[日本語] English
万見
- PDB-3zh3: crystal structure of S. pneumoniae D39 native MurA1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zh3
タイトルcrystal structure of S. pneumoniae D39 native MurA1
要素UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ENOLPYRUVYL TRANSFERASE / MURA
機能・相同性
機能・相同性情報


cell cycle / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / cellular response to antibiotic / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / : / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gutierrez-Fernandez, J. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2013
タイトル: Heteroresistance to Fosfomycin is Predominant in Streptococcus Pneumoniae and Depends on Mura1 Gene.
著者: Engel, H. / Gutierrez-Fernandez, J. / Fluckiger, C. / Martinez-Ripoll, M. / Muhlemann, K. / Hermoso, J.A. / Hilty, M. / Hathaway, L.J.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0731
ポリマ－45,0731
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.624, 81.109, 104.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE / ENOYLPYRUVATE TRANSFERASE / UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYL TRANSFERASE


分子量: 45072.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q04KK5, UniProt: A0A0H2ZNL3*PLUS, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 50 MM CALCIUM CHLORIDE, 100 MM HEPES, PH 7.5, 24% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→44 Å / Num. obs: 9295 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→44.038 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE NOT INCLUDED IN THE MODEL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 444 4.8 %
Rwork0.184 --
obs0.1868 9288 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3118 0 0 14 3132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5044279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5611174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9003-3.31990.33111470.24292878X-RAY DIFFRACTION100
3.3199-4.18220.24381410.17182903X-RAY DIFFRACTION100
4.1822-44.04350.19771560.16533063X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0001-1.8009-1.61214.96463.99963.32070.13170.2171-0.0037-0.2369-0.33140.3796-0.2168-0.30690.18270.2461-0.01150.02520.4122-0.00230.322-3.3721-18.7789-13.6099
23.81292.1628-0.14193.5609-0.43916.444-0.09090.10380.2405-0.3184-0.10370.382-0.42570.4280.20840.45360.0292-0.02890.4702-0.05580.34648.3987-18.7862-32.3821
31.1789-1.0946-0.73922.66581.08231.33540.03870.07950.1504-0.01770.0917-0.2028-0.02320.1359-0.12660.1951-0.0344-0.03170.32440.04530.213912.306-9.423-7.5822
43.4790.85370.75195.75030.13183.69870.00310.05510.1919-0.03770.18520.448-0.263-0.399-0.18240.22760.06080.01510.29540.08550.3029-5.13937.0739-3.638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 94 THROUGH 148 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 149 THROUGH 333 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 334 THROUGH 419 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る