0.2391	333	0.2296	6300	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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