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- PDB-1yjj: RDC-refined Solution NMR structure of oxidized putidaredoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yjj
タイトルRDC-refined Solution NMR structure of oxidized putidaredoxin
要素Putidaredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / ferredoxin / [2Fe-2S] / redox / iron-sulfur / electron transfer / cytochrome P450cam
機能・相同性
機能・相同性情報


P450-containing electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Putidaredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jain, N.U. / Tjioe, E. / Savidor, A. / Boulie, J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Redox-dependent structural differences in putidaredoxin derived from homologous structure refinement via residual dipolar couplings.
著者: Jain, N.U. / Tjioe, E. / Savidor, A. / Boulie, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: A refined model for the solution structure of oxidized putidaredoxin
著者: Pochapsky, T.C. / Jain, N.U. / Kuti, M. / Lyons, T.A. / Heymont, J.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: New aspects of electron transfer revealed by the crystal structure of a truncated bovine adrenodoxin, ADX(4-108)
著者: MULLER, A. / MULLER, J.J. / MULLER, Y.A. / UHLMANN, H. / BERNHARDT, R. / HEINEMANN, U.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: An NMR-derived model for the solution structure of oxidized putidaredoxin, a 2Fe-2S Ferredoxin from pseudomonas
著者: POCHAPSKY, T.C. / YE, X.M. / RATNASWAMY, G. / LYONS, T.A.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of putidaredoxin, the [2Fe-2S] component of the P450cam monooxygenase system from Pseudomonas putida
著者: Sevrioukova, I.F. / Garcia, C. / Li, H. / Bhaskar, B. / Poulos, T.L.
履歴
登録2005年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putidaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6052
ポリマ－11,4291
非ポリマー1761
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #2lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putidaredoxin / PDX


分子量: 11428.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camB / プラスミド: pkM536 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NCM533 / 参照: UniProt: P00259
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-coupled 2D 15N-1H HSQC; 7.5% bicelle (DMPC:DHPC-2.9:1)
12115N-coupled 2D 15N-1H HSQC; 10 mg/mL Phage
NMR実験の詳細Text: The structures were refined against 15N-1H RDC restraints using previously published NOE and dihedral angle restraints for Pdx. The restraints for the metal binding loop (residues 36-48,85-86) ...Text: The structures were refined against 15N-1H RDC restraints using previously published NOE and dihedral angle restraints for Pdx. The restraints for the metal binding loop (residues 36-48,85-86) were modeled from bovine adrenodoxin crystal structure.

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試料調製

詳細内容: 1 mM oxidized putidaredoxin 15N; 50 mM Tris-Cl buffer, 50 mM KCl, pH 7.4
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM KCl / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: Xplor-NIH / バージョン: 2.9.6 / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 1239 NOE restriants, 160 dihedral angle restraints and 155 RDC restraints, 28 paramagnetic distance restraints from relaxation measurements and 18 distance ...詳細: The structures are based on 1239 NOE restriants, 160 dihedral angle restraints and 155 RDC restraints, 28 paramagnetic distance restraints from relaxation measurements and 18 distance restriants from hydrogen bonds
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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