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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w9o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the PDZ tandem of human syntenin in complex with TNEYYV peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / ADHESION-COMPLEX / PDZ DOMAIN (PDZドメイン) / SCAFFOLDING PROTEIN (足場タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / substrate-dependent cell migration, cell extension / cytoskeletal anchor activity / positive regulation of exosomal secretion ...interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / substrate-dependent cell migration, cell extension / cytoskeletal anchor activity / positive regulation of exosomal secretion / frizzled binding / negative regulation of receptor internalization / protein targeting to membrane / Ephrin signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / growth factor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of phosphorylation / ionotropic glutamate receptor binding / regulation of mitotic cell cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cell adhesion molecule binding / ephrin receptor binding / protein sequestering activity / 接着結合 / positive regulation of JNK cascade / Regulation of necroptotic cell death / azurophil granule lumen / extracellular vesicle / メラノソーム / presynapse / actin cytoskeleton organization / chemical synaptic transmission / positive regulation of cell growth / 核膜 / blood microparticle / Ras protein signal transduction / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / 脂質ラフト / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Grembecka, J. / Cierpicki, T. / Devedjiev, Y. / Cooper, D.R. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: The Binding of the Pdz Tandem of Syntenin to Target Proteins. 著者: Grembecka, J. / Cierpicki, T. / Devedjiev, Y. / Derewenda, U. / Kang, B.S. / Bushweller, J.H. / Derewenda, Z.S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w9o.cif.gz | 82.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w9o.ent.gz | 61.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w9o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/1w9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/1w9o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18018.688 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ TANDEM, RESIDUES 113-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / プラスミド: PGST-PARALLEL1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O00560 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 787.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TNEYYV / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-BEZ / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2M NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.0402 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0402 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 16413 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 29.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1N99 解像度: 2.25→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 8.102 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.421 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→8 Å
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拘束条件 |
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