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- PDB-1w9o: Crystal structure of the PDZ tandem of human syntenin in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w9o
タイトルCrystal structure of the PDZ tandem of human syntenin in complex with TNEYYV peptide
要素
  • SYNTENIN 1
  • TNEYYV PEPTIDE
キーワードCELL ADHESION / ADHESION-COMPLEX / PDZ DOMAIN / SCAFFOLDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / neurexin family protein binding / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion ...interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / neurexin family protein binding / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / negative regulation of receptor internalization / frizzled binding / protein targeting to membrane / Ephrin signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / growth factor binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell adhesion molecule binding / ionotropic glutamate receptor binding / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / adherens junction / positive regulation of JNK cascade / Regulation of necroptotic cell death / azurophil granule lumen / melanosome / extracellular vesicle / presynapse / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / chemical synaptic transmission / nuclear membrane / blood microparticle / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / membrane raft / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Syntenin-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Grembecka, J. / Cierpicki, T. / Devedjiev, Y. / Cooper, D.R. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The Binding of the Pdz Tandem of Syntenin to Target Proteins.
著者: Grembecka, J. / Cierpicki, T. / Devedjiev, Y. / Derewenda, U. / Kang, B.S. / Bushweller, J.H. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2004年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Source and taxonomy
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_entity_src_syn / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNTENIN 1
B: SYNTENIN 1
S: TNEYYV PEPTIDE
T: TNEYYV PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7355
ポリマ－37,6134
非ポリマー1221
水3,585199
1
A: SYNTENIN 1
T: TNEYYV PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9293
ポリマ－18,8072
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-4.1 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
2
B: SYNTENIN 1
S: TNEYYV PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8072
ポリマ－18,8072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-5.6 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.134, 72.134, 126.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 SYNTENIN 1 / SYNDECAN BINDING PROTEIN 1 / MELANOMA DIFFERENTIATION ASSOCIATED PROTEIN-9 / MDA-9 / SCAFFOLD ...SYNDECAN BINDING PROTEIN 1 / MELANOMA DIFFERENTIATION ASSOCIATED PROTEIN-9 / MDA-9 / SCAFFOLD PROTEIN PBP1 / PRO-TGF-ALPHA / CYTOPLASMIC DOMAIN-INTERACTING PROTEIN 18 / TACIP18


分子量: 18018.688 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ TANDEM, RESIDUES 113-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / プラスミド: PGST-PARALLEL1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O00560
#2: タンパク質・ペプチド TNEYYV PEPTIDE


分子量: 787.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TNEYYV / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2M NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.0402
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0402 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 16413 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N99

1n99


解像度: 2.25→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 8.102 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.421 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 945 5.9 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.218 15024 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2590 0 9 199 2798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.9533542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78335660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3335333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.23021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21680
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1110.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6471.51665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20222687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3993967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4574.5855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 72
Rwork0.25 1016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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