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Yorodumi- PDB-3zg5: Crystal structure of PBP2a from MRSA in complex with peptidoglyca... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zg5 | |||||||||
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Title | Crystal structure of PBP2a from MRSA in complex with peptidoglycan analogue at allosteric | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / PENICILLIN BINDING PROTEINS / ALLOSTERIC SITE / B- LACTAM ANTIBIOTICS | |||||||||
Function / homology | Function and homology information peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (bacteria) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | |||||||||
Authors | Otero, L.H. / Rojas-Altuve, A. / Hermoso, J.A. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: How Allosteric Control of Staphylococcus Aureus Penicillin Binding Protein 2A Enables Methicillin Resistance and Physiological Function Authors: Otero, L.H. / Rojas-Altuve, A. / Llarrull, L.I. / Carrasco-Lopez, C. / Kumarasiri, M. / Lastochkin, E. / Fishovitz, J. / Dawley, M. / Hesek, D. / Lee, M. / Johnson, J.W. / Fisher, J.F. / ...Authors: Otero, L.H. / Rojas-Altuve, A. / Llarrull, L.I. / Carrasco-Lopez, C. / Kumarasiri, M. / Lastochkin, E. / Fishovitz, J. / Dawley, M. / Hesek, D. / Lee, M. / Johnson, J.W. / Fisher, J.F. / Chang, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3zg5.cif.gz | 530.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3zg5.ent.gz | 437.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3zg5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3zg5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3zg5_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 3zg5_validation.xml.gz | 58 KB | Display | |
Data in CIF | 3zg5_validation.cif.gz | 78.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zg5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3zfzC 3zg0C 1vqqS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Protein/peptide / Sugars , 3 types, 6 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 73286.656 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 27-668 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (bacteria) Strain: STRAIN MU50 / Gene: mecA, SAV0041 / Plasmid: PET24D / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): STAR / References: UniProt: A0A0H3JPA5 #2: Protein/peptide | Mass: 489.542 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #5: Sugar | |
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-Non-polymers , 3 types, 224 molecules
#3: Chemical | ChemComp-CD / #4: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.51 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 / Details: pH 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9334 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9334 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→49.13 Å / Num. obs: 47511 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 32.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.69 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1VQQ Resolution: 2.55→49.126 Å / SU ML: 0.95 / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.828 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→49.126 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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