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- PDB-3zhg: Crystallographic structure of the native mouse SIGN-R1 CRD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zhg
タイトルCrystallographic structure of the native mouse SIGN-R1 CRD domain
要素(CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / C-LECTIN CRD / CAPSULAR POLYSACCHARIDE.
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of yeast / (1->3)-beta-D-glucan binding / phagocytosis, recognition / D-mannose binding / polysaccharide binding / detection of bacterium / positive regulation of phagocytosis / endocytosis / positive regulation of tumor necrosis factor production / external side of plasma membrane ...detection of yeast / (1->3)-beta-D-glucan binding / phagocytosis, recognition / D-mannose binding / polysaccharide binding / detection of bacterium / positive regulation of phagocytosis / endocytosis / positive regulation of tumor necrosis factor production / external side of plasma membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CD209 antigen-like protein B
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Silva-Martin, N. / Bartual, S.G. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Selective Recognition of Endogenous and Microbial Polysaccharides by Macrophage Receptor Sign-R1.
著者: Silva-Martin, N. / Bartual, S.G. / Ramirez-Aportela, E. / Chacon, P. / Park, C.G. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2012年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
改定 1.32015年2月25日Group: Database references
改定 1.42020年3月11日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
B: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
C: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
D: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,81126
ポリマ－71,9214
非ポリマー1,88922
水7,314406
1
A: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子

A: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,18016
ポリマ－35,9472
非ポリマー1,23314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
2
B: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子

B: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,60310
ポリマ－35,9472
非ポリマー6578
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
3
C: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子

C: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,18016
ポリマ－35,9472
非ポリマー1,23314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
4
D: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子

D: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,65910
ポリマ－36,0032
非ポリマー6578
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)146.720, 92.770, 77.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B / SIGN-R1 / DC-SIGN-RELATED PROTEIN 1 / DC-SIGNR1 / OTB7 / CD209


分子量: 17973.301 Da / 分子数: 3 / 断片: CRD, RESIDUES 191-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHINESE HAMSTER OVARY (CHO) CELLS
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY / 参照: UniProt: Q8CJ91
#2: タンパク質 CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B / SIGN-R1 / DC-SIGN-RELATED PROTEIN 1 / DC-SIGNR1 / OTB7 / CD209


分子量: 18001.314 Da / 分子数: 1 / 断片: CRD RESIDUES 190-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHINESE HAMSTER OVARY (CHO) CELLS
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY / 参照: UniProt: Q8CJ91
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.19 % / 解説: NONE
結晶化詳細: CRYSTALS GROWN BY MIXING 1 UL OF CRD_SIGN-R1 (4 MG/ML IN 20 MM TRIS/HCL PH 7.5 AND 100 MM NACL) WITH 1UL OF PRECIPITANT CONSISTING IN 0.1 M BISTRIS PH 5.5 AND 1.6 M (NH4)2SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07225
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07225 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→74.53 Å / Num. obs: 52474 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.87→1.98 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6_289)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→27.627 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 3711 7.08 %
Rwork0.2045 --
obs0.2072 52388 72.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.747 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5068 Å20 Å2-5.0463 Å2
2--9.7241 Å20 Å2
3----2.2172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→27.627 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4303 0 94 406 4803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0736148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0561588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005758
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8701-1.93690.38981050.28451430X-RAY DIFFRACTION21
1.9369-2.01450.2891590.25271993X-RAY DIFFRACTION30
2.0145-2.10610.28092070.25172704X-RAY DIFFRACTION41
2.1061-2.21710.2462660.21113723X-RAY DIFFRACTION55
2.2171-2.35590.27134500.2185336X-RAY DIFFRACTION80
2.3559-2.53770.26515030.21996619X-RAY DIFFRACTION98
2.5377-2.79290.26215150.22596636X-RAY DIFFRACTION99
2.7929-3.19650.26915110.22526703X-RAY DIFFRACTION99
3.1965-4.02530.21864950.17186709X-RAY DIFFRACTION99
4.0253-27.63030.21015000.18046824X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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