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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ahn | ||||||
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タイトル | R121H - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis | ||||||
![]() | ANGIOGENIN | ||||||
![]() | HYDROLASE / ANG / ALS NEOVASCULARISATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / rRNA transcription / : / basement membrane / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / RNA endonuclease activity / actin filament polymerization / activation of protein kinase B activity / response to hormone / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / placenta development / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / actin cytoskeleton / cell migration / chromosome / heparin binding / actin binding / antibacterial humoral response / growth cone / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / endonuclease activity / response to hypoxia / rRNA binding / negative regulation of translation / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / innate immune response / signaling receptor binding / neuronal cell body / nucleolus / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thiyagarajan, N. / Ferguson, R. / Saha, S. / Pham, T. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Molecular Insights Into the Mechanism of Action of Human Angiogenin-Als Variants in Neurons. 著者: Thiyagarajan, N. / Ferguson, R. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ahdC ![]() 4aheC ![]() 4ahfC ![]() 4ahgC ![]() 4ahhC ![]() 4ahiC ![]() 4ahjC ![]() 4ahkC ![]() 4ahlC ![]() 4ahmC ![]() 4aohC ![]() 1angS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14149.989 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.97→50 Å / Num. obs: 3976 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 42.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.97→3.11 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 76.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ANG 解像度: 2.977→27.735 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.738 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.977→27.735 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9766→27.7357 Å
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