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- PDB-4avp: Crystal structure of the DNA-binding domain of human ETV1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4avp
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of human ETV1.
要素ETS TRANSLOCATION VARIANT 1
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION AND REPRESSION / DNA BINDING PROTEIN / E TWENTY-SIX / ERWING SARCOMA / PROSTATE CANCER / MELANOMA / GASTROINTESTINAL STROMAL TUMOUR
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral nervous system neuron development / mechanosensory behavior / muscle organ development / axon guidance / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...peripheral nervous system neuron development / mechanosensory behavior / muscle organ development / axon guidance / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
PEA3-type ETS-domain transcription factor, N-terminal / PEA3 subfamily ETS-domain transcription factor N terminal domain / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...PEA3-type ETS-domain transcription factor, N-terminal / PEA3 subfamily ETS-domain transcription factor N terminal domain / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETS translocation variant 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Cooper, C.D.O. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Filippakopoulos, P. / Canning, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structures of the Ets Domains of Transcription Factors Etv1, Etv4, Etv5 and Fev: Determinants of DNA Binding and Redox Regulation by Disulfide Bond Formation.
著者: Cooper, C.D.O. / Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Allerston, C.K. / Gileadi, O.
履歴
登録2012年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42019年9月25日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ETS TRANSLOCATION VARIANT 1
B: ETS TRANSLOCATION VARIANT 1
C: ETS TRANSLOCATION VARIANT 1
D: ETS TRANSLOCATION VARIANT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8736
ポリマ－49,7494
非ポリマー1242
水3,477193
1
A: ETS TRANSLOCATION VARIANT 1
B: ETS TRANSLOCATION VARIANT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9363
ポリマ－24,8742
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
2
C: ETS TRANSLOCATION VARIANT 1
D: ETS TRANSLOCATION VARIANT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9363
ポリマ－24,8742
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-22.3 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.317, 45.607, 55.406
Angle α, β, γ (deg.)77.89, 84.80, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given)

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要素

#1: タンパク質
ETS TRANSLOCATION VARIANT 1 / ETS-RELATED PROTEIN 81


分子量: 12437.209 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 326-429 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P50549
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 329 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 329 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 329 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 329 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 329 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 329 TO SER
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 2.5M SODIUM FORMATE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH MARMOSAIC 300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→53.94 Å / Num. obs: 27819 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 22.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rpim(I) all: 0.36 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
autoPROCデータ削減
AP_SCALEデータスケーリング
PHASERMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GVJ

1gvj


解像度: 1.82→53.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9259 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8979 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.161
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2576 1401 5.06 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.2227 27704 97.36 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.085 Å20.4741 Å2-1.6649 Å2
2--2.7315 Å20.4987 Å2
3---2.3535 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→53.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3004 0 8 193 3205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013149HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.934263HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1437SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes65HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes463HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3149HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion380SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4006SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3192 123 4.31 %
Rwork0.2335 2734 -
all0.2371 2857 -
obs--97.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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