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Yorodumi- PDB-3zg5: Crystal structure of PBP2a from MRSA in complex with peptidoglyca... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3zg5 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of PBP2a from MRSA in complex with peptidoglycan analogue at allosteric | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / PENICILLIN BINDING PROTEINS / ALLOSTERIC SITE / B- LACTAM ANTIBIOTICS | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpeptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (bacteria)SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | |||||||||
Authors | Otero, L.H. / Rojas-Altuve, A. / Hermoso, J.A. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013Title: How Allosteric Control of Staphylococcus Aureus Penicillin Binding Protein 2A Enables Methicillin Resistance and Physiological Function Authors: Otero, L.H. / Rojas-Altuve, A. / Llarrull, L.I. / Carrasco-Lopez, C. / Kumarasiri, M. / Lastochkin, E. / Fishovitz, J. / Dawley, M. / Hesek, D. / Lee, M. / Johnson, J.W. / Fisher, J.F. / ...Authors: Otero, L.H. / Rojas-Altuve, A. / Llarrull, L.I. / Carrasco-Lopez, C. / Kumarasiri, M. / Lastochkin, E. / Fishovitz, J. / Dawley, M. / Hesek, D. / Lee, M. / Johnson, J.W. / Fisher, J.F. / Chang, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3zg5.cif.gz | 530.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3zg5.ent.gz | 437.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3zg5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3zg5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3zg5_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
| Data in XML | 3zg5_validation.xml.gz | 58 KB | Display | |
| Data in CIF | 3zg5_validation.cif.gz | 78.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/3zg5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3zfzC ![]() 3zg0C ![]() 1vqqS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein / Protein/peptide / Sugars , 3 types, 6 molecules ABCD

| #1: Protein | Mass: 73286.656 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 27-668 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (bacteria)Strain: STRAIN MU50 / Gene: mecA, SAV0041 / Plasmid: PET24D / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 489.542 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #5: Sugar | |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 224 molecules 




| #3: Chemical | ChemComp-CD / #4: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.51 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 7 / Details: pH 7 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9334 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9334 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.55→49.13 Å / Num. obs: 47511 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 32.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.55→2.69 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 1VQQ Resolution: 2.55→49.126 Å / SU ML: 0.95 / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.78 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.828 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→49.126 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Controller
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Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation

















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