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万見
- PDB-4aoh: Structural snapshots and functional analysis of human angiogenin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aoh
タイトルStructural snapshots and functional analysis of human angiogenin variants associated with Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS)
要素ANGIOGENIN
キーワードHYDROLASE / ANGIOGENESIS / NEOVASCULARISATION / AMYOTROPIC LATERAL SCLEROSIS / ALS / MOTOR NEURON DISEASE / RIBONUCLEASE INHIBITOR / NUCLEAR LOCALISATION / NUCLEAR LOCALIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation ...angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / hematopoietic stem cell proliferation / rRNA transcription / basement membrane / positive regulation of phosphorylation / endocytic vesicle / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / response to hormone / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization / stress granule assembly / peptide binding / RNA endonuclease activity / placenta development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cytoplasmic stress granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cell migration / heparin binding / actin cytoskeleton / chromosome / ribosome binding / growth cone / actin binding / endonuclease activity / angiogenesis / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / rRNA binding / receptor ligand activity / copper ion binding / signaling receptor binding / innate immune response / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / DNA binding / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Angiogenin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.041 Å
データ登録者Thiyagarajan, N. / Ferguson, R. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2012
タイトル: Structural and Molecular Insights Into the Mechanism of Action of Human Angiogenin-Als Variants in Neurons
著者: Thiyagarajan, N. / Ferguson, R. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
履歴
登録2012年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANGIOGENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5403
ポリマ－14,2401
非ポリマー3002
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.549, 37.505, 37.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2060-

HOH

21A-2123-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ANGIOGENIN / RIBONUCLEASE 5 / RNASE 5


分子量: 14240.115 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS-RIPL
参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→50 Å / Num. obs: 58714 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 11.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 1.04→1.08 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 37.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ANG

1ang


解像度: 1.041→42.774 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1879 2463 5.1 %
Rwork0.1689 --
obs0.1698 48524 82.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.701 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0236 Å20 Å20 Å2
2---0.3581 Å20 Å2
3---0.3818 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.041→42.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数980 0 20 155 1155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1361518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.001440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0407-1.06070.3669540.3266916X-RAY DIFFRACTION31
1.0607-1.08240.2769550.24731447X-RAY DIFFRACTION47
1.0824-1.10590.2124890.20431721X-RAY DIFFRACTION56
1.1059-1.13170.20831260.15922008X-RAY DIFFRACTION66
1.1317-1.160.20381120.14382192X-RAY DIFFRACTION72
1.16-1.19130.14121280.14522383X-RAY DIFFRACTION78
1.1913-1.22640.16911310.14252626X-RAY DIFFRACTION85
1.2264-1.2660.16091530.14232747X-RAY DIFFRACTION90
1.266-1.31120.15941600.13562887X-RAY DIFFRACTION94
1.3112-1.36370.15841560.13142930X-RAY DIFFRACTION95
1.3637-1.42580.15281670.12772946X-RAY DIFFRACTION95
1.4258-1.5010.16481560.13122983X-RAY DIFFRACTION96
1.501-1.5950.16141460.13362960X-RAY DIFFRACTION97
1.595-1.71820.16511800.14353017X-RAY DIFFRACTION97
1.7182-1.89110.17951710.15363017X-RAY DIFFRACTION97
1.8911-2.16470.19811520.16723080X-RAY DIFFRACTION98
2.1647-2.72720.21371770.18323095X-RAY DIFFRACTION97
2.7272-42.81070.1931500.19493106X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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