PDB-4qob: Crystal structure of cPOP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qob

タイトル

Crystal structure of cPOP1

要素

Pyrin domain-containing protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / Death domain superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / IkappaB kinase complex / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / innate immune response / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Park, H.H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of cPOP1
著者: Park, H.H.

履歴

登録	2014年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qob.cif.gz	45.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qob.ent.gz	33.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qob_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qob_full_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示
XML形式データ	4qob_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	4qob_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/4qob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/4qob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6vjv-2 1frx-d 6vjv-1 2bf3-1 5mz7-3 1r7s-3 1uwm-d 3plu-2 1yjj-d 6hc0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrin domain-containing protein 1

B: Pyrin domain-containing protein 1

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrin domain-containing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pyrin domain-containing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.458, 94.458, 94.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Pyrin domain-containing protein 1 / PAAD-only protein 1 / Pyrin-only protein 1 分子量: 11193.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYDC1, ASC2, ASCI, POP1, PYC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WXC3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 3.6M sodium formate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 10004
反射シェル	解像度: 2.7→2.78 Å / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.7.0032	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→38.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 11.293 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.695 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29986	778	9.9 %	RANDOM
R_work	0.24737	-	-	-
obs	0.25244	7061	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→38.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1390	0	0	22	1412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	2.024	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.145	5	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.802	23.226	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.217	15	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.909	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.77	3.434	694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.746	3.43	693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.434	5.128	864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.916	4.019	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.704→2.774 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	55	-
R_work	0.36	497	-
obs	-	-	96.34 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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